空间转录组（Spatial Transcriptomics）是一种新兴的高通量基因组学技术，它允许我们在组织切片中同时获取基因表达信息和细胞的空间位置信息。其可以帮助我们更好地理解细胞在组织中的空间分布和相互作用，揭示组织发育、器官功能和疾病进程中的细胞异质性和空间异质性。此外，空间转录组还可以为精准医学、个体化治疗和药物研发提供重要的信息，帮助我们理解药物在组织内的作用机制以及治疗效果的影响因素。
可以看见：空转涉及的关键词是——》组织、细胞&空间异质性
可以说基本上和我做的没有太大关系，其实看了很多高分文章中的空转，分析涉及都是组织层面，cancer等居多，华而不实，真要做机制其实水平不会扩大到组织层面，所以本科的时候觉得单细胞多组学和空转有多炫有多fancy，现在真要做生物了其实作为生信研究人员还是要踏实下来，有个更好的生信落地背景
其实就是分析的内容太过于宏观了，而高分CNS文章一般都是稳扎稳打做基础机制细节的为多，宏观的内容分析一般都是堆数据的
参考：
https://mp.weixin.qq.com/s/2K2IpNhu0VbkfuAx7_lgzw
参考：
https://mp.weixin.qq.com/s/nS31d4A1kRUxgVs0ZKUIcg
https://mp.weixin.qq.com/s/Ac4ABAiUMnhhKwrFgbNvWQ
human：
| 组织分类 | 研究方向 | DOI | Journal | IF | 分区 | 年份 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 心 | 发育 | DOI： 10.1038/s41587-023-01918-1 | Nat Biotechnol | 33.1 | 1 | 2023 |
| 肝 | 肝癌中肝星状细胞 | DOI： 10.1016/j.canlet.2024.217243 | Cancer Lett | 9.1 | 1 | 2024 |
| 肝癌相关成纤维细胞 | DOI： 10.7150/thno.99046 | Theranostics | 12.4 | 1 | 2024 | |
| 肝再生 | DOI: 10.1016/j.stem.2024.01.013 | Cell Stem Cell | 19.8 | 1 | 2024 | |
| 肺 | 特发性肺纤维 | DOI： 10.1126/sciadv.adl5473 | Sci Adv | 11.7 | 1 | 2024 |
| 肾 | 肾上腺稳态 | DOI： 10.1002/ctm2.1798 | Clin Transl Med | 7.9 | 1 | 2024 |
| DOI： 10.1016/j.cmet.2024.02.015 | Cell Metab | 27.7 | 1 | 2024 | ||
| 肾脏再生 | DOI： 10.1038/s41467-024-51186-z | Nat Commun | 14.7 | 1 | 2024 | |
| DOI： 10.1038/s41586-023-05769-3 | Nature | 50.5 | 1 | 2023 | ||
| 胃 | 胃癌相关B细胞 | DOI： 10.1186/s12967-024-05606-9 | J Transl Med | 6.1 | 2 | 2024 |
| 脑 | 代谢异质性 | DOI： 10.1016/j.xcrm.2023.101057 | Cell Rep Med | 11.7 | 1 | 2023 |
| 阿尔兹海默病 | DOI： 10.1038/s41467-024-49133-z | Nat Commun | 14.7 | 1 | 2024 | |
| 胸腺 | DOI： 10.1038/s41467-024-51767-y | Nat Commun | 14.7 | 1 | 2024 | |
| 胰腺 | 发育 | DOI： 10.1016/j.cmet.2022.11.009 | Cell Metab | 27.7 | 1 | 2023 |
| 皮肤 | 炎症性皮肤病 | DOI： 10.1038/s41467-022-35319-w | Nat Commun | 16.6 | 1 | 2022 |
| 膀胱 | 间质性膀胱炎 | DOI： 10.1038/s41392-022-00962-8 | Signal Transduct Target Ther | 39.3 | 1 | 2022 |
| 代谢 | 糖尿病足溃疡 | DOI： 10.1038/s41467-021-27801-8 | Nat Commun | 16.6 | 1 | 2022 |
| 肿瘤 | 胃癌 | DOI： 10.1053/j.gastro.2024.08.007 | Gastroenterology | 25.7 | 1 | 2024 |
| 胃癌 | DOI： 10.1016/j.ccell.2023.10.004 | Cancer Cell | 48.8 | 1 | 2023 | |
| 宫颈癌 | DOI： 10.1002/advs.202203040 | Adv Sci | 15.1 | 1 | 2022 | |
| 胶质母细胞瘤 | DOI： 10.1172/JCI147087 | J Clin Invest | 13.3 | 1 | 2023 | |
| 肺腺癌 | DOI： 10.1038/s12276-022-00896-9 | Exp Mol Med | 12.7 | 2 | 2022 | |
| 黑色素瘤 | DOI： 10.1016/j.xcrm.2024.101606 | Cell Rep Med | 11.7 | 1 | 2024 | |
| 三阴性乳腺癌 | DOI： 10.1158/0008-5472.CAN-22-2682 | Cancer Res | 12.5 | 1 | 2023 | |
| 胰腺癌 | DOI： 10.1186/s13073-024-01287-7 | Genome Med | 10.4 | 1 | 2024 | |
