数据分析:非度量多维排列 NMDS (Non-metric multidimensional scaling)ANOSIM检验分析

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文章目录

    • 介绍
      • 原理
      • 步骤
    • 加载R包
    • 数据下载
    • 导入数据
    • 数据预处理
    • 计算距离矩阵
    • ANOSIM检验
    • 非度量多维排列NMDS
    • 应力值(stress value)
    • 画图
    • 输出
    • 系统信息

介绍

非度量多维排列(Non-metric Multidimensional Scaling, NMDS)是一种用于可视化多变量样本之间相似性水平的方法。它基于距离矩阵进行排序分析,是一种间接梯度分析方法。NMDS的目标是在低维空间中尽可能准确地展示样本在高维空间中的关系。

原理

  • 基于秩次:NMDS将原始的距离矩阵转换为秩矩阵,即关注样本之间的相对排序关系,而不是具体的距离值。例如,如果样本A与样本B的距离是5,而与样本C的距离是10,NMDS会将B视为与A最近的样本,C为次近的样本。
  • 灵活性:由于NMDS基于距离矩阵,因此它可以使用任何距离度量方法。这使得NMDS在处理不同类型的数据(如定量、半定量、定性或混合变量)时具有很高的灵活性。

步骤

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