给你1个文件bigdata,大小4663M,5亿个数,文件中的数据随机,如下一行一个整数:
61963023557681612158020393452095006174677379343122016371712330287901712966901...7005375
现在要对这个文件进行排序,怎么搞?
内部排序
先尝试内排,选2种排序方式:
-
privatefinalint cutoff = 8; -
-
public void perform(Comparable[] a) { -
perform(a,0,a.length - 1); -
} -
-
private int median3(Comparable[] a,int x,int y,int z) { -
if(lessThan(a[x],a[y])) { -
if(lessThan(a[y],a[z])) { -
return y; -
} -
elseif(lessThan(a[x],a[z])) { -
return z; -
}else { -
return x; -
} -
}else { -
if(lessThan(a[z],a[y])){ -
return y; -
}elseif(lessThan(a[z],a[x])) { -
return z; -
}else { -
return x; -
} -
} -
} -
-
private void perform(Comparable[] a,int low,int high) { -
int n = high - low + 1; -
//当序列非常小,用插入排序 -
if(n <= cutoff) { -
InsertionSort insertionSort = SortFactory.createInsertionSort(); -
insertionSort.perform(a,low,high); -
//当序列中小时,使用median3 -
}elseif(n <= 100) { -
int m = median3(a,low,low + (n >>> 1),high); -
exchange(a,m,low); -
//当序列比较大时,使用ninther -
}else { -
int gap = n >>> 3; -
int m = low + (n >>> 1); -
int m1 = median3(a,low,low + gap,low + (gap << 1)); -
int m2 = median3(a,m - gap,m,m + gap); -
int m3 = median3(a,high - (gap << 1),high - gap,high); -
int ninther = median3(a,m1,m2,m3); -
exchange(a,ninther,low); -
} -
-
if(high <= low) -
return; -
//lessThan -
int lt = low; -
//greaterThan -
int gt = high; -
//中心点 -
Comparablepivot = a[low]; -
int i = low + 1; -
-
/* -
* 不变式: -
* a[low..lt-1] 小于pivot -> 前部(first) -
* a[lt..i-1] 等于 pivot -> 中部(middle) -
* a[gt+1..n-1] 大于 pivot -> 后部(final) -
* -
* a[i..gt] 待考察区域 -
*/ -
-
while (i <= gt) { -
if(lessThan(a[i],pivot)) { -
//i-> ,lt -> -
exchange(a,lt++,i++); -
}elseif(lessThan(pivot,a[i])) { -
exchange(a,i,gt--); -
}else{ -
i++; -
} -
} -
-
// a[low..lt-1] < v = a[lt..gt] < a[gt+1..high]. -
perform(a,low,lt - 1); -
perform(a,gt + 1,high); -
}
归并排序:
-
/** -
* 小于等于这个值的时候,交给插入排序 -
*/ -
privatefinalint cutoff = 8; -
-
/** -
* 对给定的元素序列进行排序 -
* -
* @param a 给定元素序列 -
*/ -
@Override -
public void perform(Comparable[] a) { -
Comparable[] b = a.clone(); -
perform(b, a, 0, a.length - 1); -
} -
-
private void perform(Comparable[] src,Comparable[] dest,int low,int high) { -
if(low >= high) -
return; -
-
//小于等于cutoff的时候,交给插入排序 -
if(high - low <= cutoff) { -
SortFactory.createInsertionSort().perform(dest,low,high); -
return; -
} -
-
int mid = low + ((high - low) >>> 1); -
perform(dest,src,low,mid); -
perform(dest,src,mid + 1,high); -
-
//考虑局部有序 src[mid] <= src[mid+1] -
if(lessThanOrEqual(src[mid],src[mid+1])) { -
System.arraycopy(src,low,dest,low,high - low + 1); -
} -
-
//src[low .. mid] + src[mid+1 .. high] -> dest[low .. high] -
merge(src,dest,low,mid,high); -
} -
-
private void merge(Comparable[] src,Comparable[] dest,int low,int mid,int high) { -
-
for(int i = low,v = low,w = mid + 1; i <= high; i++) { -
if(w > high || v <= mid && lessThanOrEqual(src[v],src[w])) { -
dest[i] = src[v++]; -
}else { -
dest[i] = src[w++]; -
} -
} -
}
数据太多,递归太深 ->栈溢出?加大Xss?数据太多,数组太长 -> OOM?加大Xmx?
耐心不足,没跑出来.而且要将这么大的文件读入内存,在堆中维护这么大个数据量,还有内排中不断的拷贝,对栈和堆都是很大的压力,不具备通用性。
sort命令来跑
跑了多久呢?24分钟.
为什么这么慢?
粗略的看下我们的资源:
内存 jvm-heap/stack,native-heap/stack,page-cache,block-buffer 外存 swap + 磁盘 数据量很大,函数调用很多,系统调用很多,内核/用户缓冲区拷贝很多,脏页回写很多,io-wait很高,io很繁忙,堆栈数据不断交换至swap,线程切换很多,每个环节的锁也很多.
