Blastn比对IMG/VR
下载IMG/VR数据库(见下面的教程)
Linux 下载 JGI 的 IMG_VR-CSDN博客
安装Blast+(这个太简单了)
gunzip IMGVR_all_nucleotides-high_confidence.fna.gz
makeblastdb -in img_vr.fasta -dbtype nucl -out img_vr_db
blastn -query query.fasta -db img_vr_db -out results.txt
使用PhaGCN对不确定的序列进行注释
GitHub - KennthShang/PhaGCN: GCN classifier for phage taxanomy classification
在线网站:PhaBOX
使用geNomad进行注释
geNomad uses a dataset of more than 200,000 marker protein profiles to provide functional gene annotation and taxonomic assignment of viral genomes
使用方法见geNomad,DeepVirFinder,VirSorter2,VIBRANT,PPR-Meta,viralVerify安装与使用-CSDN博客