Python28-7.5 降维算法之t-分布邻域嵌入t-SNE

t-分布邻域嵌入（t-distributed Stochastic Neighbor Embedding，t-SNE）是一种用于数据降维和可视化的机器学习算法，尤其适用于高维数据的降维。t-SNE通过将高维数据嵌入到低维空间（通常是二维或三维）中，使得在高维空间中相似的点在低维空间中仍然保持相似，而不相似的点被分离开来。

t-SNE的基本原理

t-SNE通过两步将高维数据降维：

计算高维空间中的相似性：在高维空间中，t-SNE使用高斯分布来计算数据点之间的相似性。给定数据点x_i和 x_j，其相似性 p_ij定义为：

这里，sigma_i 是根据Perplexity参数自动确定的。
计算低维空间中的相似性：在低维空间中，t-SNE使用t分布来计算数据点之间的相似性。给定低维数据点 y_i和 y_j，其相似性 q_ij定义为：
最小化KL散度：t-SNE通过最小化高维相似性分布 (P) 和低维相似性分布 (Q) 之间的Kullback-Leibler (KL) 散度来优化低维嵌入：

t-SNE的特点

保持局部结构：t-SNE在保持数据局部结构（局部相似性）方面表现非常好，能够揭示数据中的细节模式。
非线性降维：t-SNE是非线性降维方法，适合处理具有复杂非线性结构的数据。
高计算量：t-SNE计算量较大，尤其是在处理大规模数据集时。

t-SNE的应用

t-SNE广泛应用于数据可视化，特别是以下领域：

图像处理：用于高维图像特征的可视化。
自然语言处理：用于文本和词嵌入的可视化。
生物信息学：用于基因表达数据的可视化。
聚类分析：用于聚类结果的可视化。

示例代码

以下是使用Python库scikit-learn实现t-SNE的示例代码：

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from sklearn.manifold import TSNE
from sklearn.datasets import load_digits# 加载数据
digits = load_digits()
X = digits.data
y = digits.target# 使用t-SNE降维
tsne = TSNE(n_components=2, perplexity=30, n_iter=300)
X_embedded = tsne.fit_transform(X)# 可视化结果
plt.figure(figsize=(10, 8))
scatter = plt.scatter(X_embedded[:, 0], X_embedded[:, 1], c=y, cmap='viridis')
plt.colorbar(scatter)
plt.title("t-SNE visualization of the digits dataset")
plt.xlabel("t-SNE component 1")
plt.ylabel("t-SNE component 2")
plt.show()