医学机器学习数据集介绍与使用 ABIDE Autism Brain Imaging Data Exchange I

ABIDE I

简介

自闭症脑成像数据交换I（ABIDE I）代表了第一个ABIDE倡议。作为基层工作，ABIDE I涉及17个国际站点，共享以前收集的静息态功能磁共振成像（R-fMRI）、解剖和表型数据集，这些数据集可供更广泛的科学界共享。这项工作产生了1112个数据集，包括539个自闭症患者和573个典型对照（年龄7-64岁，各组的中位数为14.7岁）。这一汇总于2012年8月发布。它的建立证明了跨站点汇总静息态fMRI和结构MRI数据的可行性；这些数据的使用率和产生的出版物（见手稿）表明了它在捕捉自闭症谱系障碍（ASD）中全脑和脑连接组区域属性的实用性。根据HIPAA指南和1000个功能连接体项目/ INDI协议，所有数据集都是匿名的，不包括受保护的健康信息。以下是ABIDE I中包含的具体信息类型、数据使用协议、注册和数据下载链接。最后更新于2016年6月24日。

使用

TODO

ABIDE II

简介

ABIDE I的建立证明了跨站点聚合MRI数据的可行性和实用性。然而，连接体的复杂性，以及自闭症谱系障碍（ASD）的实质异质性和ABIDE I数据分析的初步结果，强调了需要更大和更好的特征样本。因此，在国家心理健康研究所（R21MH107045）的资助下，建立了ABIDE II，以进一步促进ASD大脑连接体发现科学的发展。迄今为止，ABIDE II已经聚合了1000多个额外的数据集，具有更大的表型特征，特别是在核心ASD和相关症状的测量方面。此外，两个集合包括从38个人在两个时间点（1-4年间隔）收集的纵向数据样本。迄今为止，ABIDE II涉及19个站点-10个特许机构和7个新成员-总共捐赠了来自521个ASD患者和593个对照（年龄范围：5-64岁）的1114个数据集。这些数据已于2016年6月向科学界公开发布。根据HIPAA指南和1000个功能连接体项目/ INDI协议，所有数据集都是匿名的，不包括受保护的健康信息。最后更新于2017年3月27日。

使用

TODO

ABIDE Preprocessed

简介

预处理连接组项目（PCP）很高兴宣布公开发布和开放共享自闭症脑成像数据交换（ABIDE）的预处理神经影像数据。国际神经影像数据共享倡议（INDI）联盟的ABIDE是16个国际成像站点的合作，这些站点汇总并公开共享来自539名ASD患者和573名典型对照者的神经影像数据。这1112个数据集由结构和静息状态功能MRI数据以及大量表型信息组成。来自ABIDE的数据由五个不同的团队使用他们偏爱的工具进行了预处理。功能预处理使用以下工具进行：连接组计算系统（CCS）、连接组分析的可配置管道（CPAC）、静息态fMRI数据处理助手（DPARSF）和神经成像分析工具包。由于围绕带通滤波和全局信号回归的争议，每个管道都使用了四种不同的预处理策略：有和没有滤波以及有和没有全局信号校正的所有组合。为了将输出之间的差异限制在预处理范围内，CPAC软件计算了每个管道和策略的统计导数。结构预处理和皮质测量计算使用三个不同的管道进行：ANTS、CIVET和FreeSurfer。有关不同管道和导数的更多信息，请参阅顶部的链接。根据HIPAA准则和1000个功能连接体项目/ INDI协议，所有数据集都是匿名的，不包含受保护的健康信息。