- 1. 当前 小论文， before 5.1
- 2. linux 需要十天的时间， 5月上旬
- 3. 中下旬写代码，提取算法 。 6月 三维 建模 7月仿真
- 4.
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very helpfully , i found this professional open software.
Links
- 3DMed (www.3dmed.net)
- www.fingerpass.net
- MOSE (www.mosetm.net)
- Visualization Toolkit (www.vtk.org)
- Insight Segmentation and Registration Toolkit (www.itk.org)
3DMed
3DMed source , Mitk & 3Dmed manual ( may be you will ignore their 3dmed download entrance, like this
THE 3rd tool you should download is QT: http://qt-project.org/downloads ,
- Qt 5.0.2 for Windows 32-bit (MinGW 4.7, 650 MB) (Info)
- Qt 5.0.2 for Windows 32-bit (VS 2010, 485 MB) (Info)
- Qt 5.0.2 for Windows 32-bit (VS 2010, OpenGL, 476 MB) (Info)
presently , i have no idea about what the differences in them.
如果你不需要重新编译，那么事情变得很简单： 直接学习3Dmed 就可以了。
3DMed是3D Medical Image Processing and Analyzing System（三维医学图像处理及分析系统）的简称，由中国科学院自动化研究所医学图像处理研究室研制开发。本软件系统的开发为医学影像领域的从业人员提供了一款实用软件，方便了医学图像数据的分析和处理。软件目前在网站www.mitk.net提供免费下载试用.本软件功能强大，集数据采集、数据格式转换、二维图像处理、面绘制、体绘制、图像分割、图像配准、三维虚拟切割和三维测量等功能于一身，其中分割和配准功能是依靠有关插件提供的。详 细内容欢迎登陆访问 我们的主页http://www.3dmed.net 和http://www.mitk.net。
4.26
您可以通过点击一个菜单选项来调用其功能。其中“滤波算法”，“分割算法”，“配准算法”，“可视化算法”菜单都是动态的，他们的内容依赖于动态加载的相关插件。
面绘制作为分割后的一个过程，可以利用分割后的结果和源图像体数据重建出一个三维立体表面模型，进而将此表面模型在三维视图中绘制出来。例如采用阈值分割方法，分割过程结束后点击“确定”开始表面重建.
“显示方式”组用于选择表明模型的显示方式，目前提供了模型的三种显示方式：面显示，线框显示和点显示。
一般插值方式使用了一种简单的插值方法进行面绘制，和平滑方式相比，其结果比较粗糙但绘制的过程会快一点；平滑插值方式使用了一种复杂的插值方法来进行表面绘制，其结果相对平滑但速度较慢。
“三维测量”面板提供了三维测量和切片重组等功能，目前该面板的功能仅对面绘制有效，仅当三维视图中有表面模型被绘制时，该面板上的控件才是可用的
切片重组
如果断面重构的功能启用，一般情况下，在平面调节结束后才进行断面重构并显示断面，但在鼠标操作过程中如果按住键盘Ctrl键可使重构的断面随平面改变而即时更新，然而由于计算量较大，可能产生控制不连贯的情况.
单击“启用平面裁减”选择按钮可启用平面裁减功能，这时三维视图中在沿平面法向一边的表面模型被保留，其余部分将被裁减掉（不显示），在没有启用断面重构的情况下，裁减平面呈蓝色半透明状态，其不透明度可由下方对应的滑动条和编辑框设定，取值范围为[0.0, 1.0]，
切片重组的步骤如下：
1. 根据上面所说的操作方法调节“平面”控件到所需位置和角度；
2. 单击“记录平面”按钮，记录切片重组的起始平面，若记录成功，“平面设置”组上方的状态显示区将显示“Start plane recorded!”；
3. 用鼠标右键点击平面上的小球控制点，然后将平面沿垂直于平面方向移动到新的位置（切片重组的终止平面位置）；
4. 再次单击“记录平面”按钮，记录切片重组的终止平面，若记录成功，状态显示区将显示“Stop plane recorded!”；
