ImageJ Nikon_科研论文作图之ImageJ

各位读者朋友们又见面了,今天给大家介绍一款图片处理软件——ImageJ,这是一款免费的科学图像分析工具,广泛应用于生物学研究领域。ImageJ软件能够对图像进行缩放、旋转、扭曲、模糊等处理,也可计算选定区域内分析对象的一系列几何特征,包括长度、角度、周长、面积、长轴、短轴等等。更重要的是ImageJ的处理结果受到各种杂志的广泛认可,不会出现造假的问题。下面介绍ImageJ的常用功能。(软件下载链接:https://en.softonic.com/download/imagej/windows/post-download)

软件下载解压后可直接使用,还是先看一下ImageJ的界面,非常简洁明了,有多种图形和文字处理工具,可谓麻雀虽小五脏俱全。下面还是举例说明软件的常用功能。

8790cb8752482b7687ac8a5e5bcaeda9.png

01 图像基本变换

单击菜单【File】→【Open】打开图像文件,以大兴机场图片(中间为原始图片)为例,对图像进行4种基本处理,操作如下:

2e232365b0266aacf142318b43591b75.png

a. 平滑处理:单击菜单【Process】→【Smooth】,单击菜单【File】→【Save As】选择图像格式(左);

b. 锐化处理:单击菜单【Process】→【Sharpen】,单击菜单【File】→【Save As】选择图像格式(右);

c. 改变图像类型:单击菜单【Image】→【Type】→选择图像类型(图中为8-bit)单击菜单【File】→【Save As】选择图像格式(上);

d. 色彩平衡:单击菜单【Image】→【Ajust】→【Color Balance】,单击菜单【File】→【Save As】选择图像格式(下)。

除了上述处理之外,ImageJ还能对图像进行旋转、缩放等操作,读者可一一尝试,在此不再赘述。

02 细胞计数

ImageJ能够很方便地记录图片上的粒子个数,如细胞、病斑、孢子等等,下面以人体红细胞图片为例说明计数方法。

a. 改变图像模式,打开图片,单击菜单【Image】→【Type】→【8 bit】,将图片转化成8位的灰度图;

b. 调整图片对比度,单击菜单【Image】→【Ajust】→【Brightness/Contrast】,将图片调整到合适的对比度,这里用了Auto来自动调整;

c. (可选)若图片背景为黑色,则可单击菜单【Edit】→【Invert】,将图片变为白底;

d. 由于计数时只需要黑白两种颜色,单击菜单【Image】→【Ajust】→【Threthold】,用阈值算法将颜色合并来调整,这里也用了Auto来自动调整;

5ce75bf1695257feb240284ea768f8cb.png

e. 得到上述图片后,先要确定图片中粒子大小,这里小编介绍一种简单办法,单击菜单【Analyze】→【Measure Panicles】,将粒子大小设置为1进行预计算,得到平均粒子大小186.7,然后以这个数值作为粒子大小重新计数,就能得到比较准确的粒子数目了。

7ce17522fe3b2d3ef2b9e4aadcb9cf0b.png

03 条带灰度分析

ImageJ另外一个重要的功能是条带灰度值分析(DNA或Western Blot条带),下面讲解具体做法。

a. 打开条带图片,单击菜单【Image】→【Type】→【8 bit】,将图片转化成8位的灰度图;

b. 矩形工具选择要分析的条带,单击菜单【Analyze】→【Gels】→【Select First Lane】,选中后矩形框内会出现1的符号;

c. 单击菜单【Analyze】→【Gels】→【Plot Lanes】,得到初始峰图;

d. 用工具栏中的直线工具将峰图下方封口,使其成为几个独立的区域,用魔棒工具分别点击这几个独立的区域,得到最后的灰度值统计结果;

ce6c449a78936d113f5d5e56835f2c04.png

e. 测量多个条带的灰度值,可拖动图中的矩形框,选中下一行条带,单击菜单【Analyze】→【Gels】→【Select Next Lane】,选中所有条带后,同样使用直线工具封口,魔棒工具点击各区域得到面积,即灰度值;

f. 对数据做归一化处理,这里由于16-20为对照,分别用1-15每个条带的灰度值除以相应的对照,得到归一化的灰度值;

