蛋白质治病突变的计算方法(三)

3 用于识别致病突变的特征

文献中使用了几种特征来识别蛋白质中的致病突变。它们大致分为三类:(1)序列,(2)结构和(3)网络,以及它们的组合。图1说明了这三组中的一些重要属性。

                                      图1 用于识别致病突变和热点的重要特征。

基于氨基酸序列的特性包括理化特性、二级结构、位置特异性得分矩阵(PSSM)、特异性基序(motifs)和保守性得分。基于结构的性质包括界面分布(interface profiles)、残基的位置在核心和表面、相对溶剂可及面积(RSA)、体积、氢键供体和受体以及统计势能(statistical potentials)。基于网络的特征主要集中在分子相互作用网络、度、介数(betweenness)、紧密度(closeness)、特征向量和聚类系数等方面(eigen vector and clustering coefficient)。

3.1 基于序列的性质

3.1.1 理化性质

Gromiha等人(1999)收集了一组49种氨基酸特性,它们代表了物理、化学、构象(conformational)和能量特性。这些特性被广泛用于理解蛋白质的结构和功能,以及预测突变的后果。AAindexis是另一个数据库,它包含氨基酸各种理化和生化性质的数值指数。(没看懂这个数据库,但是链接是:AAindex: Amino acid index database (genome.jp))

3.1.2 预测的二级结构和溶剂可及性

蛋白质中每个残基的二级结构和可及表面面积(ASA)被用作识别致病突变的特征。二级结构主要有螺旋、股(stand)和盘管(coil)。一个残基的ASA分为暴露型(ASA > 25%)和埋型(ASA < 25%)。常用的基于序列的方法预测二级结构和溶剂可及性,包括JPred4,NetSurfP,SPIDER2 和SARPred。 

3.1.3 Motifs

motif代表氨基酸序列中的特定模式,由二肽中相邻残基的连续出现(XM;X:任何残基和M:感兴趣残基)、三肽等,以及在它们之间引入间隙(例如X*M;*:差距)。motif提取细节如图2所示。

            图2 从蛋白质序列中提取不同的基序以识别致病突变和热点残基。

这些motifs的偏好用“odds score”来解释,它被定义为特定基序在疾病易感位点和中性位点(突变)中的比例。它由以下公式计算:

其中NdP(disease-prone)和NnP(neutral)分别表示在疾病易感位点和中性位点(或突变)出现特定的二肽或三肽基序。Nd和Nn是数据集中易患病位点和中性位点(或突变)的总数。

(公式总体来看像是易感/中性,然后每个小的又是二/三肽比所有)

3.1.4 氨基酸组成

氨基酸组成表示从热点残基(或致病突变)开始的序列在选定的窗口长度内氨基酸残基的出现情况。窗口长度为3的残基包括中心残基,并且在中心残基的两侧各有一个(图2中的R175包括VRC)。一般情况下,计算组成时考虑3 ~ 21个残差的窗口长度。它计算公式是:

其中,i表示20种的氨基酸,ni表示其中i这种氨基酸的数量,N表示所有氨基酸的数量。

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.mzph.cn/pingmian/1571.shtml

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系多彩编程网进行投诉反馈email:809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

go下载依赖时超时timeout

go下载依赖时超时timeout go: module k8s.io/component-base/logs: Get “https://proxy.golang.org/k8s.io/component-base/logs/v/list”: dial tcp 172.217.160.113:443: i/o timeout 解决办法如下&#xff0c;运行命令&#xff1a; go env -w GO111MODULEon go env -w GO…

李宏毅2022机器学习/深度学习 个人笔记(3)

本系列用于推导、记录该系列视频中本人不熟悉、或认为有价值的知识点 本篇记录代码效果不佳时应该怎么做 如下图所示&#xff1a; 接下来探讨&#xff0c;当optimization不佳的时候&#xff0c;如何判断是遇到了鞍点还是遇到了局部最小值点&#xff1f;可以通过多元函数的泰勒…

【大语言模型+Lora微调】10条对话微调Qwen-7B-Chat并进行推理 (聊天助手)

代码&#xff1a;https://github.com/QwenLM/Qwen/tree/main 国内源安装说明&#xff1a;https://modelscope.cn/models/qwen/Qwen-7B-Chat/summary 通义千问&#xff1a;https://tongyi.aliyun.com/qianwen 一、环境搭建 下载源码 git clone https://github.com/QwenLM/Qwen…

是用computed获取vuex数据后,修改数据页面不响应的问题

问题描述&#xff1a; 代码里使用computed获取mapGetters的数据后&#xff0c;直接在页面使用&#xff0c;在methods中更新数据后&#xff0c;控制台打印数据已经更改&#xff0c;但是页面上的数据没有同步更改和响应。 分析&#xff1a; 1.computed是计算属性&#xff0c;所有…

【Linux 进程间通信】管道(三)

文章目录 1.管道的五种特征2.管道的四种情况 1.管道的五种特征 ①&#x1f34e;匿名管道只能用于有血缘关系的进程之间进行通信&#xff08;爷孙进程之间可以进行通信&#xff09;&#xff0c;常用于父子之间进行通信&#xff1b; ②&#x1f34e;管道内部&#xff0c;自带进…

【数据结构】时间复杂度的例题

&#x1f381;个人主页&#xff1a;我们的五年 &#x1f50d;系列专栏&#xff1a;数据结构 &#x1f337;追光的人&#xff0c;终会万丈光芒 前言&#xff1a; 这篇文章是关于时间复杂度的一些例题&#xff0c;关于时间复杂度和空间复杂度和算法的计算效率的基本知识点我放在…

