给你1个文件bigdata,大小4663M,5亿个数,文件中的数据随机,如下一行一个整数:
61963023557681612158020393452095006174677379343122016371712330287901712966901...7005375
现在要对这个文件进行排序,怎么搞?
内部排序
先尝试内排,选2种排序方式:
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privatefinalint cutoff = 8;
-
-
public void perform(Comparable[] a) {
-
perform(a,0,a.length - 1);
-
}
-
-
private int median3(Comparable[] a,int x,int y,int z) {
-
if(lessThan(a[x],a[y])) {
-
if(lessThan(a[y],a[z])) {
-
return y;
-
}
-
elseif(lessThan(a[x],a[z])) {
-
return z;
-
}else {
-
return x;
-
}
-
}else {
-
if(lessThan(a[z],a[y])){
-
return y;
-
}elseif(lessThan(a[z],a[x])) {
-
return z;
-
}else {
-
return x;
-
}
-
}
-
}
-
-
private void perform(Comparable[] a,int low,int high) {
-
int n = high - low + 1;
-
//当序列非常小,用插入排序
-
if(n <= cutoff) {
-
InsertionSort insertionSort = SortFactory.createInsertionSort();
-
insertionSort.perform(a,low,high);
-
//当序列中小时,使用median3
-
}elseif(n <= 100) {
-
int m = median3(a,low,low + (n >>> 1),high);
-
exchange(a,m,low);
-
//当序列比较大时,使用ninther
-
}else {
-
int gap = n >>> 3;
-
int m = low + (n >>> 1);
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int m1 = median3(a,low,low + gap,low + (gap << 1));
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int m2 = median3(a,m - gap,m,m + gap);
-
int m3 = median3(a,high - (gap << 1),high - gap,high);
-
int ninther = median3(a,m1,m2,m3);
-
exchange(a,ninther,low);
-
}
-
-
if(high <= low)
-
return;
-
//lessThan
-
int lt = low;
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//greaterThan
-
int gt = high;
-
//中心点
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Comparablepivot = a[low];
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int i = low + 1;
-
-
/*
-
* 不变式:
-
* a[low..lt-1] 小于pivot -> 前部(first)
-
* a[lt..i-1] 等于 pivot -> 中部(middle)
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* a[gt+1..n-1] 大于 pivot -> 后部(final)
-
*
-
* a[i..gt] 待考察区域
-
*/
-
-
while (i <= gt) {
-
if(lessThan(a[i],pivot)) {
-
//i-> ,lt ->
-
exchange(a,lt++,i++);
-
}elseif(lessThan(pivot,a[i])) {
-
exchange(a,i,gt--);
-
}else{
-
i++;
-
}
-
}
-
-
// a[low..lt-1] < v = a[lt..gt] < a[gt+1..high].
-
perform(a,low,lt - 1);
-
perform(a,gt + 1,high);
-
}
归并排序:
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/**
-
* 小于等于这个值的时候,交给插入排序
-
*/
-
privatefinalint cutoff = 8;
-
-
/**
-
* 对给定的元素序列进行排序
-
*
-
* @param a 给定元素序列
-
*/
-
@Override
-
public void perform(Comparable[] a) {
-
Comparable[] b = a.clone();
-
perform(b, a, 0, a.length - 1);
-
}
-
-
private void perform(Comparable[] src,Comparable[] dest,int low,int high) {
-
if(low >= high)
-
return;
-
-
//小于等于cutoff的时候,交给插入排序
-
if(high - low <= cutoff) {
-
SortFactory.createInsertionSort().perform(dest,low,high);
-
return;
-
}
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-
int mid = low + ((high - low) >>> 1);
-
perform(dest,src,low,mid);
-
perform(dest,src,mid + 1,high);
-
-
//考虑局部有序 src[mid] <= src[mid+1]
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if(lessThanOrEqual(src[mid],src[mid+1])) {
-
System.arraycopy(src,low,dest,low,high - low + 1);
-
}
-
-
//src[low .. mid] + src[mid+1 .. high] -> dest[low .. high]
-
merge(src,dest,low,mid,high);
-
}
-
-
private void merge(Comparable[] src,Comparable[] dest,int low,int mid,int high) {
-
-
for(int i = low,v = low,w = mid + 1; i <= high; i++) {
-
if(w > high || v <= mid && lessThanOrEqual(src[v],src[w])) {
-
dest[i] = src[v++];
-
}else {
-
dest[i] = src[w++];
-
}
-
}
-
}
数据太多,递归太深 ->栈溢出?加大Xss?数据太多,数组太长 -> OOM?加大Xmx?
耐心不足,没跑出来.而且要将这么大的文件读入内存,在堆中维护这么大个数据量,还有内排中不断的拷贝,对栈和堆都是很大的压力,不具备通用性。
sort命令来跑
跑了多久呢?24分钟.
为什么这么慢?
