R语言实战—圆形树状图

        话不多说,先看最终效果:

        圆形树状图是树状图的一个变型,其实都是层次聚类。

接下来看代码步骤:

首先要先安装两个包:

install.packages("ggtree")
install.packages("readxl")

咱就别问问什么昂,直接安装就行,代码复制过去,点一下回车键就好~

        安装完咱就开始导入数据,我的数据是这样的:

就是随便找的数据,就30多个,在这里我就不上传了,小伙伴们自己简单做一些就好~

file_path<-"G:/R代码/聚类测试数据.xlsx"data <- read_excel(file_path)
#导入数据

导完数据,开始计算距离矩阵:

mydata<-hclust(dist(data))
#dist()计算点的距离形成距离矩阵
#hclust()函数会根据距离矩阵将数据点逐步合并成不同的聚类

然后开始画图:

p=ggtree(mydata,layout = "circular")+geom_text(aes(label=node))#显示树状图每个分支的标签
#layout = "circular"设置树状图为圆形,

然后我们观察到,树状图分为四类处的值分别为:38,40,42,43。有了这些值就可以给不同类划分颜色区域

为避免过于凌乱,我们在观察到值之后就注释掉代码。然后开始下一步

  geom_tiplab2(offset=0.5, size=3,fontface="bold",color="black")+
#offset=0.5,标签偏移量,正值向外偏,负值向内。fontface="bold"标签字体为粗体geom_highlight(node = 38,fill="red",alpha=0.5)+
#指定38号节点部分设置为红色,透明度为0.5geom_highlight(node=40,fill="blue")+geom_highlight(node=42,fill="orange")+geom_highlight(node=43,fill="pink")

然后图就变成这样:

有了这个,我们就剩最后一个步骤,给每个类定一个标签:

  geom_cladelabel(node=38,label="A",offset=3,barsize =2,hjust=-1,vjust=-0.5,color="red")+
#barsize =2,标签条宽度。hjust=-1,水平对齐方式。vjust=-0.5,垂直对齐方式geom_cladelabel(node=40,label="B",offset=3,barsize =2,hjust=1.5,vjust=-0.5,color="blue")+geom_cladelabel(node=42,label="D",offset=3,barsize=2,hjust=-3,vjust=0.1,color="orange")+geom_cladelabel(node=43,label="C",offset=3,barsize=2,hjust=2,color="pink")

运行结果如下:

完整代码如下:

library(readxl)
library(ggtree)file_path<-"G:/R代码/聚类测试数据.xlsx"data <- read_excel(file_path)mydata<-hclust(dist(data))ggtree(mydata,layout = "circular")+
#geom_text(aes(label=node))+geom_tiplab2(offset=0.5, size=3,fontface="bold",color="black")+geom_highlight(node = 38,fill="red",alpha=0.5)+geom_highlight(node=40,fill="blue")+geom_highlight(node=42,fill="orange")+geom_highlight(node=43,fill="pink")+geom_cladelabel(node=38,label="A",offset=3,barsize =2,hjust=-1,vjust=-0.5,color="red")+geom_cladelabel(node=40,label="B",offset=3,barsize =2,hjust=1.5,vjust=-0.5,color="blue")+geom_cladelabel(node=42,label="D",offset=3,barsize=2,hjust=-3,vjust=0.1,color="orange")+geom_cladelabel(node=43,label="C",offset=3,barsize=2,hjust=2,color="pink")

小伙伴们换成自己的数据就可以运行啦~

ok,这篇就到这里啦,欢迎小伙伴们批评指正~

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.mzph.cn/web/41357.shtml

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系多彩编程网进行投诉反馈email:809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

29、php实现和为S的两个数字(含源码)

