科研绘图系列:R语言STAMP图(STAMP Plot)

介绍

STAMP图(STAMP plot)并非一个广泛认知的、具有特定名称的图表类型,而是可能指在STAMP(Statistical Analysis of Metagenomic Profiles:“STAMP: statistical analysis of taxonomic and functional profiles”)软件使用过程中生成的各种统计和可视化图表的总称。STAMP是一款用于分析宏基因组(metagenomic)数据(如物种注释和功能注释)的软件包,它支持统计假设检验、提供多种探索性图表,并鼓励使用效应大小和置信区间来评估生物学重要性。通常我们会在两组比较采用下图方式(现在我们使用ggplot2实现该软件的这项功能):
在这里插入图片描述

该STAMP图可以提供以下信息:

  1. 效应大小的可视化:通过条形图或点图展示不同组或条件下的效应大小。
  2. 置信区间:通过误差条或点的垂直线展示效应大小的不确定性或可信度。
  3. 组间比较:通过并排展示不同组的数据,可以直观地比较它们之间的差异。
  4. 统计显著性:通常通过星号或其他标记来表示统计显著性水平。

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