Linux内核源代码组织了一个配置系统，该配置系统可以生成内核配置菜单，方便内核配置。配置系统主要包含Makefile、Kconfig和配置工具，可以生成配置界面。其中，配置界面是通过配置工具来生成的，配置工具通过Makefile编译执行，配置界面中的选项则是通过各级的Kconfig(老版本也称Config.in)和Makefile(老版本也称Kbuild)文件定义。
Linux内核配置系统也被移植到其它软件(如Busybox、glibc、uclibc等)中，来提供同样的配置界面以方便有选择性的配置。
1.2 内核配置工具Linux内核配置命令主要有：make config、make menuconfig、make xconfig和make gconfig，分别是字符界面、ncurses光标菜单、QT图形窗口和GTK图形窗口的配置界面。字符界面配置方式需要回答每一个选项提示，逐个回答进行配置并不方便，而光标和图形配置界面界面友好，方便实用。
make config是完全命令行的配置方式，make menuconfig依赖于ncurses库，make xconfig依赖于QT图形库，make gconfig依赖于GTK图形库。
不同的内核配置方式，分别通过不同的配置工具来完成。scripts目录下提供了各种内核配置工具，表1是这些工具的说明。
表1 内核配置工具说明
| 配置工具 | Makefile相关目标 | 依赖的程序 |
| conf | config defconfig oldconfig … | conf.c、zconf.tab.c |
| mconf | menuconfig | mconf.c、zconf.tab.c |
| qconf | xconfig | qconf.c、kconfig_load.c、zconf.tab.c |
| gconf | gconfig | gconf.c、kconfig_load.c、zconf.tab.c |
其中zconf.tab.c程序实现了解析Kconfig文件和内核配置主要函数。Zconf.tab.c程序还直接包括了下列一些C程序，这样各种配置功能都包含在zconf.tab.o目标文件中了。
其中，lex.zconf.c实现lex语法解析器，
util.c实现配置工具，
expr.c实现表达式函数，
symbol.c实现变量处理函数，
menu.c实现菜单控制函数。
1.3 内核配置方式在顶层的Makefile中，可以查找到如下几行定义的规则：
这就是生成内核配置界面的命令规则，它也定义了执行的目标和依赖的前提条件，还有要执行的命令。这条规则定义的目标为config %config，通配符%意味着可以包括config、menuconfig、xconfig、gconfig等。依赖的前提条件是scripts_basic outputmakefile，这些在Makefile中也是规则定义，主要用来编译生成配置工具。这条规则执行的命令就是执行scripts/kconfig/Makefile制定的规则。
根据配置工具的不同，内核有不同的配置方式。有命令行方式，还有图形界面方式。表2是各种内核配置方法的说明。
表2 内核配置方法的说明
| 配置方法 | 功能 |
| config | 通过命令行程序更新当前配置 |
| menuconfig | 通过菜单程序更新当前配置 |
| xconfig | 通过QT图形界面更新当前配置 |
| gconfig | 通过GTK图形界面更新当前配置 |
| oldconfig | 通过已经提供的.config文件更新当前配置 |
| Randconfig | 对所有的选项随机配置 |
| Defconfig | 对所有的选项缺省配置 |
| allmodconfig | 对所有的选项尽可能选择“m” |
| allyesconfig | 对所有的选项尽可能选择“y” |
| allnoconfig | 对所有的选项尽可能选择“n”的最小配置 |
这些内核配置方式是在scripts/kconfig/Makefile中通过规则定义的。从这个Makefile中，可以找到下面一些规则定义。如果把变量或者通配符带进去，就可以明白要执行的操作。
这里的ARCH以arm为例来说明。
执行命令：scripts/kconfig/qconf arch/arm/Kconfig，使用QT图形库生成配置界面，arch/arm/Kconfig是菜单的主配置文件，每种配置方式都需要。
执行命令：scripts/kconfig/qconf arch/arm/Kconfig，使用GTK图形库生成配置界面。
执行命令：scripts/kconfig/mconf arch/arm/Kconfig，使用lxdialog工具，生成光标配置菜单。
执行命令：scripts/kconfig/conf (-o/s) arch/arm/Kconfig，完全命令行的内核配置方式。使用“-o”选项，直接读取已经存在的.config文件，要求确定内核新的配置项。使用“-s”选项，直接读取已经存在的.config文件，提示但不要求确认内核新的配置项。
通过上述各种方式都可以完成配置内核的工作，在顶层目录下生成.config文件。这个.config文件保存大量的内核配置项，.config会自动转换成include/linux/autoconf.h头文件。在include/linux/config.h文件中，将包含使用include/linux/autoconf.h头文件。
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