题目&#xff1a;php 实现 和为S的两个数字 描述&#xff1a; 输入一个递增排序的数组和一个数字S&#xff0c;在数组中查找两个数&#xff0c; 是的他们的和正好是S&#xff0c;如果有多对数字的和等于S&#xff0c;输出两个数的乘积最小的。 输出描述&#xff1a; 对应每个测…

go zero入门

一、goctl安装 goctl 是 go-zero 的内置脚手架&#xff0c;可以一键生成代码、文档、部署 k8s yaml、dockerfile 等。 # Go 1.16 及以后版本 go install github.com/zeromicro/go-zero/tools/goctllatest检查是否安装成功 $ goctl -v goctl version 1.6.6 darwin/amd64vscod…

vue2响应式原理+模拟实现v-model

效果 简述原理 配置对象传入vue实例 模板解析&#xff0c;遍历出所有文本节点&#xff0c;利用正则替换插值表达式为真实数据 data数据代理给vue实例&#xff0c;以后通过this.xxx访问 给每个dom节点增加观察者实例&#xff0c;由观察者群组管理&#xff0c;内部每一个键值…

sqlite 数据库 介绍

文章目录 前言一、什么是 SQLite &#xff1f;二、语法三、SQLite 场景四、磁盘文件 前言 下载 目前已经出到了&#xff0c; Version 3.46.0 SQLite&#xff0c;是一款轻型的数据库&#xff0c;是遵守ACID的关系型数据库管理系统&#xff0c;它包含在一个相对小的C库中。它是…

VMware虚拟机配置桥接网络

转载&#xff1a;虚拟机桥接网络配置 一、VMware三种网络连接方式 VMware提供了三种网络连接方式&#xff0c;VMnet0, VMnet1, Vmnet8&#xff0c;分别代表桥接&#xff0c;Host-only及NAT模式。在VMware的编辑-虚拟网络编辑器可看到对应三种连接方式的设置&#xff08;如下图…

美好生活的 100 条建议

简介 一些简洁明了的人生建议&#xff0c;易于理解&#xff0c;并且能够为日常生活中的各个方面提供实用的指导。 财富 (Possessions) 1. If you want to find out about people’s opinions on a product, google \reddit. You’ll get real people arguing, as compared t…

SpringBoot2.2.6使用spring-boot-validation读取不到自定义配置文件中的属性

SpringBoot2.2.6没有做message.properties文件中属性的自动读取配置。解决方法有两种&#xff1a; 1. 升级springboot版本到2.6.x以上 2. 在现有springboot版本的基础上添加以下自定义配置&#xff1a; Configuration public class RequestParamValidationConfig implements…

学习笔记——交通安全分析12

目录 前言 当天学习笔记整理 4信控交叉口交通安全分析 结束语 前言 #随着上一轮SPSS学习完成之后&#xff0c;本人又开始了新教材《交通安全分析》的学习 #整理过程不易&#xff0c;喜欢UP就点个免费的关注趴 #本期内容接上一期11笔记 当天学习笔记整理 4信控交叉口交…

ORA-03115 ORA-06594--空间不足 rman 磁带压缩备份 控制文件恢复后备份信息丢失

---用旧的控制文件恢复后 这个控制文件本身的备份信息不在此还原出的控制文件中。所以这个备份的控制文件就删不掉&#xff0c;看不到。 但是只要设置正确的dbid&#xff0c;还是可以用恢复这个控制文件的 正常未恢复过controlfile的话&#xff0c;这个控制文件备份信息在现有…

Square Root SAM论文原理

文章目录 Square Root SAM论文原理核心原理SLAM问题的3种表示贝叶斯网络因子图&#xff08;Factor graph&#xff09;马尔科夫随机场(Markov Random Field, MRF) SLAM最小二乘问题&线性化因式分解 factorization矩阵与图(Matrices ⇔ Graphs)因式分解&变量消元(Factori…

Kafka系列之Kafka知识超强总结

一、Kafka简介 Kafka是什么 Kafka是一种高吞吐量的分布式发布订阅消息系统&#xff08;消息引擎系统&#xff09;&#xff0c;它可以处理消费者在网站中的所有动作流数据。 这种动作&#xff08;网页浏览&#xff0c; 搜索和其他用户的行动&#xff09;是在现代网络上的许多社…

