玩转ChatGPT:批量下载Alphafold的蛋白pdb文件

一、写在前面

突发奇想,想批量下载Alphafold网站的蛋白pdb文件,后续再做个分子对接用。又不想手动下载,来求助CSDN和GPT。

二、CSDN白嫖基础代码

CSDN大神多,这不,找到一个:
Alphafold批量下载蛋白的pdb文件_pdb文件下载-CSDN博客

不过使用的是谷歌浏览器,我自己用的是Edge浏览器,因此需要魔改。

三、GPT魔改代码

话不多说,直接上步骤。

(1)安装Selenium包

selenium是自动化测试工具,可以理解为Python使用它来操作网页。

安装代码:

pip install selenium 

或者

conda install selenium

(2)安装Selenium驱动

Selenium需要一个驱动程序来与所选的浏览器交互,不同浏览器驱动不同。

我的是Edge浏览器,下载地址:

Microsoft Edge WebDriver - Microsoft Edge Developer

当然,是有版本区别的,因此,先看看我们的版本号:

下载相应版本的驱动:

解压,但是要记住放的路劲地址,比如我的是:O:/msedgedriver.exe

(3)GPT魔改后的代码

咒语要点主要是告诉GPT我们使用的是Edge浏览器、驱动放置的地点等,经过几轮Debug,代码如下:

import os
from selenium import webdriver
from selenium.webdriver.common.by import By
from selenium.webdriver.edge.service import Service
from selenium.webdriver import EdgeOptions
from selenium.webdriver.support.ui import WebDriverWait
from selenium.webdriver.support import expected_conditions as EC
import time# Constants
EDGE_DRIVER_PATH = r'O:/msedgedriver.exe'
WORK_PATH = r"O:/"
PROTEIN_FILE = "test1.txt"
XPATH_DOWNLOAD_LINK = "//*[@id=\"main-content-area\"]/app-entry/div[1]/div/app-summary-text/div/div[1]/div[2]/a[1]"
PAGE_LOAD_TIMEOUT = 2500
EXPLICIT_WAIT_TIMEOUT = 30  # 设置显式等待的超时时间# Edge Options
edge_options = EdgeOptions()
# edge_options.add_argument('--headless')
edge_options.add_argument('--disable-gpu')
service = Service(executable_path=EDGE_DRIVER_PATH)# Change working directory
os.chdir(WORK_PATH)# Read proteins from file
with open(PROTEIN_FILE, "r") as f:proteins = [line.strip() for line in f.readlines()]failed_downloads = []# Initialize browser instance
with webdriver.Edge(service=service, options=edge_options) as driver:driver.set_page_load_timeout(PAGE_LOAD_TIMEOUT)wait = WebDriverWait(driver, EXPLICIT_WAIT_TIMEOUT)for protein_id in proteins:print(f"{protein_id} is downloading!")driver.get(f"https://alphafold.ebi.ac.uk/entry/{protein_id}")try:download_link = wait.until(EC.element_to_be_clickable((By.XPATH, XPATH_DOWNLOAD_LINK)))download_link.click()time.sleep(4)  # Wait for the file to downloadprint(f"{protein_id} succeed!")except Exception as e:print(f"{protein_id} download failed!")failed_downloads.append(protein_id)# Write failed downloads to file
with open("failed.txt", "w") as df:
df.write("\n".join(failed_downloads))

(4)运行

首先,把需要下载的蛋白的Uniport的ID整理到一个txt文件,蛋白后面不要有空格,一个蛋白一行!!!我的保存路劲为:O:/。

准备就绪,运行代码:

批量下载Alphafold的蛋白pdb文件

可以看到,自动打开网页,点击下载,简单粗暴有内涵~

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.mzph.cn/news/120854.shtml

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系多彩编程网进行投诉反馈email:809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

Win10+Ubuntu20.04双系统双硬盘(SSD+HDD)安装与启动

Win10Ubuntu20.04双系统双硬盘安装与启动 前言准备工作Step 1: 备份你的数据Step 2: 制作安装Ubuntu的磁盘分区若以方式2进行安装:若以方式3进行安装: Step 3: 下载ubuntuStep 4: 制作ubuntu启动U盘Step 5: 从U盘启动ubuntuStep 6: 安装ubuntuStep 7: 系…

洗衣行业在线预约小程序+前后端完整搭建教程

大家好哇,好久不见!今天源码师父来给大家推荐一款洗衣行业在线预约的小程序,带有前后端的完整搭建教程。 目前,人们对生活品质的追求不断提高,但生活节奏却也不断加快。对品质的追求遇到了忙碌的生活节奏,…

将安全作为首要目标 — Venus 的现状和前景展望

DeFi 的全面爆发将上一轮牛市推向巅峰。在不断的演化中,DeFi 领域也产生了很多新兴的细分领域,比如收益聚合器、合成资产、各种 DeFi 收益工具,以及最近整个市场都在讨论的 RWA 等。 DeFi 在不断进化,不变的是,DEX 和借…

使用内网穿透本地MariaDB数据库,并实现在公网环境下使用navicat图形化工具

公网远程连接MariaDB数据库【cpolar内网穿透】 文章目录 公网远程连接MariaDB数据库【cpolar内网穿透】1. 配置MariaDB数据库1.1 安装MariaDB数据库1.2 测试局域网内远程连接 2. 内网穿透2.1 创建隧道映射2.2 测试随机地址公网远程访问3. 配置固定TCP端口地址3.1 保留一个固定的…