粗略的看下我们的资源:
内存 jvm-heap/stack,native-heap/stack,page-cache,block-buffer 外存 swap + 磁盘 数据量很大,函数调用很多,系统调用很多,内核/用户缓冲区拷贝很多,脏页回写很多,io-wait很高,io很繁忙,堆栈数据不断交换至swap,线程切换很多,每个环节的锁也很多.
总之,内存吃紧,问磁盘要空间,脏数据持久化过多导致cache频繁失效,引发大量回写,回写线程高,导致cpu大量时间用于上下文切换,一切,都很糟糕,所以24分钟不细看了,无法忍受.
位图法
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privateBitSet bits;
-
-
publicvoid perform(
-
String largeFileName,
-
int total,
-
String destLargeFileName,
-
Castor<Integer> castor,
-
int readerBufferSize,
-
int writerBufferSize,
-
boolean asc) throwsIOException {
-
-
System.out.println("BitmapSort Started.");
-
long start = System.currentTimeMillis();
-
bits = newBitSet(total);
-
InputPart<Integer> largeIn = PartFactory.createCharBufferedInputPart(largeFileName, readerBufferSize);
-
OutputPart<Integer> largeOut = PartFactory.createCharBufferedOutputPart(destLargeFileName, writerBufferSize);
-
largeOut.delete();
-
-
Integer data;
-
int off = 0;
-
try {
-
while (true) {
-
data = largeIn.read();
-
if (data == null)
-
break;
-
int v = data;
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set(v);
-
off++;
-
}
-
largeIn.close();
-
int size = bits.size();
-
System.out.println(String.format("lines : %d ,bits : %d", off, size));
-
-
if(asc) {
-
for (int i = 0; i < size; i++) {
-
if (get(i)) {
-
largeOut.write(i);
-
}
-
}
-
}else {
-
for (int i = size - 1; i >= 0; i--) {
-
if (get(i)) {
-
largeOut.write(i);
-
}
-
}
-
}
-
-
largeOut.close();
-
long stop = System.currentTimeMillis();
-
long elapsed = stop - start;
-
System.out.println(String.format("BitmapSort Completed.elapsed : %dms",elapsed));
-
}finally {
-
largeIn.close();
-
largeOut.close();
-
}
-
}
-
-
privatevoid set(int i) {
-
bits.set(i);
-
}
-
-
privateboolean get(int v) {
-
return bits.get(v);
-
}
nice!跑了190秒,3分来钟. 以核心内存4663M/32大小的空间跑出这么个结果,而且大量时间在用于I/O,不错.
问题是,如果这个时候突然内存条坏了1、2根,或者只有极少的内存空间怎么搞?
外部排序
该外部排序上场了. 外部排序干嘛的?
内存极少的情况下,利用分治策略,利用外存保存中间结果,再用多路归并来排序;
map-reduce的嫡系.
1.分
内存中维护一个极小的核心缓冲区memBuffer,将大文件bigdata按行读入,搜集到memBuffer满或者大文件读完时,对memBuffer中的数据调用内排进行排序,排序后将有序结果写入磁盘文件bigdata.xxx.part.sorted. 循环利用memBuffer直到大文件处理完毕,得到n个有序的磁盘文件:
2.合
现在有了n个有序的小文件,怎么合并成1个有序的大文件?把所有小文件读入内存,然后内排?(⊙o⊙)… no!
利用如下原理进行归并排序:
我们举个简单的例子:
文件1:3,6,9 文件2:2,4,8 文件3:1,5,7
第一回合:文件1的最小值:3 , 排在文件1的第1行 文件2的最小值:2,排在文件2的第1行 文件3的最小值:1,排在文件3的第1行 那么,这3个文件中的最小值是:min(1,2,3) = 1 也就是说,最终大文件的当前最小值,是文件1、2、3的当前最小值的最小值,绕么?上面拿出了最小值1,写入大文件.
第二回合:文件1的最小值:3 , 排在文件1的第1行 文件2的最小值:2,排在文件2的第1行 文件3的最小值:5,排在文件3的第2行 那么,这3个文件中的最小值是:min(5,2,3) = 2 将2写入大文件.
也就是说,最小值属于哪个文件,那么就从哪个文件当中取下一行数据.(因为小文件内部有序,下一行数据代表了它当前的最小值)
最终的时间,跑了771秒,13分钟左右.
总结:就是分治的思想,每次从大文件中取出固定的N个数,然后排序输出到一个小文件中,依次类推直到所有的数据都写入到文件中。然后多个小的文件进行多路归并merge,将多个小文件合并为一个大的有序的文件。多次合并之后数据就有序了。
下面给出一个leetcode上的两路归并的题:
将两个有序的数组合并到一个大的数组nums1中,前提是num1中的元素个数m很大,可以放下nums1+nums2的所有数据
void merge(vector<int>& nums1, int m, vector<int>& nums2, int n) {int index = m + n -1;while (n != 0) {if (m != 0 && nums1[m-1] > nums2[n-1]) {nums1[index--] = nums1[m-1];m--;} else if (0 == m || nums1[m-1] <= nums2[n-1]) {nums1[index--] = nums2[n-1];n--;}}