Linux之C编程入门

目录 第1关&#xff1a;第一个C程序 任务描述 相关知识 编译C程序 编程要求 答案及其步骤&#xff1a; 第2关&#xff1a;Linux编译C程序 任务描述 相关知识 gcc编译器使用方法 编程要求 答案及其步骤&#xff1a; 第3关&#xff1a;Linux之静态库编写 任务描述 相关知识 生成…

Leetcode 3122. Minimum Number of Operations to Satisfy Conditions

Leetcode 3122. Minimum Number of Operations to Satisfy Conditions 1. 解题思路2. 代码实现 题目链接&#xff1a;3122. Minimum Number of Operations to Satisfy Conditions 1. 解题思路 这一题就是一个动态规划的思路&#xff0c;我们只需要对每一列取0到9的情况各自进…

玩转云计算:教你在Akamai Linode上构建IT架构—确定需求

时至今日&#xff0c;选择以云计算方式来运维业务&#xff0c;已经成为大部分情况下的最优选。那么如果要从零开始开发一个新应用&#xff0c;并依托云平台来设计、开发、部害和远维&#xff0c;具体该从何处下手&#xff1f;这一系列文章将介绍如何基于Akamai Linode平台实现这…

Java最短路径问题知识点(含面试大厂题和源码)

最短路径问题是图论中的一个经典问题&#xff0c;它寻找图中两点之间的最短路径。这个问题在现实世界中有广泛的应用&#xff0c;比如导航系统中的路线规划、网络中的信息传输等。解决最短路径问题有多种算法&#xff0c;其中最著名的包括&#xff1a; 贝尔曼-福特算法&#xf…

【深度学习】Attention、Self-Attention、Multi-Head Attention

一、Attention 在CV领域&#xff0c;注意力机制通常分为通道注意力和空间注意力或者两者结合。 一张图像经backbone得到的特征通常包括多个通道&#xff0c;每个通道是一个像素矩阵&#xff0c;每个通道对任务的贡献不尽相同&#xff0c;单个通道的特征图中每个像素对任务的贡…

2W 3KVDC 隔离双输出 DC/DC 电源模块——TPD-2W 系列

TPD-2W系列提供双独立输出电压&#xff0c;并且两组电压可以不同&#xff0c;这样就节省一个电源模块&#xff0c;特别适合一块板上有多个不同电压要求的设计&#xff0c;而外形尺寸和TPA一样&#xff0c;工作温度范围广-40℃到 105℃。

K8s: 在Pod里面对容器进行配额管理和相关原理

Pod里面对容器进行配额管理 在生产环境中&#xff0c;内存占用通常很大&#xff0c;如果里面有死循环&#xff0c;会导致内存和cpu过大导致影响其他pod运行资源 需要让资源在受控的环境下运行&#xff0c;一般都是加上 resources limits 的配置才能达到最佳实践 默认cpu是0.5…

LabVIEW连接postgre sql

一、安装ODBC 下载对应postgreSQL版本的ODBC 下载网址&#xff1a;http://ftp.postgresql.org/pub/odbc/versions/msi/ 下载好后默认安装就行&#xff0c;这样在ODBC数据源中才能找到。 二、配置系统DSN 实现要新建好要用的数据库&#xff0c;这里的用户名&#xff1a;postg…

new[]与delete[]

&#xff08;要理解之前关于new,delete的一些概念&#xff0c;看​​​​​​ CSDN&#xff09; 引子&#xff1a; 相比new&#xff0c;new[]不仅仅是个数的增加&#xff0c;还有int大小记录空间的创建&#xff0c; 下图中错误的用模拟多个new来替代new[]&#xff0c;释放步…

tcp网络编程(基础)

目录 一.编程前的一些基础 二.tcp网络编程 1.一个服务器只能有一个客户端连接&#xff08;下面代码&#xff09; Socket.hpp TcpServer.hpp TcpServerMain.cc TcpClientMain.cc 2.一个服务器可以有多个客户端连接&#xff08;多线程&#xff09; 看这篇文章前&#xff0c…

自定义注解+AOP实现日志记录

定义日志表结构 CREATE TABLE sys_oper_log (id bigint NOT NULL AUTO_INCREMENT COMMENT 日志主键,title varchar(50) DEFAULT COMMENT 模块标题,business_type varchar(20) DEFAULT 0 COMMENT 业务类型&#xff08;0其它 1新增 2修改 3删除&#xff09;,method varchar(100…

9.MMD 基础内容总结及制作成品流程

前期准备 1. 导入场景和模型 在左上角菜单栏&#xff0c;显示里将编辑模型时保持相机和光照勾选上&#xff0c;有助于后期调色 将抗锯齿和各向异性过滤勾掉&#xff0c;可以节省资源&#xff0c;避免bug 在分辨率设定窗口&#xff0c;可以调整分辨率 3840x2160 4k分辨率 1…

【python】图形用户界面学习之tkinter

认识tkinter Tkinter是Python中内置的图形用户界面&#xff08;GUI&#xff09;库。它是Tk GUI工具包的接口&#xff0c;可以创建和管理窗口、按钮、标签、文本框等各种GUI组件&#xff0c;并与用户交互。 使用Tkinter&#xff0c;可以创建各种GUI应用程序&#xff0c;如桌面…

QT Webengine开发过程报错qml: Render process exited with code 159 (killed)

提示&#xff1a;文章写完后&#xff0c;目录可以自动生成&#xff0c;如何生成可参考右边的帮助文档 文章目录 前言一、解决方法二、补充说明总结 前言 基于QT的Webengine开发过程中&#xff0c;QT的官方示例quicknanobrowser也无法成功运行&#xff0c;程序运行后&#xff0…