总之,内存吃紧,问磁盘要空间,脏数据持久化过多导致cache频繁失效,引发大量回写,回写线程高,导致cpu大量时间用于上下文切换,一切,都很糟糕,所以24分钟不细看了,无法忍受.
位图法
-
privateBitSet bits; -
-
publicvoid perform( -
String largeFileName, -
int total, -
String destLargeFileName, -
Castor<Integer> castor, -
int readerBufferSize, -
int writerBufferSize, -
boolean asc) throwsIOException { -
-
System.out.println("BitmapSort Started."); -
long start = System.currentTimeMillis(); -
bits = newBitSet(total); -
InputPart<Integer> largeIn = PartFactory.createCharBufferedInputPart(largeFileName, readerBufferSize); -
OutputPart<Integer> largeOut = PartFactory.createCharBufferedOutputPart(destLargeFileName, writerBufferSize); -
largeOut.delete(); -
-
Integer data; -
int off = 0; -
try { -
while (true) { -
data = largeIn.read(); -
if (data == null) -
break; -
int v = data; -
set(v); -
off++; -
} -
largeIn.close(); -
int size = bits.size(); -
System.out.println(String.format("lines : %d ,bits : %d", off, size)); -
-
if(asc) { -
for (int i = 0; i < size; i++) { -
if (get(i)) { -
largeOut.write(i); -
} -
} -
}else { -
for (int i = size - 1; i >= 0; i--) { -
if (get(i)) { -
largeOut.write(i); -
} -
} -
} -
-
largeOut.close(); -
long stop = System.currentTimeMillis(); -
long elapsed = stop - start; -
System.out.println(String.format("BitmapSort Completed.elapsed : %dms",elapsed)); -
}finally { -
largeIn.close(); -
largeOut.close(); -
} -
} -
-
privatevoid set(int i) { -
bits.set(i); -
} -
-
privateboolean get(int v) { -
return bits.get(v); -
}
nice!跑了190秒,3分来钟. 以核心内存4663M/32大小的空间跑出这么个结果,而且大量时间在用于I/O,不错.
问题是,如果这个时候突然内存条坏了1、2根,或者只有极少的内存空间怎么搞?
外部排序
该外部排序上场了. 外部排序干嘛的?
内存极少的情况下,利用分治策略,利用外存保存中间结果,再用多路归并来排序;
map-reduce的嫡系.
1.分
内存中维护一个极小的核心缓冲区memBuffer,将大文件bigdata按行读入,搜集到memBuffer满或者大文件读完时,对memBuffer中的数据调用内排进行排序,排序后将有序结果写入磁盘文件bigdata.xxx.part.sorted. 循环利用memBuffer直到大文件处理完毕,得到n个有序的磁盘文件:
2.合
现在有了n个有序的小文件,怎么合并成1个有序的大文件?把所有小文件读入内存,然后内排?(⊙o⊙)… no!
利用如下原理进行归并排序:
我们举个简单的例子:
文件1:3,6,9 文件2:2,4,8 文件3:1,5,7
第一回合:文件1的最小值:3 , 排在文件1的第1行 文件2的最小值:2,排在文件2的第1行 文件3的最小值:1,排在文件3的第1行 那么,这3个文件中的最小值是:min(1,2,3) = 1 也就是说,最终大文件的当前最小值,是文件1、2、3的当前最小值的最小值,绕么?上面拿出了最小值1,写入大文件.
第二回合:文件1的最小值:3 , 排在文件1的第1行 文件2的最小值:2,排在文件2的第1行 文件3的最小值:5,排在文件3的第2行 那么,这3个文件中的最小值是:min(5,2,3) = 2 将2写入大文件.
也就是说,最小值属于哪个文件,那么就从哪个文件当中取下一行数据.(因为小文件内部有序,下一行数据代表了它当前的最小值)
最终的时间,跑了771秒,13分钟左右.
总结:就是分治的思想,每次从大文件中取出固定的N个数,然后排序输出到一个小文件中,依次类推直到所有的数据都写入到文件中。然后多个小的文件进行多路归并merge,将多个小文件合并为一个大的有序的文件。多次合并之后数据就有序了。
下面给出一个leetcode上的两路归并的题:
将两个有序的数组合并到一个大的数组nums1中,前提是num1中的元素个数m很大,可以放下nums1+nums2的所有数据
void merge(vector<int>& nums1, int m, vector<int>& nums2, int n) {int index = m + n -1;while (n != 0) {if (m != 0 && nums1[m-1] > nums2[n-1]) {nums1[index--] = nums1[m-1];m--;} else if (0 == m || nums1[m-1] <= nums2[n-1]) {nums1[index--] = nums2[n-1];n--;}}