病毒物种注释:多方案

Blastn比对IMG/VR

下载IMG/VR数据库(见下面的教程)

Linux 下载 JGI 的 IMG_VR-CSDN博客

安装Blast+(这个太简单了)

gunzip IMGVR_all_nucleotides-high_confidence.fna.gz
makeblastdb -in img_vr.fasta -dbtype nucl -out img_vr_db
blastn -query query.fasta -db img_vr_db -out results.txt

使用PhaGCN对不确定的序列进行注释

GitHub - KennthShang/PhaGCN: GCN classifier for phage taxanomy classification

在线网站:PhaBOX

使用geNomad进行注释

geNomad uses a dataset of more than 200,000 marker protein profiles to provide functional gene annotation and taxonomic assignment of viral genomes

使用方法见geNomad,DeepVirFinder,VirSorter2,VIBRANT,PPR-Meta,viralVerify安装与使用-CSDN博客

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