chopper简介

chopper是NanoFilt和NanoLyse的Rust语言版本，适用于长reads测序（如PacBio和纳米孔测序ONT）的过滤和修剪fastq文件。

chopper相对于python编写的NanoFilt和NanoLyse，运行输出相同结果的时间更短，且NanoFilt和NanoLyse现已停止更新，选择使用chopper会有更高的效率。

github地址: https://github.com/wdecoster/chopper

chopper安装

# conda安装
conda install -c bioconda chopper -y# linux发行版zip包安装
mkdir chopper && cd chopper 
wget https://github.com/wdecoster/chopper/releases/download/v0.8.0/chopper-linux.zip
unzip chopper-linux.zip
# 添加执行权限
chmod +x chopper
# 加入环境变量
echo "export PATH=/software/chopper/:$PATH" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrcchopper  -h

运行示例

# 对于fastq.gz文件作为输入+管道+过滤质量低于10、长度低于1000bp的序列，gzip压缩为.gz文件
gunzip -c sample.fastq.gz | chopper -q 10 -l 1000 \
| gzip > sample.filtered.fastq.gz# fastq文件作为输入
chopper -q 10 -l 500 -i sample.fastq > sample.filtered.fastq.gz# fastq.gz文件作为输入，并对输出文件进行压缩
chopper -q 10 -l 500 -i sample.fastq.gz \
| gzip > sample.filtered.fastq.gz

参数说明：

-l ,–minlength :过滤掉小于指定长度的序列
-q , --quality ：过滤掉低于指定质量序列
-i, input： 输入文件，默认从stdin读取
–maxlength ：过滤掉超过此长度的序列, 默认2147483647
–threads：线程数，默认4
–contam: 参考fasta文件检查潜在的污染，默认None
–minGC：过滤掉低于指定GC含量此百分比的序列，默认0
–maxGC：过滤掉大于指定GC含量此百分比的序列， 默认1.0
–headcrop：从头部切掉n bp，默认0
–tailcrop：尾部切掉n bp，默认0