输入文件详解
PLINK主要使用以下三种文件格式：
- .ped文件：文本文件，列出所有样本的基因型数据。每行代表一个样本，包含个体和家系信息，以及其对应的基因型数据。
- .map文件：文本文件，与.ped文件配合使用，列出了基因型数据中所有SNP的位置信息。每行代表一个SNP，包含染色体号、标记名、遗传距离和物理位置。
- .bed、.bim、.fam文件：这是PLINK的二进制文件格式，功能类似于.ped和.map文件，但大小更小，读写速度更快。
- .bed文件存储基因型数据。
- .bim文件存储SNP信息。
- .fam文件存储样本家系信息。
计算命令
plink --bfile [输入文件的基本名] --r2 --ld-window-kb 500 --ld-window 99999 --ld-window-r2 0 --out 
)