【ACDC数据集】：预处理ACDC心脏3D MRI影像数据集到VOC数据集格式，nii转为jpg，label转为png

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本专栏为公开数据集的预处理，持续更新中。

文章目录

1️⃣ ACDC数据集介绍
2️⃣ ACDC数据集样例
3️⃣ 预处理ACDC目标
4️⃣ 处理结果样图
5️⃣ 代码
6️⃣ 划分测试集和训练集

1️⃣ ACDC数据集介绍

他是一个多类别的心脏3D MRI影像数据集`，2017年ACDC挑战赛（Automated Cardiac Diagnosis
Challenge）。

原数据集获取，网盘永久有效：
链接：https://pan.baidu.com/s/1F4Xq1crtUSmFcSKxwO4Eaw?pwd=ejfa 提取码：ejfa
–来自百度网盘超级会员V6的分享

2️⃣ ACDC数据集样例

首先夸夸👍 ，ACDC数据集存放格式非常规律👍 ，数据质量非常高👍 清晰了分为3类别。
在这里插入图片描述
training里有100例患者，testing里有50例患者。每个nii的切片个数不同根据勾画的肿瘤。

Info是媒体信息
patient001_4d.nii.gz是全部的切片，我也不知道从医学上怎么描述，就是这个患者的立体影像，包括没有肿瘤的部分
patient001_frame01.nii.gz是一个时期nii影响的压缩包
patient001_frame01_gt.nii.gz对应patient001_frame01.nii.gz的肿瘤勾画的label的压缩包。用四种像素对应了四个类别包括背景。
patient001_frame12.nii.gz是统一患者另一时期的影像
patient001_frame12_gt.nii.gz是对应的label

总之每个患者都有一个整体影像，还有两个不同成像和对应label。以下是打开之后的影像图。

在这里插入图片描述

3️⃣ 预处理ACDC目标

目标：处理ACDC的nii.gz数据集到VOC格式的2d的png图片
VOC格式这篇文章有讲直达
在这里插入图片描述

例如：将patient001_frame01.nii.gz处理成几张png作为网络image的输入。将patient001_frame01_gt.nii.gz处理成几张png作为label。只处理了training的100例患者，把training当成了整个集合划分了训练测试。并且只关心了frame01第一阶段，第二个阶段的未关心。只关心了留下的部分。够了。
在这里插入图片描述

4️⃣ 处理结果样图

处理结果样图:
img转为jpg label转为png 并且像素为0-3. 0代表背景，1-3代表分类。label图像素太小，这里看不出来，可以看第三张数组图
在这里插入图片描述

