R语言孟德尔随机化研究工具包(1)---friendly2MR

 friendly2MR是孟德尔岁随机化研究中的一个重要补充工具,可以批量探索因素间的因果关系,以及快速填补缺失eaf的数据,但是存在细微差异需要注意。

remotes::install_github("xiechengyong123/friendly2MR")
library(friendly2MR)library(friendly2MR)
#Based on TwosampleMR, to investigate the causal relationship between multiexposure and outcome
a<-find_multiexposure_outcome(exposure =c("ieu-b-6","ieu-b-8","ieu-b-9"),outcome ="ieu-b-4965",write = T,p1 = 5e-08,clump = TRUE,p2 = 5e-08,r2 = 0.001,kb = 10000,LD = 0.8
)
#It can used to investigate the causal relationship between exposure and multioutcome: find_exposure_multioutcome
#It can also used to investigate the causal relationship between multiexposure and multioutcome:
memo<-find_multiexposure_multioutcome_epigraphdb(exposure =c("ukb-a-7"),outcome = c("ieu-a-7"),pval_threshold = 1e-05,write = T,save_path = "multi.csv"
)#Fill in the missing effect allele
library(TwoSampleMR)
aaa<-extract_instruments(outcomes='ukb-b-8755',clump=TRUE, r2=0.001,kb=10000,access_token=NULL)
eaf<-aaa$eaf.exposure
aaa$eaf.exposure<-NA
abc<-find_snp_add_eaf(exposure=aaa)
identical(eaf,abc$eaf.exposure)
#Please pay attention to differences
cb<-cbind(eaf,abc$eaf.exposure)#To find confounders
ee1<-de("ieu-a-7")
confound<-c("body mass index","Coronary heart disease")
expo_dat_nocon<-deletion_confounding_snp(confound = confound,exposure_dat = aaa,query_gene = NULL,query_region = NULL,catalogue = "GWAS",pvalue = 5e-08,proxies = "None",r2 = 0.8,build = 37,write = TRUE,save_path = "MR_ivs.csv"
)

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.mzph.cn/news/587201.shtml

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系多彩编程网进行投诉反馈email:809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

工程(十七)——自己数据集跑R2live

博主创建了一个科研互助群Q&#xff1a;772356582&#xff0c;欢迎大家加入讨论。 r2live是比较早的算法&#xff0c;编译过程有很多问题&#xff0c;通过以下两个博客可以解决 编译R2LIVE问题&解决方法-CSDN博客 r2live process has died 问题解决了_required process …

[设计模式 Go实现] 创建型~单例模式

使用懒惰模式的单例模式&#xff0c;使用双重检查加锁保证线程安全 代码实现 package singletonimport "sync"// Singleton 是单例模式接口&#xff0c;导出的 // 通过该接口可以避免 GetInstance 返回一个包私有类型的指针 type Singleton interface {foo() }// s…

华为交换机生成树STP配置案例

企业内部网络怎么防止网络出现环路&#xff1f;学会STP生成树技术就可以解决啦。 STP简介 在二层交换网络中&#xff0c;一旦存在环路就会造成报文在环路内不断循环和增生&#xff0c;产生广播风暴&#xff0c;从而占用所有的有效带宽&#xff0c;使网络变得无法正常通信。 在…

uni-app API接口扩展组件(uni-ui)

锋哥原创的uni-app视频教程&#xff1a; 2023版uniapp从入门到上天视频教程(Java后端无废话版)&#xff0c;火爆更新中..._哔哩哔哩_bilibili2023版uniapp从入门到上天视频教程(Java后端无废话版)&#xff0c;火爆更新中...共计23条视频&#xff0c;包括&#xff1a;第1讲 uni…

【Java | 多线程案例】定时器的实现

个人主页&#xff1a;兜里有颗棉花糖 欢迎 点赞&#x1f44d; 收藏✨ 留言✉ 加关注&#x1f493;本文由 兜里有颗棉花糖 原创 收录于专栏【Java系列专栏】【JaveEE学习专栏】 本专栏旨在分享学习JavaEE的一点学习心得&#xff0c;欢迎大家在评论区交流讨论&#x1f48c; 这里写…

Spring Boot快速搭建一个简易商城项目【完成登录功能且优化】

完成登录且优化&#xff1a; 未优化做简单的判断&#xff1a; 全部异常抓捕 优化&#xff1a;返回的是json的格式 BusinessException&#xff1a;所有的错误放到这个容器中&#xff0c;全局异常从这个类中调用 BusinessException&#xff1a; package com.lya.lyaspshop.exce…

2020年认证杯SPSSPRO杯数学建模A题(第一阶段)听音辨位全过程文档及程序

2020年认证杯SPSSPRO杯数学建模 A题 听音辨位 原题再现&#xff1a; 把若干 (⩾ 1) 支同样型号的麦克风固定安装在一个刚性的枝形架子上 (架子下面带万向轮&#xff0c;在平地上可以被水平推动或旋转&#xff0c;但不会歪斜)&#xff0c;这样的设备称为一个麦克风树。不同的麦…

x-cmd-pkg | 音视频处理领域中常用的开源转换工具:ffmpeg

目录 简介首次用户功能特点类似工具与竞品进一步探索 简介 ffmpeg 是音视频处理领域中常用的开源转换工具。以强大的功能、广泛的格式支持和丰富的参数调节在处理音视频格式的任务中得到了广泛的使用。 FFmpeg 是由 Fabrice Bellard 于 2000 年发起的开源多媒体框架&#xff…

starrocks集群fe/be节点进程守护脚本

自建starrocks集群&#xff0c;有时候服务会挂掉&#xff0c;无法自动拉起服务&#xff0c;于是采用supervisor进行进程守护。可能是版本的原因&#xff0c;supervisor程序总是异常&#xff0c;无法对fe//be进行守护。于是写了个简易脚本。 #!/bin/bash AppNameFecom.starrock…

