软件系统做项目安全保证措施的原因有以下几点：
保护数据安全：通过安全措施可以保护数据不被非法获取、篡改或损坏。
保障系统稳定：安全措施可以减少系统受到的威胁，确保系统的稳定运行。
符合法律法规：为了遵守国家和地方的法律法规，软件系统需要采取必要的安全措施。
提高用户信任度：安全措施可以提高用户对软件系统的信任度，从而提高用户的使用意愿。
预防潜在风险：安全措施可以预防潜在的风险，例如防止黑客攻击、病毒传播等。
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