5️⃣ 代码

事先准备好VOC文件夹在这里插入图片描述

"""
处理官网下载的ACDC到网络要求的VOC格式，按需调用
author: cvxiayixiao
Wechat: cvxiayixiao
"""
import os
from os.path import join
import nibabel as nib
import gzip
import shutil
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as npori_ACDC_train_path = './ACDC_challenge_20170617/training'def niigz2nii():"""解压每个患者的01阶段的nii.gz 和 gt.nii.gz 到输入文件夹"ACDC_nii""""input_path = ori_ACDC_train_path# 处理image# target='frame01.nii'# output_path = 'ACDC_nii/images'# 处理gttarget = 'frame01_gt.nii'output_path = 'ACDC_nii/labels'for patient in os.listdir(input_path):# ACDC_challenge_20170617/training/patient001patient_path = join(input_path, patient)for niigz in os.listdir(patient_path):if target in niigz:niigzpath = join(patient_path, niigz)new_nii_path = join(output_path, niigz)shutil.copy(niigzpath, new_nii_path)# niigz2nii()
def convert_nii_to_jpg():'''将ACDC_nii/images中的nii转到VOCjpg中:return:'''image_num = 0nii_path = "./ACDC_nii/images"output_dir = "./VOCdevkit/VOC2007/JPEGImages"for patient in os.listdir(nii_path):patient_path = join(nii_path, patient)for one in os.listdir(patient_path):one_patient_nii_path = join(patient_path, one)# 加载 .nii 文件nii_img = nib.load(one_patient_nii_path)data = nii_img.get_fdata()# 遍历数据的每个切片，并保存为 .png 文件for i in range(data.shape[2]):image_num += 1# 获取当前切片数据slice_data = data[:, :, i]# 创建输出文件路径num = f"{image_num}".zfill(6)output_path = os.path.join(output_dir, f'{patient}_{num}.jpg')# 以灰度图像格式保存切片数据为 .png 文件plt.imsave(output_path, slice_data, cmap='gray')# convert_nii_to_jpg()def convert_nii_to_png():'''将ACDC_nii/labels中的nii转到ACDC_nii/tmp_png_label中此时的像素是原label 中的像素，不是网络中的分类像素，还需要一部转换:return:'''image_num = 0nii_path = "./ACDC_nii/labels"output_dir = "./tmp"for patient in os.listdir(nii_path):patient_path = join(nii_path, patient)for one in os.listdir(patient_path):one_patient_nii_path = join(patient_path, one)# 加载 .nii 文件nii_img = nib.load(one_patient_nii_path)data = nii_img.get_fdata()# 遍历数据的每个切片，并保存为 .png 文件for i in range(data.shape[2]):image_num += 1# 获取当前切片数据slice_data = data[:, :, i]# 创建输出文件路径num = f"{image_num}".zfill(6)output_path = os.path.join(output_dir, f'{patient}_{num}.png')# 以灰度图像格式保存切片数据为 .png 文件plt.imsave(output_path, slice_data, cmap='gray')from PIL import Imagedef turnto255():from PIL import Imagefrom PIL import Imagefor i in os.listdir("tmp"):output_path = os.path.join("./tmp1", i)png_path = join("tmp", i)# 读取图像image = plt.imread(png_path)# 取三个通道的平均值im_gray = np.mean(image, axis=2)im_gray = Image.fromarray((im_gray * 255).astype(np.uint8)).convert("L")# 保存输出图像im_gray.save(output_path)def rename():"""处理好的VOC2007 train和test名称不同，名称不对应不能训练转为对应的，之前的留作副本可以对应原图:return:"""root = "VOCdevkit/VOC2007/SegmentationClass"for i in os.listdir(root):img_old_path = join(root, i)new_png_path = join(root, i[-10:])shutil.copy(img_old_path, new_png_path)# rename()def convert_Class():
Origin_SegmentationClass_path = "./tmp1"
Out_SegmentationClass_path = "./VOCdevkit/VOC2007/SegmentationClass"# -----------------------------------------------------------------------------------#
#   Origin_Point_Value  原始标签对应的像素点值
#   Out_Point_Value     输出标签对应的像素点值
#                       Origin_Point_Value需要与Out_Point_Value一一对应。
#   举例如下，当：
#   Origin_Point_Value = np.array([0, 255])；Out_Point_Value = np.array([0, 1])
#   代表将原始标签中值为0的像素点，调整为0，将原始标签中值为255的像素点，调整为1。
#
#   示例中仅调整了两个像素点值，实际上可以更多个，如：
#   Origin_Point_Value = np.array([0, 128, 255])；Out_Point_Value = np.array([0, 1, 2])
#
#   也可以是数组（当标签值为RGB像素点时），如
#   Origin_Point_Value = np.array([[0, 0, 0], [1, 1, 1]])；Out_Point_Value = np.array([0, 1])
# -----------------------------------------------------------------------------------#
Origin_Point_Value = np.array([63, 127, 191, 255])
# Origin_Point_Value = np.array([0, 0.33333334, 0.6666667, 1])
Out_Point_Value = np.array([0, 1, 2, 3])if not os.path.exists(Out_SegmentationClass_path):os.makedirs(Out_SegmentationClass_path)
png_names = os.listdir(Origin_SegmentationClass_path)
print("正在遍历全部标签。")
for png_name in tqdm(png_names):png = Image.open(os.path.join(Origin_SegmentationClass_path, png_name))w, h = png.sizepng = np.array(png)out_png = np.zeros([h, w])for i in range(len(Origin_Point_Value)):mask = png[:, :] == Origin_Point_Value[i]if len(np.shape(mask)) > 2:mask = mask.all(-1)out_png[mask] = Out_Point_Value[i]x=np.array(out_png, np.uint8)out_png = Image.fromarray(np.array(out_png, np.uint8))out_png.save(os.path.join(Out_SegmentationClass_path, png_name))

6️⃣ 划分测试集和训练集

import os
import randomimport numpy as np
from PIL import Image
from tqdm import tqdm#   修改train_percent用于改变验证集的比例 9:1
trainval_percent    = 1
train_percent       = 0.9
#-------------------------------------------------------#
#   指向VOC数据集所在的文件夹
#   默认指向根目录下的VOC数据集
#-------------------------------------------------------#
VOCdevkit_path      = 'VOCdevkit'if __name__ == "__main__":random.seed(0)print("Generate txt in ImageSets.")segfilepath     = os.path.join(VOCdevkit_path, 'VOC2007/SegmentationClass')saveBasePath    = os.path.join(VOCdevkit_path, 'VOC2007/ImageSets/Segmentation')temp_seg = os.listdir(segfilepath)total_seg = []for seg in temp_seg:if seg.endswith(".png"):total_seg.append(seg)num     = len(total_seg)  list    = range(num)  tv      = int(num*trainval_percent)  tr      = int(tv*train_percent)  trainval= random.sample(list,tv)  train   = random.sample(trainval,tr)  print("train and val size",tv)print("traub suze",tr)ftrainval   = open(os.path.join(saveBasePath,'trainval.txt'), 'w')  ftest       = open(os.path.join(saveBasePath,'test.txt'), 'w')  ftrain      = open(os.path.join(saveBasePath,'train.txt'), 'w')  fval        = open(os.path.join(saveBasePath,'val.txt'), 'w')  for i in list:  name = total_seg[i][:-4]+'\n'  if i in trainval:  ftrainval.write(name)  if i in train:  ftrain.write(name)  else:  fval.write(name)  else:  ftest.write(name)  ftrainval.close()  ftrain.close()  fval.close()  ftest.close()