TMStarget学习——T1 Segmentation数据处理及解bug

最新学习季公俊老师的神器 TMStarget 的第一个模块基于结构像的靶区计算T1 segmentation。下面上步骤:
(1)在github 上下载 TMStarget
https://github.com/jigongjun/Neuroimaging-and-Neuromodulation
在这里插入图片描述

(2)按照要求下载依赖工具软件AFQ、vistasoft、SPM12
在这里插入图片描述
(3)在Matlab 设置路径处安装SPM12、AFQ、vistasoft和TMStarget
(4)在Matlab命令窗口中输入TMStarget 启动
在这里插入图片描述
##T1 Segmentation
一种基于T1结构像分割的个体靶区计算功能。
1)基于页面toolbox中的的sphereROI 制作MNI空间的靶区小球
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述
2)启动T1 Segmentation功能
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述
3)Run 以后,软件输出分割的颅脑、个体上的靶区文件
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述
小结:
核心处理步骤:
->制作MNI空间靶区小球;
->对个体T1核磁数据分割出大脑;
->将MNI大脑配准到个体大脑上并得到变换参数;
->基于变换参数将MNI靶区变换到个体空间。

(5)运行中的bug
1) 报 ListSubj 函数不识别
把如下路径的2个文件copy到其父级目录,使得该两个文件与 TMStarget.m在相同路径下
在这里插入图片描述
2)报索引超出目录,总之就是路径下没有找到文件,长度也不对
在这里插入图片描述
需要查看TMStargetT1.m文件中遍历数据格式的
在这里插入图片描述
从上面可以知道,我们的T1Img文件夹中的原始数据是nii或者nii.gz格式。所以如上代码文件中的语句需要做对应性修改。

3)索引超出数组元素数目
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.mzph.cn/news/880154.shtml

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系多彩编程网进行投诉反馈email:809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

OpenAI o1团队突破性论文:『过程推理』中数学推理能力大幅提升,从正确中学习的新方法

原创 超 近年来,大型语言模型(LLMs)在复杂的多步推理任务中取得了令人瞩目的进展。这些模型能够生成逐步的思维链,解决从小学数学到高等微积分的各种问题。然而,即使是最先进的模型也常常陷入逻辑陷阱,产生看似合理但实际错误的推…

只装了WPS,DOC文档无法打开

只装了WPS,DOC文档无法打开 打开WPS --> 全局设置 --> 设置 --> 文件格式关联 --> 与office 2007兼容 也可以选择office 2003 或 office 2010 兼容 dox文件的默认打开方式也变为WPS

1.3 计算机网络的分类

欢迎大家订阅【计算机网络】学习专栏,开启你的计算机网络学习之旅! 文章目录 前言一、按分布范围分类二、按传输技术分类三、按拓扑结构分类四、按使用者分类五、按传输介质分类 前言 计算机网络根据不同的标准可以被分为多种类型,本章从分布…

iostat 命令:系统状态监控

一、命令简介 ​iostat ​命令用于报告系统中 CPU、磁盘、tty 设备和 CPU 利用率统计信息。 ‍ 需安装 sysstat ​软件包,该软件包提供了一组工具,包括 iostat​、sar​、mpstat ​等,用于系统性能监控和报告。 ‍ 二、命令参数 iostat…

STM32 MPU加速效果测试

测试代码&#xff1a; static volatile uint32_t cnt;cnt 0;uint64_t time time_spent({while (cnt < 1000000){cnt;}});log_info("test time spent: %llu us\r\n", time); 结果&#xff1a; //未开启Cache fmc_ram test: uint32_t spent time: 955963 us uin…

STM32之串口通信

什么是串口 串行通信接口&#xff1a;指按位发送和接收的接口&#xff0c;如RS232/422/485 RS232电平和COMS/TTL电平对比 RS232电平&#xff1a;逻辑1&#xff1a;-15V ~ -3V 逻辑0:3V ~ 15V CMOS电平: 逻辑1&#xff1a;3.3V 逻辑0&#xff1a;0V &#xff08;STM32使用&am…

服务注册中心对比及使用场景分析

目录 引言服务注册中心简介注册中心对比 1. Consul 1.1 介绍1.2 特性1.3 使用场景1.4 AP vs CP 2. Nacos 2.1 介绍2.2 特性2.3 使用场景2.4 AP vs CP 3. ZooKeeper 3.1 介绍3.2 特性3.3 使用场景3.4 AP vs CP 对比表格选择建议总结 引言 随着微服务架构的普及&#xff0c;服…

QT----基于QML的计时器

赶上了实习的末班车,现在在做QML开发,第一天的学习成果,一个计时器.逻辑挺简单的,纯QML实现,代码在仓库QT-Timer 学习使用c的listmodel 学习使用了如何用c的listmodel来存储数据. 新建一个TImeListModel类继承自QAbstractListModel class TimeListModel : public QAbstrac…

