【病理数据】svs格式数据解读

Openslide

病理图像通常以.svs格式存储在数据库中。要想使用python处理svs格式的图像，我们通常使用Openslide模块。
关于Openslide模块的安装详见这个博客：
【解决Error】ModuleNotFoundError: No module named ‘openslide‘

病理图像数据结构

病理图像svs数据是以金字塔结构存储的。
为什么病理图像会有这么多level？
不同的level对应不同的放大倍数。
病理学家在用仪器对切片进行图像采集时，涉及到不同的放大倍数。不同的放大倍数展示了不同程度的细胞信息，例如放大倍数越小，看到的更多是全局的图像轮廓信息，放大倍数越大，看到的更多是局部的细胞分化等信息。这些不同的信息对于之后的肿瘤预测的不同任务有不同的作用。因此，svs格式保留了不同放大倍数下的图像信息。

在这里插入图片描述

可以使用以下代码查看WSI图像的level信息：

import openslide# 打开WSI文件
slide = openslide.open_slide(wsi_path)
# 获取WSI的level数量
num_levels = slide.level_count
# 获取每个level下图像的维度大小
dimensions = slide.level_dimensionsprint("WSI Level数量：", num_levels)
print("WSI Level明细：", dimensions)

在这里插入图片描述

level与放大倍数

上面我们了解到不同的level对应着不同的放大倍数，但是是否所有WSI图像的level都对应着相同的放大倍数呢？

# 获取WSI元数据，读取level0对应的放大倍数
if 'aperio.AppMag' in slide.properties.keys():level_0_magnification = int(slide.properties['aperio.AppMag'])
elif 'openslide.mpp-x' in slide.properties.keys():level_0_magnification = 40 if int(np.floor(float(slide.properties['openslide.mpp-x']) * 10)) == 2 else 20
else:level_0_magnification = 40# 输出level0对应的放大倍数
print("level_0对应的放大倍数为:",level_0_magnification)