大家都知道，孟德尔随机化很大程度依赖于国外的服务器。

最近我们发现孟德尔随机化常用的TwoSampleMR包的clump函数经常报错，这是由于服务器访问人群超时造成的现象，当线上版本失效。

很多人做孟德尔随机化，就卡在clump上。

于是我们就找了本地方法来进行连锁不平衡分析。

今天教一下大家如何操作：

第一步：下载两个东西

pink link软件和data_maf0.01_rs_ref参考文件下载

pink link软件：https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/

data_maf0.01_rs_ref参考文件：https://github.com/MRCIEU/gwasvcf

1）下载pink link软件

2）下载data_maf0.01_rs_ref参考文件

下载后将文件解压后放在工作空间即可

第二步：在R中安装相应的包

第三步：读取数据后将数据框中的ID列和P值列进行保留

将列名重新命名成rsid和pval，否则接下来的操作会报错

第四步：通过下面函数进行连锁不平衡操作

注意：bfile上写的是之前下载的data_maf0.01_rs_ref的工作路径，设置完后再加一个data_maf0.01_rs_ref（代表文件夹里的三个文件）。同理，plink_bin上写的之前下载的plink工作路径，再在后面加上plink

最后，通过以下函数保存文件

最后得到的文件就可以进行后续的孟德尔随机化分析啦~

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