14-22 剑和远方2 - 深度神经网络中的学习机制

概论 在第一部分中&#xff0c;我们深入探讨了人工智能的兴衰简史以及推动人工智能发展的努力。我们研究了一个简单的感知器&#xff0c;以了解其组件以及简单的 ANN 如何处理数据和权重层。在简单的 ANN 中&#xff0c;不会对数据执行特定操作。ANN 中的激活函数是一个线性函…

Surface splatting (2D Gaussian splatting)代码分析

源码地址 colab.research.google.com/drive/1qoclD7HJ3-o0O1R8cvV3PxLhoDCMsH8W 核心代码 surface_splatting def surface_splatting(means3D, scales, quats, colors, opacities, intrins, viewmat, projmat):# Rasterization setupprojmat torch.zeros(4,4).cuda()projm…

flask使用定时任务flask_apscheduler(APScheduler)

Flask-APScheduler描述: Flask-APScheduler 是一个 Flask 扩展&#xff0c;增加了对 APScheduler 的支持。 APScheduler 有三个内置的调度系统可供您使用&#xff1a; Cron 式调度&#xff08;可选开始/结束时间&#xff09; 基于间隔的执行&#xff08;以偶数间隔运行作业…

c#中的超时终止

在C#中&#xff0c;可以使用CancellationToken和Task的超时机制来实现调用方法时的超时终止。 一 用Task.Delay(int)模拟耗时操作 static async Task Main(string[] args){using (var cts new CancellationTokenSource(1 * 1000)){await doSomething(cts.Token);}Console.Wr…

移动校园(7)ii:uniapp响应拦截器处理token,以及微信小程序报错当前页面正在处于跳转状态,请稍后再进行跳转....

依据昨天的写完&#xff0c;在token过期之后&#xff0c;再次调用接口&#xff0c;会触发后端拦截&#xff0c;扔进全局错误处理中间件 前端说明提示都没有&#xff0c;只有一个这个&#xff0c;现在优化一下&#xff0c;再写一个类似全局后置守卫&#xff0c;当状态码是401的时…

RAID 冗余磁盘阵列

RAID也是Linux操作系统中管理磁盘的一种方式。 只有Linux操作系统才支持LVM的磁盘管理方式。 而RAID是一种通用的管理磁盘的技术&#xff0c;使用于多种操作系统。 优势&#xff1a;提升数据的读写速度&#xff0c;提升数据的可靠性。具体实现哪什么功能&#xff0c;要看你所…

RGB树-美团2023笔试(codefun2000)

题目链接 RGB树-美团2023笔试(codefun2000) 题目内容 塔子哥是一位著名的冒险家&#xff0c;他经常在各种森林里探险。今天&#xff0c;他来到了道成林&#xff0c;这是一片美丽而神秘的森林。在探险途中&#xff0c;他遇到了一棵 n 个节点的树&#xff0c;树上每个节点都被涂…

LVGL移植与VS模拟器使用

一、移植文件介绍 二、移植部分 第一步&#xff1a;创建LVGL文件夹 第二步&#xff1a; 构造LVGL文件夹&#xff1a;LVGL - GUI - lvgl - 第三步&#xff1a;添加文件 3.1 从examples中添加2个.c文件 3.2 从src中添加文件 draw文件 extra文件 第四步&#xff1a; 三、Ke…

Linux系统安装软件包的方法rpm和yum详解

起因&#xff1a; 本篇文章是记录学习Centos7的历程 关于rpm 常见命令 1&#xff09;查看已经安装的软件包 rpm -q 软件包名 2&#xff09;查看文件的相关信息 rpm -qi 软件包名 3&#xff09;查看软件包的依赖关系 就是说要想安装这个软件包&#xff0c;就必须把一些前…