BioTech - 使用 Amber 工具 松弛(Relaxation) 蛋白质三维结构 (Python)

欢迎关注我的CSDN:https://spike.blog.csdn.net/
本文地址:https://spike.blog.csdn.net/article/details/137889532

Amber

Amber 工具在蛋白质 松弛(Relaxation) 过程中起着重要的作用。在分子动力学模拟中,蛋白质松弛是指模拟过程中蛋白质结构达到一个较为稳定的状态。这个过程通常涉及能量最小化和温度平衡,以确保蛋白质的结构和动态行为接近其在生物体内的自然状态。

在使用 Amber 进行蛋白质放松时,通常会执行以下步骤:

  1. 能量最小化:这是松弛过程的第一步,目的是去除模型中可能存在的任何立体化学冲突或过高的能量峰值。这有助于确保蛋白质的初始结构在进行动力学模拟之前是稳定的。
  2. 加热:在能量最小化之后,模拟将逐渐增加系统的温度,直到达到预定的目标温度。这个过程模拟了蛋白质从静态结构到动态结构的过渡。
  3. 等温平衡:在达到目标温度后,系统将在该温度下运行一段时间,以允许蛋白质结构进一步松弛和稳定。
  4. 生产模拟:松弛和平衡过程完成后,将进行实际的生产模拟,以观察蛋白质在模拟的生物学条件下的行为。

Amber 的力场参数和模拟协议被广泛认为是

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.mzph.cn/news/824692.shtml

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系多彩编程网进行投诉反馈email:809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

echarts图表的应用

Apache ECharts——一个基于 JavaScript 的开源可视化图表库 安装 echarts 包--------------------> npm i echarts准备容器(宽高)-----------------> div 设置宽高 > 完成图表初始化,获取数据后设置图表基于容器进行初始化-------…

社交媒体数据恢复:推特、Twitter

推特(Twitter)数据恢复:如何找回丢失的内容 随着社交媒体的普及,越来越多的人开始使用推特(Twitter)来分享生活点滴、发表观点和获取信息。然而,有时候我们会不小心删除了重要的推文&#xff0…

根据 Excel 列生成 SQL

公司有个历史数据刷数据的需求, 开发功能有点浪费, 手工刷数据有点慢, 所以研究了下 excel 直接生成 SQL, 挺好用, 记录一下; 例如这是我们的数据, 要求把创建时间和完成时间刷进数据库中, 工单编号唯一 Excel 公式如下: "UPDATE service_order SET create…

工业控制(ICS)---MMS

MMS 工控领域的TCP协议,有时wireshark会将response包解析为tcp协议,影响做题,如果筛选mms时出现连续request包,考虑wireshark解析错误,将筛选条件删除手动看一下 initiate(可以理解为握手) i…

内联函数面试总结

面试时内联函数被问到的几率不大,但是还是要了解一下,以防万一 宏函数缺点: 1.宏函数没有类型检查 2.函数有二义性 内联函数: 定义: 以inline修饰的函数叫内联函数,编译时C编译器会在调用内联函数的地…

Python100个库分享第21个—xlsxwriter (办公库篇)

目录 专栏导读库的介绍库的特性库的安装基础用法1:创建简单的工作簿与工作表基础用法2:创建格式化单元格基础用法3:创建图表基础用法4:将多行写入Excel库的基础用法5:设置背景色总结专栏导读 🌸 欢迎来到Python办公自动化专栏—Python处理办公问题,解放您的双手 🏳️…

Java基础知识总结(60)

(3)LinkedHashSet HashSet有一个子类LinkedHashSet,LinkedHashSet集合同HashSet一样,也是根据元素的hashCode值来确定元素的存储位置,并且通过链表维护元素的顺序,换句话说,遍历LinkedHashSet时…

DRF 序列化类serializer单表

【五】序列化类serializer单表 【1】主要功能 快速序列化 将数据库模型类对象转换成响应数据,以便前端进行展示或使用。这些响应数据通常是以Json(或者xml、yaml)的格式进行传输的。 反序列化之前数据校验 序列化器还可以对接收到的数据进行…