Django 注册及创建订单商品

注册功能的实现 user/views from rest_framework.generics import GenericAPIView from rest_framework.views import APIViewfrom apps.user.models import User from apps.user.serializers import UserSerializer from utils import ResponseMessage from utils.jwt_auth …

P1868 饥饿的奶牛

根据题意可以知道是一个动态规划,看完数据范围之后可以知道是一个线性DP。 解决方法有点类似于背包问题,枚举背包的每一个空间。 如果把坐标轴上每个点都看成一个块儿,只需要按顺序求出前 i 个块儿的最大牧草堆数,f[i] 就是前i的…

进一步了解视频美颜SDK:美颜SDK的技术原理

美颜技术在当今的数字世界中变得越来越流行,尤其是在视频直播、社交媒体和视频通话应用中。用户寻求通过美颜效果增强自己的外观,这种需求催生了众多美颜SDK(软件开发工具包)的出现。这些SDK使开发者能够轻松地将美颜功能集成到他…

注意力机制、Transformer模型、生成式模型、目标检测算法、图神经网络、强化学习、深度学习模型可解释性与可视化方法等详解

采用“理论讲解案例实战动手实操讨论互动”相结合的方式,抽丝剥茧、深入浅出讲解注意力机制、Transformer模型(BERT、GPT-1/2/3/3.5/4、DETR、ViT、Swin Transformer等)、生成式模型(变分自编码器VAE、生成式对抗网络GAN、扩散模型…

【代码思路】2023mathorcup 大数据数学建模B题 电商零售商家需求预测及库存优化问题

各位同学们好,我们之前已经发布了第一问的思路视频,然后我们现在会详细的进行代码和结果的一个讲解,然后同时我们之后还会录制其他小问更详细的思路以及代码的手把手教学。 大家我们先看一下代码这一部分,我们采用的软件是Jupyte…

通过流量安全分析发现主机异常

主机异常分析在计算机系统中具有重要意义。以下是主机异常分析的几个关键点: 1、检测安全威胁:主机是计算机系统的核心组件,通过对主机异常进行分析,可以快速检测到潜在的安全威胁,如恶意软件、病毒感染、黑客入侵等。…

js中的Formdata数据结构

这里写目录标题 一、基本概念二、常用方法1.append(name, value)、set(name, value)2.get()、getAll()3.has(name)4.delete(name)5.keys(),values(),entries() 三、其他细节1.for of遍历2.转为对象3.结合 URLSearchParams 转为queryString 一、基本概念 FormData 提供了一种表…

p5.js画布操作实战:创建,绑定指定元素,动态调整大小,隐藏滚动条,删除画布

文章简介 之前在 《p5.js 光速入门》 里粗略讲过一下如何使用 p5.js 创建画布。 这次要介绍几个 p5.js 提供的画布相关的方法。 创建画布时的相关配置。让画布绑定指定元素。重置画布大小。删除画布。 学习本文前你需要具备一点 p5.js 的知识,想了解的请查看 《p…

【Java 进阶篇】Java Request 继承体系详解

在Java编程中,Request(请求)是一个常见的概念,特别是在Web开发中。Request通常用于获取来自客户端的信息,以便服务器能够根据客户端的需求提供相应的响应。在Java中,Request通常涉及到一系列类和接口&#…

CAS 机制的实现原理分析

在 synchronized 中很多地方都用到了CAS机制,它的叫法有很多,比如CompareAndSwap、CompareAndExchange、CompareAndSet,它是一个能够进行比较和替换的方法,这个方法能够在多线程环境下保证对一个共享变量进行修改时的原子性不变。…

CentOS 编译安装TinyXml2

安装 TinyXml2 Git 源码下载地址:https://github.com/leethomason/tinyxml2 步骤1:首先,你需要下载tinyxml2的源代码。你可以从Github或者源代码官方网站下载。并上传至/usr/local/source_code/ 步骤2:下载完成后,需要将源代码解…

『力扣刷题本』:合并两个有序链表(递归解法)

一、题目 将两个升序链表合并为一个新的 升序 链表并返回。新链表是通过拼接给定的两个链表的所有节点组成的。 示例 1: 输入:l1 [1,2,4], l2 [1,3,4] 输出:[1,1,2,3,4,4]示例 2: 输入:l1 [], l2 [] 输出&#x…

Python---练习:使用for循环实现用户名+密码认证

案例: 用for循环实现用户登录 ① 输入用户名和密码 ② 判断用户名和密码是否正确(usernamelaowang,passwordlw123) ③ 登录仅有三次机会,超过3次会报错 思考: 用户登陆情况有3种: ① 用户名错误(此时…

Python OpenCV将n×n的小图拼接成m×m的大图

Python OpenCV将nn的小图拼接成mm的大图 前言前提条件相关介绍实验环境n \times n的小图拼接成m \times m的大图代码实现 前言 由于本人水平有限,难免出现错漏,敬请批评改正。更多精彩内容,可点击进入Python日常小操作专栏、OpenCV-Python小…

J2EE项目部署与发布(Windows版本)

一、单机项目 1.将项目共享到虚拟机 2.解压并将war包放入tomcat 3.运行tomcat并查看该项目的数据库配置 4.数据库导入脚本 先创建一个符合项目数据库配置的数据库名称 然后就是将项目脚本数据传输过去即可,如下: 项目数据传输过来了之后,我们…

分组卷积的思想神了

大家好啊,我是董董灿。 最近,分组卷积帮我解决了一个大忙,事情是这样的。 这几天遇到一个头疼的问题,就是要在某一芯片上完成一个神经网络的适配,这个神经网络中卷积居多,并且有一些卷积的通道数很大&…