2ecd923eb33c0af8303f507ae68f64bd.png

g. 最后在excel中整理数据,并在Prism中画出相应的柱状图。(关于Prism的使用,请参看科研论文作图之Graphpad Prism)

47ab11e63bc71d264094975b0e0a20ba.png

04 图片导出

ImageJ的图片导出十分简单,单击菜单【File】→【Save As】,有Tiff, Gif, Png等各种常用的图片格式,读者可根据需要自行选择。

f2d20b50fc1662a2d5518e1d8fdbcbbc.gif

好了,ImageJ的使用就给大家带来到这,另外给大家提供一个视频教程:http://xy.bioon.com/course_video/Image-J-kuai-su-ru-men-ji-ji-ben-cao761484.html

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.mzph.cn/news/455999.shtml

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系多彩编程网进行投诉反馈email:809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

python中面向对象

面向对象 Object Oriented 面向对象的学习: 面向对象的语法(简单,记忆就可以搞定)面向对象的思想(稍难,需要一定的理解) 面向过程和面向对象的区别 面向过程开发,以函数作为基本结构…

【urllib】url编码问题简述

对url编解码总结 需要用到urllib库中的parse模块 import urllib.parse # Python3 url编码 print(urllib.parse.quote("天天")) # Python3 url解码 print(urllib.parse.unquote("%E5%A4%E5%A4%")) urlparse() # urllib.parse.urlparse(urlstring,scheme,…

冷知识 —— 地理

西安1980坐标系: 1978 年 4 月在西安召开全国天文大地网平差会议,确定重新定位,建立我国新的坐标系。为此有了 1980 国家大地坐标系。1980 国家大地坐标系采用地球椭球基本参数为 1975 年国际大地测量与地球物理联合会第十六届大会推荐的数据…

独家| ChinaLedger白硕:区块链中的隐私保护

隐私问题一直是区块链应用落地的障碍问题之一,如何既能满足监管,又能不侵害数据隐私,是行业都在攻克的问题。那么,到底隐私问题为何难?有什么解决思路,以及实践创新呢?零知识证明、同态加密等技…

手机处理器排行榜2019_手机处理器AI性能排行榜出炉,高通骁龙第一,华为排在第十名...

↑↑↑击上方"蓝字"关注,每天推送最新科技新闻安兔兔在近日公布了今年四月份Android手机处理器AI性能排行榜,榜单显示高通骁龙865处理器的AI性能在Android阵营中排在第一名——该处理器的AI性能得分接近46万分,今年的小米10、三星G…

芯片支持的且会被用到的H.264特性 预测编码基本原理

视频压缩: 1.H.264基本档次和主要档次;2.CAVLC熵编码,即基于上下文的自适应变长编码;(不支持CABAC,即基于上下文的自适应算术编码)分辨率:仅用到1080p60,即分辨率为1920*…

MongoDB 数据库 【总结笔记】

一、MongoDB 概念解析 什么是MongoDB? ​ 1、MongoDB是有C语言编写的,是一个基于分布式文件存储的开源数据库系统,在高负载的情况下,添加更多节点,可以保证服务器的性能 ​ 2、MongoDB为web应用提供了高性能的数据存储…

PHP 函数截图 哈哈哈

转载于:https://www.cnblogs.com/bootoo/p/6714676.html

python中的魔术方法

魔术方法 魔术方法就是一个类/对象中的方法,和普通方法唯一的不同时,普通方法需要调用!而魔术方法是在特定时刻自动触发。 1.__init__ 初始化魔术方法 触发时机:初始化对象时触发(不是实例化触发,但是和实…

