Homology is the central concept for all of biology.——David Wake. Science, 1994
前言
正如前面引用的这句话，同源性是生物学中的核心问题。研究序列的同源性问题，就要用到序列比对的工具，上一篇笔记简单介绍了序列比对的原理，在这一篇中我将总结几种常用的比对工具，顺便记录一下BLAST的基本思想，由于时间关系，所以找的都是在线的工具，在未来，可能会专门写某些软件的本地化（当然我希望测试环境是在Linux上，这都是后话），比如BLAST等。
多序列比对（Multiple Sequence Alignment，MSA）
Clustal Omega
Clustal不是一个程序，而是一系列程序，这些程序用于多序列比对。
- Clustal，最初的基于系统树的比对程序
- ClustalV，Clustal的第五个版本
- ClustalW，命令行版本
- ClustalX，可视化窗口版本
- Clustal Omega，现在的官方版本
软件用C++编写，都是开源的，可在官网获取最新版本和源码。这里Clustal Omega为当前官方最新版本，提供web server版本和command line版本（GUI版本即将推出）。
程序支持蛋白质序列、DNA序列、RNA序列比对，输入的格式支持：NBRF/PIR, FASTA, EMBL/Swiss-Prot, Clustal, GCC/MSF, GCG9 RSF, and GDE。输出的格式支持：Clustal, NBRF/PIR, GCG/MSF, PHYLIP, GDE, or NEXUS。
EBI建议使用Clustal Omega进行蛋白质序列的比对，点击访问。
Muscle（MUltiple Sequence Comparison by Log- Expectation）
Muscle也是一个用于多序列比对的程序，可用于蛋白质、核酸序列的比对。它是一个开源程序可通过官网获取最新版本和源码。Muscle的web server版本由EBI提供，EBI推荐使用Muscle进行DNA序列比对，点击访问。
更多多序列比对软件
双序列比对（Pairwise Sequence Alignment，PSA）
恰巧啊，这些某个页面已经写了（偷懒）
数据库搜索
BLAST（Basic Local Alignment Seach Tool）
我觉得我再去写他的算法意义不是很大，一下是参考材料链接，后面有机会会专门写BLAST的网页和本地化的使用。
- 北京大学生信慕课
- 原始文献
这Tm写的啥子嘛，啥子卵用没用的失败的文章。沉淀些时间。
