内容如下:
1.外泌体和肝癌TCGA数据下载
2.数据格式整理
3.差异表达基因筛选
4.预后相关外泌体基因确定
5.拷贝数变异及突变图谱
6.外泌体基因功能注释
7.LASSO回归筛选外泌体预后模型
8.预后模型验证
9.预后模型鲁棒性分析
10.独立预后因素分析及与临床的相关性分析
11.列线图,ROC曲线,校准曲线,DCA曲线
12.外部数据集验证
13.外泌体模型与免疫的关系
14.外泌体模型与单细胞测序
########################### 4.预后相关外泌体基因确定 ############################
下面绘制森林图。
首先确定最适的cut-off值:
setwd("C:\\Users\\ASUS\\Desktop\\自噬")dir()
library(survminer)data <- read.csv("LIHC_clinical_mRNA_expression_data.csv",header = T,sep = ",")
data[1:5,1:5]head(data)
## 确定预后相关基因的最适cut-off值
res.cut <- surv_cutpoint(data, #数据集time = "OS.time", #生存状态