下面是结果文件中一些列名的详细解释:
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ORF_ID: 预测的ORF(开放阅读框)的标识符。
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ORF_type: 预测的ORF类型,根据其与相关CDS(编码序列)的位置进行注释。报告的ORF类别包括:
- “annotated”: 与注释的CDS重叠,且与注释的CDS共享相同的终止密码子。
- “uORF”: 位于注释的CDS上游,不与注释的CDS重叠。
- “dORF”: 位于注释的CDS下游,不与注释的CDS重叠。
- “Overlap_uORF”: 位于注释的CDS上游,并与注释的CDS重叠。
- “Overlap_dORF”: 位于注释的CDS下游,并与注释的CDS重叠。
- “Internal”: 注释的CDS内部的ORF,但在不同的阅读框内。
- “novel”: 来源于非编码基因或编码基因的非编码转录本的ORF。
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alt_ORF_type: 仅在"_collapsed.txt"文件中显示,用于报告每个ORF的替代注释,基于其在其他转录本中的相对位置(不同于最长的转录本)。
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ORF_tstart, ORF_tstop: ORF相对于其转录本的起始和终止位置(1基准坐标)。
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ORF_gstart, ORF_gstop: ORF在基因组中的起始和终止位置(1基准坐标)。
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pval_frame0_vs_frame1: 帧0的P位点密度显著高于帧1的P值。
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pval_frame0_vs_frame2: 帧0的P位点密度显著高于帧2的P值。
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pval_combined: 通过结合pval_frame0_vs_frame1和pval_frame0_vs_frame2获得的综合P值。
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adjusted_pval: 多重检验校正后的调整P值。
这些列名和解释有助于理解结果文件中每列的含义以及数据的具体内容。希望这些详细解释对你有帮助。