R语言【CoordinateCleaner】——cc_coun(): 删除或标记地理坐标与其他国家/地区信息之间的不匹配(通常此信息与样本一起可靠地报告)

 Package CoordinateCleaner version 2.0-20


Parameters

cc_coun(x,lon = "decimallongitude",lat = "decimallatitude",iso3 = "countrycode",value = "clean",ref = NULL,ref_col = "iso_a3",verbose = TRUE
)

参数【x】data.frame。包含地理坐标和物种名称。

参数【lon】:字符串。具有经度坐标的列。默认值 = “decimallongitude”

参数【lat】:字符串。包含纬度坐标的列。默认值 = “decimallatitude”

参数【iso3】:字符串。包含每条记录的国家/地区分配的列,以三个字母的 ISO 代码表示。默认值 = “countrycode”

参数【value】:字符串。定义输出值。

参数【ref】:一个 SpatialPolygonsDataFrame。提供地理地名录。可以是任何 SpatialPolygonsDataFrame,但结构必须与 rnaturalearth::ne_countries(scale = "medium") 相同。默认值 = rnaturalearth::ne_countries(scale = "medium")

参数【ref_col】:参考数据集中的列名,包含用于匹配的相关 ISO 代码。默认值为 “iso_a3_eh”,表示参考数据集中的 ISO-3 代码。

参数【verbose】:逻辑值。如果为 TRUE,则报告测试的名称和标记的记录数。详见 Value。


Value

根据参数【value】,包含测试认为正确的记录的 data.frame“clean”) 或逻辑向量 (“flagged”),其中 TRUE = 测试通过,FALSE = 测试失败/可能有问题。默认值 = “clean”


Note

参数【ref_col】允许使函数适应替代参考数据集的结构。例如,对于 rnaturalearth::ne_countries(scale = "small"),默认值将失败,但 ref_col = “iso_a3” 将起作用。

使用默认参考时,如果记录落在国家/地区的陆地领土之外,则会标记这些记录,因此可能会标记领海中的记录。


Example

library(CoordinateCleaner)x <- data.frame(species = letters[1:10], decimallongitude = runif(100, -20, 30), decimallatitude = runif(100, 35,60),countrycode = "RUS")cc_coun(x, value = "flagged")#non-terrestrial records are flagged as wrong. 

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