宝塔要注意的问题

数据库创建访问权限要全部人 反向代理1 打包dist,并不会有反向代理,所以宝塔里面要配置 反向代理2 这种去掉/api为/,上面的并没有去掉 rewrite ^/api/(.*)$ /$1 break;

hcia datacom课程学习(6):路由与路由表基础

1.路由的作用 不同网段的设备互相通信需要具有路由功能的设备进行转发 具有路由功能的设备不一定是路由器,交换机可以有路由功能,同样的,路由器也可以有交换功能,像家里常用的路由器就是集路由功能和交换功能于一体的 2.路由相…

【SAP NWDI】创建DC(Development component)(三)

一、准备DC组件包 首先需要下载下面这7个sca 的组件包,找到对应的ME版本的组件包,可以找对应的Basis帮忙下载。然后把这7个组件包放入到服务器中根目录的这个目录中,如果目录没有的需要自己创建出来。 二、导入DC组件包 注意:下面的的图中 有需要填写 in 和 out 的连个目…

网络编程 day5

select实现TCP并发服务器&#xff1a; #include<myhead.h> #define SER_IP "192.168.125.199" //服务器IP地址 #define SER_PORT 6666 //服务器端口号int main(int argc, const char *argv[]) {//1、创建套节字&#xff1a;用于接收…

视频汇聚/安防视频监控云平台EasyCVR云端录像播放与下载的接口调用方法

视频汇聚/安防视频监控云平台EasyCVR支持多协议接入、可分发多格式的视频流&#xff0c;平台支持高清视频的接入、管理、共享&#xff0c;支持7*24小时不间断监控。视频监控管理平台EasyCVR可提供实时远程视频监控、录像、回放与存储、告警、语音对讲、云台控制、平台级联、磁盘…

Windows平台下的Oracle 19c补丁升级

Windows平台下的Oracle 19c补丁升级 文章目录 Windows平台下的Oracle 19c补丁升级第一章 概述第二章 安装前备份2.1 软件目录备份2.2 权限备份2.3 备份数据库 第三章 安装前检查3.1 查看数据库版本3.2 升级opatch版本 第四章 安装补丁4.1 设置环境变量4.2 关闭oracle相关服务4.…

kafka安装配置及使用

kafka安装配置及使用 kafka概述 Kafka 是一个分布式流处理平台和消息队列系统&#xff0c;最初由 LinkedIn 公司开发并开源。它设计用于处理大规模的实时数据流&#xff0c;并具有高可扩展性、高吞吐量和持久性等特性。以下是 Kafka 的一些主要特点和用途&#xff1a; 分布式架…

构建未来跨境电商平台:系统架构与关键技术

随着全球市场的日益融合和电子商务的快速发展&#xff0c;跨境电商平台成为了连接全球买家和卖家的重要桥梁&#xff0c;为消费者提供了更广阔的购物选择&#xff0c;为企业拓展国际市场提供了更广阔的机会。而要构建一个高效、稳定的跨境电商平台&#xff0c;除了吸引人们的注…

n皇后问题-java

本次n皇后问题主要通过dfs&#xff08;深度优先搜索&#xff09;实现&#xff0c;加深对深度优先搜索的理解。 文章目录 前言 一、n皇后问题 二、算法思路 三、使用步骤 1.代码如下 2.读入数 3.代码运行结果 总结 前言 本次n皇后问题主要通过dfs&#xff08;深度优先搜索&#…

象棋教学辅助软件介绍

背景 各大象棋软件厂商都有丰富的题目提供训练&#xff0c;但是其AI辅助要么太弱&#xff0c;要么要付费解锁&#xff0c;非常不适合我们这些没有赞助的业余棋手自行训练&#xff0c;于是我需要对其进行视觉识别&#xff0c;和AI训练&#xff0c;通过开启这个辅助软件&#xf…

设计模式学习(六)——《大话设计模式》

设计模式学习&#xff08;六&#xff09;——《大话设计模式》 简单工厂模式&#xff08;Simple Factory Pattern&#xff09;&#xff0c;也称为静态工厂方法模式&#xff0c;它属于类创建型模式。 在简单工厂模式中&#xff0c;可以根据参数的不同返回不同类的实例。简单工厂…

构建现代网页的引擎:WebKit架构揭秘

在网络信息迅猛增长的今天&#xff0c;浏览器已经成为我们接触世界的重要窗口。而在浏览器的核心&#xff0c;有一个强大的引擎在默默地支撑着网页的渲染和执行&#xff0c;这就是WebKit。 WebKit的核心组件 WebKit作为开源浏览器引擎&#xff0c;由苹果公司发展而来&#x…