| 直肠癌 | DOI： 10.1016/j.xcrm.2023.101231 | Cell Rep Med | 11.7 | 1 | 2023 | |
| 乳腺癌 | DOI： 10.1186/s13045-022-01236-0 | J Hematol Oncol | 28.5 | 1 | 2022 | |
| 小细胞肺癌 | DOI： 10.1002/advs.202402716 | Adv Sci | 14.3 | 1 | 2024 | |
| B细胞淋巴瘤 | DOI： 10.1038/s41467-024-46220-z | Nat Commun | 14.7 | 1 | 2024 | |
| 结肠癌 | DOI： 10.1016/j.xcrm.2024.101589 | Cell Rep Med | 11.7 | 1 | 2024 | |
| 骨肉瘤 | DOI： 10.1186/s13045-024-01598-7 | J Hematol Oncol | 29.5 | 1 | 2024 | |
| 口腔鳞状细胞癌 | DOI： 10.1002/advs.202306515 | Adv Sci | 14.3 | 1 | 2024 | |
| 前列腺癌 | DOI： 10.1038/s41467-023-36325-2 | Nat Commun | 14.7 | 1 | 2023 | |
| EGFR突变肺癌 | DOI： 10.1038/s41419-024-06940-y | Cell Death Dis | 8.1 | 1 | 2024 | |
| 肝癌中成纤维细胞 | DOI： 10.1186/s13073-024-01367-8 | Genome Med | 10.4 | 1 | 2024 | |
| 脊索瘤 | DOI：10.1093/neuonc/noad03 | Neuro Oncol | 16.4 | 1 | 2024 | |
| 膀胱癌中肿瘤异质性 | DOI： 10.1002/ctm2.1338 | Clin Transl Med | 7.9 | 1 | 2023 | |
| 结直肠癌中HLA-G+癌细胞和SPP1+ 巨噬细胞的细胞… | DOI： 10.1016/j.celrep.2022.111929 | Cell Rep | 7.5 | 1 | 2023 | |
| 其它 | 结节病肉芽肿 | DOI： 10.1016/j.immuni.2023.01.014 | Immunity | 25.5 | 1 | 2023 |
| 脊髓 | DOI： 10.7554/eLife.92046 | Elife | 6.4 | 1 | 2024 | |
| 胚胎发育 | DOI： 10.1038/s41587-023-01918-1 | Nat Biotechnol | 17.3 | 1 | 2023 | |
| 肾上腺 | DOI： 10.1016/j.molmet.2024.101954 | Mol Metab | 7.0 | 2 | 2024 | |
| 牙龈 | DOI： 10.1007/s11427-023-2467-1 | Sci China Life Sci | 8.0 | 2 | 2024 | |
| 骨骼肌 | DOI： 10.1016/j.celrep.2022.111861 | Cell Rep | 8.8 | 1 | 2022 | |
| 纹状体神经元 | DOI： 10.1038/s41467-024-50414-w | Nat Commun | 14.7 | 1 | 2024 | |
| 前列腺增生 | DOI： 10.1186/s12967-024-05212-9 | J Transl Med | 6.1 | 2 | 2024 | |
| 子宫内膜 | DOI： 10.1038/s41588-024-01873-w | Nat Genet | 31.7 | 1 | 2024 | |
| 骨肉瘤淋巴结 | DOI： 10.1186/s12916-024-03319-w | BMC Med | 7.0 | 1 | 2024 |
mouse：
| 组织分类 | 研究方向 | DOI | Journal | IF | JCR分区 | 年份 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 肝 | 宿主-病原体相互作用 | DOI：10.1038/s41467-024-51418-2 | Nat Commun | 14.7 | 1 | 2024 |
| 肝脏巨噬细胞 | DOI： 10.1016/j.cell.2021.12.018 | Cell | 64.5 | 1 | 2022 | |
| 肝癌相关IL34+成纤维细胞 | DOI： 10.1038/s41698-023-00483-9 | NPJ Precis Oncol | 6.8 | 1 | 2023 | |
| 肝脏分区 | DOI： 10.1038/s41467-021-27354-w | Nat Commun | 17.6 | 1 | 2021 | |
| 衰老 | DOI： 10.1038/s43587-023-00513-y | Nat Aging | 17.0 | 1 | 2023 | |
| 缺血再灌注 | DOI： 10.1038/s42003-023-04564-0 | Commun Biol | 5.2 | 1 | 2023 | |
| 肺 | 巨噬细胞与内皮细胞 | DOI： 10.1016/j.jhazmat.2023.132733 | J Hazard Mater | 12.2 | 1 | 2024 |
| 肺纤维化 | DOI： 10.1038/s41588-024-01819-2 | Nat Genet | 31.7 | 1 | 2024 | |
| 肾 | 急性肾损伤 | DOI： 10.1681/ASN.2021081150 | J Am Soc Nephrol | 13.6 | 1 | 2022 |
