以单层石墨烯为例：

1. 建模

1) 打开MS，新建项目，通过File—import查找Structures/ceramics/graphite并打开，即引入石墨的晶格结构，命名为graphene；

2) Build—Symmetry—Make P1，去除对称性，删除晶格结构中的一层；

3) Build—Symmetry—Supercell，将Supercell range改为3*3*1，一个3*3的单层石墨烯结构就得到了。

2. 优化

1) 打开Dmol3 Tools/Caculation。

参数设置：

Setup选项卡：

Task指所需要计算的内容，结构优化选择Geometry Optimization；

Quality是指计算过程中的精度，fine为最好；

Functional是泛函的选择，优化单层石墨烯可以选择GGA和PBE；

Spin unrestricted指自旋不限制，需勾选；

Metal勾选，则K点网络划分比较细，计算精度高；

Use symmetry 是使用对称性，优化石墨烯时可以勾选；

Electronic选项卡：

Integration accuracy 是指积分精度，一般选择Fine；

SCF tolerance 是自洽场，选择Fine；

K-point set 是k点网格精度，单层石墨烯可以设为2*2*1；

Basis set 有两种：DNP和DND，一般来说，DNP精度较高；

点击more，勾选Use smearing，Smearing越小，精度越高，可以设为0.002；

K point 设为2*2*1；

Job Control 选项卡：

若用当前电脑算，直接run就可以，若交到服务器上算，则File—Save file，将得到的文件提交到服务器。

2) 计算完成后，打开文件中的graphene.xrd，打开Dmol3 Tools/Analysis，选择Structure，update之后所得到的结构就是优化得到的稳定结构。

3) 打开outmol 文件，文件最后的total energy 则是该结构对应的总能。