go kegg_KEGG分析及可视化

上一篇推文中我们解释了GO富集分析及可视化(GO富集分析及可视化),除了GO富集分析,我们经常在paper中看到KEGG分析,KEGG是什么呢,Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因和基因组百科全书,是系统分析基因功能,联系基因组信息和功能信息的知识库,其中包含有大量的通路图。

我们今天来介绍如何绘制KEGG的barplot和dotplot。

library(DOSE)
library(org.Hs.eg.db)
library(clusterProfiler)
geneNames <- names(geneList)[1:100] ##数据来自DOSE这个包
enrich <- enrichKEGG(gene = geneNames,organism = "hsa",pvalueCutoff = .1,qvalueCutoff = .1)

我们先来看看结果

> head(enrich)ID                                                   Description GeneRatio  BgRatio       pvalue     p.adjust       qvalue       geneID Count
hsa04110 hsa04110                                                    Cell cycle 8/48 124/8081 5.530092e-07 6.470207e-05 5.937572e-05    8318/991/9133/890/983/4085/7272/1111     8
hsa04218 hsa04218                                           Cellular senescence 7/48 156/8081 3.308115e-05 1.935248e-03 1.775936e-03    2305/4605/9133/890/983/51806/1111     7
hsa04114 hsa04114                                                Oocyte meiosis 6/48 129/8081 1.043242e-04 4.068644e-03 3.733708e-03    991/9133/983/4085/51806/6790     6
hsa04657 hsa04657                                       IL-17 signaling pathway 5/48  94/8081 2.206944e-04 5.747656e-03 5.274502e-03    4312/6280/6279/6278/3627     5
hsa04061 hsa04061 Viral protein interaction with cytokine and cytokine receptor 5/48 100/8081 2.947516e-04 5.747656e-03 5.274502e-03    3627/10563/6373/4283/6362     5
hsa04914 hsa04914                       Progesterone-mediated oocyte maturation 5/48 100/8081 2.947516e-04 5.747656e-03 5.274502e-03    9133/890/983/4085/6790     5

因为这个包里的数据已经是ENTREZID所以不需要对基因名称做转化,如果基因名字不是ENTREZID,需要添加一行转换基因名称的代码,把SYMBOL id转化为entrezid,代码如下:

gene <-  mapIds(org.Hs.eg.db, geneNames, 'ENTREZID', 'SYMBOL')

接下来开始图形的绘制

barplot(enrich,showCategory=30)
dotplot(enrich,showCategory=30)

d67b58d2b7096da5e45e0303e8acbf6a.png

f7d172d99f03a7d20b52a653fd64e6b1.png

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