2016年光伏电站交易和融资的十大猜想

1领跑者计划备受关注,竞价上网或从试点开始 领跑者计划规模大,上网条件好,又有政府背书,虽说价格也不便宜,但省去很多隐性成本,对于致力于规模化发展的大型企业来说仍是首要选择。同时,从能源管…

loading gif 透明_搞笑GIF:有这样的女朋友下班哪里都不想去

原标题:搞笑GIF:有这样的女朋友下班哪里都不想去这样的广场舞看着不凉快吗?大哥慢点,机器经受不住你这样的速度求孩子的心里阴影面积生孩子就是用来玩的。有这样的媳妇做饭,下班哪里也不想去1.领导在门外用门夹核桃&am…

Redis数据库 【总结笔记】

一、NoSql(非关系型数据库) NoSQL:NoSQL Not Only SQL 非关系型数据库 ​ NoSQL,泛指非关系型的数据库。随着互联网web2.0网站的兴起,传统的关系数据库在应付web2.0网站,特别是超大规模和高并发的SNS类型…

基于IP的H.264关键技术

一、 引言 H.264是ITU-T最新的视频编码标准,被称作ISO/IEC14496-10或MPEG-4 AVC,是由运动图像专家组(MPEG)和ITU的视频编码专家组共同开发的新产品。H.264分两层结构,包括视频编码层和网络适配层。视频编码层处理的是块、宏块和片的数据&…

“光伏进社区” 应及早谋划布局

所谓“光伏进社区”就是全国城乡居民家庭大批量的利用家庭光伏系统,甚至出现光伏的社区化联网交换、合作等更深入的活动。虽然“光伏进社区”还有很长的路要走,但“光伏进社区”的各种经济、技术、社会条件正越来越向有利方向发展。 城乡居民集聚社区是光…

python中的装饰器和抽象类

装饰器和抽象类 装饰器就是对函数或者方法或者类进行修饰 #第一步:创建一个普通函数 def laxi():print(噗哧噗哧噗哧噗哧~~~)#调用函数 laxi() laxi()#第二步:扩展函数的功能(不是装饰器) #声明一个扩展函数 def deco…

eigen库安装_OpenCV+Eigen上位机程序移植(七十一)

1、给硬盘分区现在小伙伴们对于给电脑硬盘分区想必比较头疼,给电脑硬盘分区分为两种情况,一是在安装系统之前给系统硬盘分区,二是在安装系统之后给硬盘分区,我们现在购买的品牌机和笔记本的用户比较多,而且笔记本和品牌…

【实战操作】使用FFmpeg将一个视频文件中音频合成到另一个视频中 只需三秒

直接进入主题 主要参数: -i——设置输入文件名。-f——设置输出格式。-y——若输出文件已存在时则覆盖文件。-fs——超过指定的文件大小时则结束转换。-t——指定输出文件的持续时间,以秒为单位。-ss——从指定时间开始转换,以秒为单位。-t从…

苹果依旧强大 物联网领域举足轻重

近几天科技界最火爆的话题就是苹果和谷歌两家公司,一是苹果发布财报,二是谷歌人工智能围棋战胜欧洲冠军以及谷歌母公司Alphabet或将超越苹果,成为世界上市值最大的公司。而在我眼里,未来五年内依然属于苹果。回顾下苹果公司公布的…

linux之SQL语句简明教程---SUBSTRING

SQL 中的 substring 函数是用来抓出一个栏位资料中的当中一部分。这个函数的名称在不同的资料库中不全然一样: MySQL: SUBSTR( ), SUBSTRING( )Oracle: SUBSTR( )SQL Server: SUBSTRING( )最经常使用到的方式例如以下 (在这里我们用 SUBSTR( ) 为例): SU…

H.264/AVC技术进展及其务实发展策略思考

随着NGN、3G及3G演进和NGBW等对视频、多媒体业务与网络应用的飞速发展需求,作为视频业务及存储应用核心技术的高效率 视频数字压缩编(译码)技术,愈来愈引起人们的关注,成为目前广播、视频与多媒体通信领域中的亮点与热点。制定视频编码标准的…