5. “切片重组”按钮这时将被激活，单击该按钮在弹出的对话框中输入重组参数，按“确定”按钮开始切片重组。
灰度-不透明度传递函数用于设定具有某灰度值的体素的不透明度（阻光度），该传递函数在“灰度-不透明度传递函数”组的黑色区域显示为一条折线， 横坐标是灰度值，纵坐标是对应的不透明度，取值范围在[0.0, 1.0]内，该折线由显示为黄色圆圈的一些控制点控制，用鼠标左键点中控制点拖动可以移动控制点的位置，将其拖出黑色区域可将该点删除；在空白处单击鼠标左键可以在单击位置添加一个控制点；当前点中的控制点显示为蓝色，其对应灰度值（横坐标）和不透明度（纵坐标）分别显示在上方两个编辑框内，用键盘在编辑框内可直接输入当前点中的控制点的坐标，按“Enter”键生效。此外，“预设值”下拉框提供一组预设值以方便用户调节。
灰度-颜色传递函数用于设定具有某灰度值的体素的颜色，该传递函数在“灰度-颜色传递函数”组的黑色区域显示为一条直线，上面有一系列的控制点，其对应颜色显示在黑色区域上半部分的色带内，如图5.6。相邻控制点之间的颜色通过线性插值产生。用鼠标左键点中控制点拖动可以移动控制点的位置，将其拖出黑色区域可将该点删除；空白处单击鼠标左键可以在单击位置添加一个控制点；当前点中的控制点显示为蓝色，其对应的灰度值和颜色分别显示在上方几个编辑框内，可通过键盘输入改变其值，按“Enter”键生效；也可以按“预设值”左边的颜色选择按钮直接在颜色选择对话框中选择特定颜色。此外，“预设值”下拉框提供一组预设值以方便用户调节。
梯度-不透明度传递函数用于设定具有某梯度值的体素的不透明度， 使用该传递函数可以增强边缘（高梯度）区域的显示效果，但是需要大量额外计算，从效率上考虑，缺省情况下并不打开该传递函数，可以通过单击左上角的选择按钮开启该传递函数。其调节方法同灰度-不透明度传递函数。
当开启了“平面裁剪”，您就可以点击“添加”按钮来添加裁剪平面。裁剪的初始方向可以在“初始方向”下拉框中加以选择. 可以连续添加多个裁剪平面，最多支持六个裁剪平面。添加裁剪平面后可通过“操纵裁剪平面”组内的控件来操纵选定的裁剪平面 。首先在“哪个裁剪平面”下拉框中选择要操纵的平面，然后通过下面的一组滑动条调整裁剪平面的位置，单击“删除”按钮可删除选定的裁剪平面，单击“反向”按钮可使裁剪方向反向。
当开启了“立方体裁剪”选项后，可以通过该单选按钮右边的下拉框选择采用“保留立方体”还是“挖除立方体”的方式进行裁剪。然后可通过“操纵裁剪立方体”组内的一组滑动条来调节裁剪立方体六个面的位置
加载完体数据后，您就可以点击主菜单中的“分割算法”选项开始分割。在“分割算法”下拉菜单中有许多选项，每个选项都各自代表了一种不同的分割方法.所有的分割算法都是通过插件的形式动态加载到3DMed中去的，每个算法插件对应一个动态链接库（DLL）文件，位于3DMed安装目录的Plugins子目录下。目前3DMed提供6种分割算法插件，包括阈值分割算法、区域增长分割算法、交互式分割算法、Live Wire分割算法、Fast Marching分割算法和Level Set分割算法。这些分割算法插件的输出结果将添加到主界面的“体数据”列表中，其名称以“segmented”为后缀，其切片图像显示在二维视图区域；与此同时还将对分割结果进行三维重建，重建结果加入“三维模型”列表并显示在主界面的三维视图区域。
阈值分割是最常见的分割方法，其优点是简单，同时对于不同类的物体灰度值或其他特征值相差很大时，它能很有效的对图像进行分割。阈值分割通常作为预处理，在其后应用其他一系列分割方法进行处理，它常被用于CT图像中皮肤、骨骼的分割。其缺点是不适用于多通道图像和特征值相差不大的图像，对于图像中不存在明显的灰度差异或各物体的灰度值范围有较大重叠的图像分割问题难以得到准确的结果。另外，由于它仅仅考虑了图像的灰度信息而不考虑图像的空间信息，阈值分割对噪声和灰度不均匀很敏感。
通过拖动“直方图”下方的红色箭头来选定分割阈值，左箭头设定低阈值，右箭头设定高阈值。当设定阈值之后，“目标图像”中就会显示出分割后的结果。
区域生长是典型的串行区域分割方法，其特点是将分割过程分解为多个顺序的步骤，其中后续步骤要根据前面步骤的结果进行判断而确定。区域生长的基本思想是将具有相似性质的像素集中起来构成区域，该方法需要先选取一个种子点，然后依次将种子像素周围的相似像素合并到种子像素所在的区域中。区域生长算法的优点是计算简单，特别适用于分割小的结构如肿瘤和伤疤。缺点是需要人工交互以获得种子点，这样使用者必须在每个需要抽取出的区域中植入一个种子点。同时，区域生长方法也对噪声敏感，导致抽取出的区域有空洞或者在局部体效应的情况下将原本分开的区域连接起来。
开发3DMed的Plugin