189. 轮转数组(Java)

题目描述&#xff1a; 给定一个整数数组 nums&#xff0c;将数组中的元素向右轮转 k 个位置&#xff0c;其中 k 是非负数。 输入&#xff1a; nums [1,2,3,4,5,6,7], k 3 输出: [5,6,7,1,2,3,4] 解释: 向右轮转 1 步: [7,1,2,3,4,5,6] 向右轮转 2 步: [6,7,1,2,3,4,5] 向右轮…

多开工具对手机应用启动速度的优化与改进

多开工具对手机应用启动速度的优化与改进 随着智能手机的普及和应用程序的多样化&#xff0c;用户对手机应用的启动速度提出了更高的要求。在这种情况下&#xff0c;多开工具作为一种应用程序管理工具&#xff0c;对手机应用的启动速度进行了优化和改进&#xff0c;为用户带来…

模型 安索夫矩阵

本系列文章 主要是 分享模型&#xff0c;涉及各个领域&#xff0c;重在提升认知。产品市场战略。 1 安索夫矩阵的应用 1.1 江小白的多样化经营策略 使用安索夫矩阵来分析江小白市场战略。具体如下&#xff1a; 根据安索夫矩阵&#xff0c;江小白的现有产品是其白酒产品&…

使用top +jps+jstack定位cpu占用100%的Java服务问题定位简易操作指引

1. 使用top命令找出CPU占用最多的应用 首先&#xff0c;你需要使用top命令来识别哪个进程正在使用大量的CPU资源。 运行top命令:在终端中输入top并按下回车键。查看CPU使用率最高的进程:默认情况下&#xff0c;top会按CPU使用率排序。查看%CPU列&#xff0c;找出使用率最高的…

缓存cache和缓冲buffer的区别

近期被这两个词汇困扰了&#xff0c;感觉有本质的区别&#xff0c;搜了一些资料&#xff0c;整理如下 计算机内部的几个部分图如下 缓存&#xff08;cache&#xff09; https://baike.baidu.com/item/%E7%BC%93%E5%AD%98 提到缓存&#xff08;cache&#xff09;&#xff0c;就…

OpenAI“一路生花”,致力于超级人工智能研发

原创 | 文 BFT机器人 INTELLIGENT ROBOT OpenAI提供1000万美元的资助用于解决超级智能AI控制问题 OpenAI是人工智能研究领域的领先组织&#xff0c;据媒体称&#xff0c;它正在采取积极措施应对与超级智能AI系统相关的潜在风险。在一项大胆的举措中&#xff0c;该公司宣布将提…

独立站如何优化网页加载速度

对于跨境电商独立站而言&#xff0c;流量是跨境电商业务的重中之重&#xff0c;由于独立站并不自带流量&#xff0c;非常依赖于谷歌搜索引擎自然流量&#xff0c;以及付费广告流量。 但随着付费流量价格日益水涨船高&#xff0c;为了摆脱对付费流量的依赖&#xff0c;相信广大…

可移动磁盘上的文件删除了怎么恢复?详细教程介绍

在我们的日常生活和工作中&#xff0c;可移动磁盘作为一种便携式的存储设备&#xff0c;经常被用来备份和传输数据。然而&#xff0c;有时候由于误操作或不小心的删除&#xff0c;导致可移动磁盘上的文件丢失。这些文件可能包含重要的工作资料、个人照片、视频等&#xff0c;一…

【YOLO系列】YOLOv8 -【教AI的陶老师】

文章目录 yolo v8 模型结构图这样搞有什么意义&#xff1f;【获得不同尺寸的输出】c2f 详细结构yolo v8 损失函数与 yolo v5 的区别 yolo v8 模型结构图 详细结构图 这样搞有什么意义&#xff1f;【获得不同尺寸的输出】 c2f 详细结构 yolo v8 损失函数 与 yolo v5 的区别

超声波测距系统

文章目录 前言一、功能描述一、界面一二、界面二三、界面三四、界面四五、初始界面 二、编程实现 前言 具有测距、温度补充、实时时钟、记忆、阈值警报、串口数据发送等等功能&#xff0c;通过LCD1602显示&#xff0c;按键进行相关操作。 一、功能描述 LCD1602显示共有五个界面…

第1章 Kali Linux入门

本章将带领读者初步了解渗透测试专用的独立Linux 操作系统——Kali Linux。本章涵盖下述主题&#xff1a; ● Kali 的发展简史&#xff1b; ● Kali 的一般用途&#xff1b; ● Kali 的下载与安装&#xff1b; ● Kali 的配置与更新。 在本章的结尾部分&#xff0c;我们还…