| 肾损伤中的上皮细胞串扰 | DOI： 10.1172/jci.insight.147703 | JCI Insight | 9.5 | 1 | 2021 | |
| 肾脏再生 | DOI： 10.1038/s41467-024-51186-z | Nat Commun | 14.7 | 1 | 2024 | |
| 肠 | 肠道损伤 | DOI： 10.1038/s41467-022-28497-0 | Nat Commun | 16.6 | 1 | 2022 |
| 脑 | 星形 胶质细胞 | DOI：10.1038/s41467-024-45821-y | Nat Commun | 14.7 | 1 | 2024 |
| 阿尔兹海默病 | DOI： 10.1016/j.gendis.2024.101337 | Genes Dis | 6.9 | 2 | 2024 | |
| 衰老 | DOI： 10.1111/acel.14109 | Aging Cell | 8.0 | 1 | 2024 | |
| 海马体 | DOI： 10.1038/s41467-023-41715-7 | Nat Commun | 14.7 | 1 | 2023 | |
| 帕金森病 | DOI： 10.3390/ijms24031810 | Int J Mol Sci | 4.9 | 2 | 2023 | |
| DOI： 10.1016/j.cels.2021.09.004 | Cell Syst | 9.2 | 1 | 2022 | ||
| DOI： 10.1038/s41593-022-01011-x | Nat Neurosci | 24.9 | 1 | 2022 | ||
| 前额叶皮层 | DOI： 10.1038/s41593-023-01455-9 | Nat Neurosci | 21.2 | 1 | 2023 | |
| 衰老 | DOI： 10.1016/j.cell.2022.12.010 | Cell | 45.5 | 1 | 2023 | |
| DOI： 10.1038/s41586-023-06818-7 | Nature | 50.5 | 1 | 2023 | ||
| 胰腺 | 胰腺炎 | DOI： 10.1007/s00109-024-02460-6 | J Mol Med | 4.8 | 3 | 2024 |
| 生殖 | 海绵体 | DOI： 10.1016/j.celrep.2024.114760 | Cell Rep | 7.5 | 1 | 2024 |
| 精子成熟 | DOI： 10.1016/j.celrep.2021.109915 | Cell Rep | 10.0 | 1 | 2021 | |
| 杂 | 髓核祖细胞 | DOI： 10.1002/advs.202303752 | Adv Sci | 14.3 | 1 | 2024 |
| 器官发生 | DOI： 10.1038/s41467-023-40155-7 | Nat Commun | 14.7 | 1 | 2023 | |
| 骨折关节 | DOI： 10.1172/jci.insight.176802 | JCI Insight | 6.3 | 1 | 2024 | |
| 骨髓 | DOI： 10.1038/s41413-023-00298-1 | Bone Res | 14.3 | 1 | 2023 | |
| 脊髓发育 | DOI：10.1242/dev.173807 | Development | 5.6 | 2 | 2019 | |
| 间充质干细胞 | DOI：10.1002/advs.202310282 | Adv Sci | 14.3 | 1 | 2024 | |
| 中枢神经系统 | DOI： 10.1038/s41586-023-06569-5 | Nature | 50.5 | 1 | 2023 | |
| 组织克隆异质性 | DOI： 10.1038/s41586-021-04217-4 | Nature | 69.5 | 1 | 2022 | |
| 胚胎发育 | DOI：10.1126/science.abb9536 | Science | 63.8 | 1 | 2021 | |
| 神经系统 | DOI：10.1016/j.cell.2018.06.021 | Cell | 36.2 | 1 | 2018 | |
| 肌营养不良 | DOI： 10.1038/s41467-023-40555-9 | Nat Commun | 14.7 | 1 | 2023 | |
| 运动皮层 | DOI： 10.1038/s41586-021-03705-x | Nature | 50.5 | 1 | 2021 | |
| 视网膜 | DOI： 10.1038/s41467-023-40674-3 | Nat Commun | 14.7 | 1 | 2023 | |
| 肿瘤 | 肝癌中巨噬细胞 | DOI： 10.1016/j.cell.2020.08.040 | Cell | 41.5 | 1 | 2020 |
| 肿瘤微环境 | DOI： 10.1038/s41588-022-01141-9 | Nat Genet | 30.7 | 1 | 2022 | |
| 异质性 | DOI： 10.1186/s12943-024-02062-3 | Mol Cancer | 27.7 | 1 | 2024 | |
| 骨肉瘤淋巴结 | DOI： 10.1186/s12916-024-03319-w | BMC Med | 7.0 | 1 | 2024 | |
| 乳腺癌相关纤维组织 | DOI： 10.1038/s41467-018-07582-3 | Nat Commun | 11.8 | 1 | 2018 |
顶多做脑、脑肿瘤相关，看是否能与相应分析结合起来，以及看相关的gene
![[数据结构#1] 并查集 | FindRoot | Union | 优化 | 应用](https://i-blog.csdnimg.cn/img_convert/6ec952447d2485ca236288e9a44f18b5.png)