前端大屏自适应方案

一般后台管理页面&#xff0c;需要自适应的也就是大屏这一个&#xff0c;其他的尺寸我感觉用第三方框架继承好的就挺合适的&#xff0c;当然自适应方案也可以同步到所有页面&#xff0c;但我感觉除了 to c 的项目&#xff0c;不太需要所有页面自适应&#xff0c;毕竟都是查看和…

STM32CUBEIDE FreeRTOS操作教程(五):mutex互斥信号量

STM32CUBEIDE FreeRTOS操作教程&#xff08;五&#xff09;&#xff1a;mutex互斥信号量 STM32CUBE开发环境集成了STM32 HAL库进行FreeRTOS配置和开发的组件&#xff0c;不需要用户自己进行FreeRTOS的移植。这里介绍最简化的用户操作类应用教程。以STM32F401RCT6开发板为例&am…

通过http地址下载文件

1.HttpWebResponse方法 public void GetPostContent(string url, string localSavePath) {try{ServicePointManager.SecurityProtocol SecurityProtocolType.Tls12;HttpWebRequest myRequest (HttpWebRequest)WebRequest.Create(url);myRequest.Method "GET";myR…

蓝牙技术|详谈蓝牙信道探测技术,可实现厘米级精准定位

2024年9月5日&#xff0c;蓝牙技术联盟发布蓝牙6.0核心规范。相比此前各版本&#xff0c;蓝牙核心规范6.0版的主要创新和新功能包括&#xff1a;支持蓝牙信道探测、同步适配层增强、LL扩展功能和 帧空间更新。 蓝牙信道探测 市场上已经有不少高精度定位技术了&#xff0c;像 …

ToF传感器更新

我们最近改进了 ToF 解码管道&#xff08;固件&#xff09;和 ToF 工厂校准&#xff0c;该校准已应用于我们最新的带有 ToF 相机的OAK-D-SR-PoE 1. 点云 这是直接来自摄像机的原始点云&#xff08;没有应用任何后处理过滤器&#xff09;。 2. ToF 精度 &#xff08;ToF 深度误差…

界面控件Telerik UI for WinForms 2024 Q3概览 - 支持合并单元格等

Telerik UI for WinForms拥有适用Windows Forms的110多个令人惊叹的UI控件。所有的UI for WinForms控件都具有完整的主题支持&#xff0c;可以轻松地帮助开发人员在桌面和平板电脑应用程序提供一致美观的下一代用户体验。 本文将介绍界面组件Telerik UI for WinForms在今年第一…

PostgreSQL 模式

PostgreSQL 模式 介绍 PostgreSQL 是一种功能强大的开源对象关系数据库管理系统&#xff08;ORDBMS&#xff09;&#xff0c;它以其可靠性、健壮性和支持高级功能而闻名。在 PostgreSQL 中&#xff0c;模式&#xff08;schema&#xff09;是一个重要的概念&#xff0c;它用于…

3d可视化图片:通过原图和深度图实现

1、depthy 在线体验demo: https://depthy.stamina.pl/#/ 也可以docker安装上面服务: docker run --rm -t -i -p 9000:9000 ndahlquist/depthy http://localhost:90001)首先传原图 2)再传对应深度图 3)效果 </ifra

Linux ubuntu debian系统安装UFW防火墙图形化工具GUFW

GUFW是UFW的图形化前端&#xff0c;可以通过以下命令安装&#xff1a; sudo apt install gufw安装成功后&#xff0c;可以通过应用程序菜单启动GUFW&#xff0c;在图形界面中&#xff0c;可以方便地添加、修改和删除规则&#xff0c;查看状态和日志。

如何在Windows上安装Docker

在 Windows 上使用 Docker 有两种主要方式&#xff1a;通过 Docker Desktop 安装并使用 WSL 2 作为后端&#xff0c;或者直接在 WSL 2 中安装 Docker。这里推荐手残党直接用图形界面安装到WSL 2的后端&#xff1a; 一、启用Hyper-V和容器特性 1. 右键Windows点击应用和功能 …

【ppt2svg svg2png/jpg】ppt转图片解决方案

ppt处理工具 pptx 免费&#xff0c;功能有限&#xff0c;会有一些问题aspose 收费&#xff0c;功能丰富&#xff0c;有水印spire 收费&#xff0c;功能丰富&#xff0c;有水印基于js/vue的方案 任务&#xff1a;PPT转图片 为了跳过水印&#xff0c;有几种间接的方案 方案一 …

分布式系统的概念与设计模式

概念 定义&#xff1a;分布式系统是指将数据和计算任务分散到多个独立的计算机上&#xff0c;这些计算机通过网络进行通信和协作&#xff0c;共同对外提供服务。分布式系统不仅提高了系统的可靠性和可扩展性&#xff0c;还增强了系统的并发处理能力和数据管理能力。 特点&…