前记

       目前，已经有很多种玉米miRNA结合位点预测工具可供选择，以下几种比较常用：

        1、psRNATarget：该工具是由华盛顿州立大学开发的，可以用来预测植物miRNA和靶基因之间的相互作用。用户可以使用该工具来预测玉米miRNA和结合位点以及靶基因，同时可以输出预测结果。

psRNATarget: A Plant Small RNA Target Analysis Server (2017 Update) (zhaolab.org)https://www.zhaolab.org/psRNATarget/home        2、miRanda：该工具由麻省理工学院开发，可以用来预测miRNA和靶基因之间的相互作用。用户可以使用该工具来预测玉米miRNA和结合位点以及靶基因，同时可以输出预测结果。

miRanda (microRNA.org) | miRToolsGalleryhttp://mirtoolsgallery.tech/mirtoolsgallery/node/1055        3、TargetFinder：该工具由威斯康星大学开发，可以用来预测miRNA和靶基因之间的相互作用。用户可以使用该工具来预测玉米miRNA和结合位点以及靶基因，同时可以输出预测结果。

GitHub - carringtonlab/TargetFinder: Plant small RNA target prediction toolhttps://github.com/carringtonlab/TargetFinder        这些工具使用方法大多相似，用户需要输入miRNA序列和靶基因序列，然后进行计算、分析和输出预测结果。用户可以根据自己的需求和使用习惯来选择最适合自己的工具。

       本文以psRNATarget为例，演示如何预测基因的miRNA结合区域。

一、psRNATarget页面介绍

打开官网后，如下所示：

psRNATarget是一个在线工具，用于预测植物小RNA和宿主基因的互作关系。它基于植物小RNA和宿主基因的序列数据，使用一个准确的算法进行分析和预测。用户可以输入小RNA和宿主基因的序列，或者直接上传相应的FASTA文件。该页面会显示预测结果，包括小RNA的靶向位点，以及宿主基因的功能注释和调控网络。用户还可以进行进一步分析，例如查看小RNA和宿主基因的共表达网络，以及预测小RNA的调控效应。psRNATarget页面简单易用，对于研究植物非编码RNA的功能与调控机制具有重要意义。

二、 查询玉米基因的miRNA靶点

首先，点击主页面的菜单栏Analysis选项，进入以下界面：

然后，选择Summit target candidates，如下所示：

        这里，我们设置好需要查询的miRNA数据库（玉米），在框内粘贴好自己的基因序列（使用fasta格式）。如下所示：

设置完成后，点击下方提交按钮即可。几秒后，输出预测的结果： 

可以看到miR156可能靶向我们的目的基因，但这些结果还需要后续试验验证。 

三、预测结果的导出

在结果页面中，点击左上方的download选项，即可下载所有的结果。如下所示：

 后记

以上是目的基因miRNA的靶点预测过程，使用方法较为简单，供大家参考。

2024.2.9----CXGG

千里之行，始于足下。