愿武艺晴小朋友一定得每天都开心 

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monocle3呢，有好多文章分享了它的流程。跟着学呢，也都能计算出一套pseudotime值。

        在跑monocle3时，我就有一个困惑产生了：monocle3计算的pseudotime值在多样本间可比，该怎么做到呀？

。。。。。。

> 当然首先输入monocle3的矩阵

[这里要进行标准化归一化后，去纠正测序深度：即monocle3::preprocess_cds()函数；

它实际上是3步：NormalizeData+ScaleData+RunPCA]

> 然后是monocle3::align_cds()函数 → 去批次效应^_^
示例：cds <- align_cds(cds, alignment_group ="Sample") #或者"orig.ident"

> 然后再进行标准流程：

>monocle3::reduce_dimension()函数  #降维 

> monocle3::cluster_cells()函数     #聚类

>monocle3::learn_graph()函数      #学习轨迹

>monocle3::order_cells()函数        #定义起点

> seurat::addMetaData()函数      #提取拟时序值并添加到Seurat对象方便后来的可视化

> 可视化选择1：FeaturePlot()函数

> 可视化选择2：pseudotime的密度曲线（每个样本是一条线）

示例：

           

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