综述 2017-Genome Biology：Alignment-free sequence comparison

Zielezinski, Andrzej, et al. "Alignment-free sequence comparison: benefits, applications, and tools." Genome biology 18 (2017): 1-17. https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-017-1319-7

  • 被引次数：476
  • 应用问题：全基因组系统发育、蛋白质家族分类、水平转移基因鉴定、重组序列检测

一、基于词频方法

图1

二、基于信息论

图2

三、Alignment-free sequence comparison tools for NGS data

当前可用程序的最新列表可以在 http://www.combio.pl/alfree/tools/ 上找到。访问日期：2017 年 8 月 23 日

四、Alignment-free sequence comparison tools for 研究目的

表格 link：Alignment-free sequence comparison: benefits, applications, and tools | Genome Biology | Full Text

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