计算R velocity的方法和流程(CellRank2)

愿武艺晴小朋友一定得每天都开心 


第一步:拿到cellranger count的文件夹;

运行cellranger count(这个得提前准备:R1和R2的fastq.gz文件 & 鼠的参考基因组文件)

wget https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp/refdata-gex-mm10-2020-A.tar.gz

最后会出现这个:Pipestance completed successfully! 就是跑好了!

第二步:在服务器上,conda创建velocyto环境;然后安装velocyto软件; 运行;

> 目标是从上游拿到loom文件

要准备3个文件:

1)基因组重复序列标记信息的gtf 文件

下载网址:Table Browser (ucsc.edu)  选好后,后点击get output下载 gtf 文件

2)10Xcellranger 官网提供的参考基因组下文件夹下的: genes/genes.gtf文件

      /home/ *** /Genomes/refdata-gex-mm10-2020-A/genes/genes.gtf

3)cellranger count 函数运行成功后产生的结果文件夹;

(有时候公司分析的数据,拿回自己做速率分析时:可以先试一下公司的cellranger的结果文件可不可以跑velocyto,如果可以就不用从FASTQ 开始了,但是把,公司蛮偷懒和省计算资源的,我这个样本就在设置参数时了不生成bam文件,导致就用不了公司的)。那就自己来了,虽然分析过程比较漫长,挂起呗!建议一个样本一个样本的做,要是一起上,那么大的内存门槛太高

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