转自:https://blog.csdn.net/shenziheng1/article/details/70053152
1.前言
本文对dcmtk程序包做了简单介绍,包括主要接口类的简单说明,可用的工具以及一些例子。下一步工作准备详细分析每个程序包中的接口类功能,并结合源码和dicom文档分析其实现过程。
2.Config程序包
config目录下的文档:
- config.txt:指出你编辑的任何.h .c .cc文件,首先必须包含该目录下的头文件#include "osconfig.h"
- dirstruc.txt:给出了dcmtk项目的项目目录结构,这个用cmake会自动生成
- envvars.txt:这个文件比较重要,它指出了一些运行时环境变量,这些变量可能会影响dcmtk的工具和库的使用,这些变量包括:
- DCMDICTPATH:影响dcmdata
On Win32 platforms, a built-in dictionary is used by default. If the DCMDICTPATH environment variable is set, the applications will attempt to load _additional_ DICOM data dictionaries specified in the DCMDICTPATH environment variable instead. The DCMDICTPATH environment variable has the same format as the shell PATH variable in that a semicolon (";") separates entries. The data dictionary code will attempt to load each file specified in the DCMDICTPATH environment variable.- TCP_BUFFER_LENGTH:影响dcmnet
By default, DCMTK uses a TCP send and receive buffer length of 32K. If the environment variable TCP_BUFFER_LENGTH is set,it specified an override for the TCP buffer length. The value is specified in bytes, not in Kbytes.- TCP_NODELAY:影响dcmnet.
If this environment variable contains a non-zero number,the Nagle algorithm will not be disabled for TCP transport connections. Also see documentation for macro DONT_DISABLE_NAGLE_ALGORITHM in config/docs/macros.txt- TMPDIR:影响dcmnet.
Affects the implementation of the tempnam() emulation on platforms where tempnam() is not defined. See tempnam(3S) main page for a description.- macros.txt:
这个文件也特别重要,它给出了很多编译时的宏,这些宏可能会影响dcmtk的工具和库的使用。大部分的宏可以用来激活一些实验性的或很少需要的特性,另外有一些是用来取消某些功能。要尽量谨慎使用。详细见文档。- modules.txt:
这个文件讲述如何自己配置各个模块,不需要掌握。- config的include目录下的文件:
- osconfig.h:这个文件是必须包含在所有.h .c文件中的.其中指出在win32环境下包含 "dcmtk/config/cfwin32.h"文件
- cfwin32.h:包含了大量的宏定义。***如果需要查找某个宏的定义,可到这个文件中查找***
3.ofstd程序包
ofstd:作为一般目的的类库。
这个模块包含了一般目的的类库,这些类所描述的对象概念并非在Dicom标准中特有。它们广泛的在toolkit中使用。主要包含下面的类
- OFCommandLine:处理命令行参数,头文件在ofcmdln.h。***详情需要结合具体的代码来理解***
- OFCondition:描述条件码的一般类。头文件在ofcond.h。***详情需要结合具体的代码来理解***
- OFConsole:是一个singleton(单例)类。提供线程安全的对标准输出流和错误流的访问。允许以多线程的方式同时创建输出。
- OFList:是一个双向链表模板类,接口是STL list类中的一个子集。头文件在oflist.h。
- OFStack:是一个堆栈模板类,接口是STL stack类中的一个子集。头文件在ofstack.h.
- OFStandard:包含大量帮助函数组成的类,用来包含大量“全局”帮助函数。注意全部都是静态函数。其中的一些函数实现调用了windows API函数,如fileexists()。头文件在ofstd.h。
- OFString:一个简单的string类,实现了std::string的一个子集,没有iterator或trait,在速度上也没有优化。头文件在ofstring.h
4.dcmdata程序包
dcmdata:一个数据编码/解码库和可用的工具.
这个模块包含了一些类来管理Dicom数据结构和文件。同时它也提供了对DICOMDIR文件的支持以满足Dicom storage media(存储介质)的需要。
主要的接口类有:
工具:这个模块包含了下面的命令行工具:
- DcmFileFormat:a class handling the DICOM file format (with meta header) 。头文件在dcfilefo.h。
- DcmDataset:a class handling the DICOM dataset format (files without meta header) 。头文件在dcdatset.h.
- DcmItem:a class representing a collection of DICOM elements。头文件在dcitem.h。
- DcmElement:abstract base class for all DICOM elements。头文件在dcelem.h。
- DcmAttributeTag/DcmByteString/DcmFloatingPointDouble/DcmFloatingPointSingle/DcmOtherByteOtherWord/DcmSequenceOfItems/DcmSignedLong/DcmSignedShort/DcmUnsignedLong/DcmUnsignedShor
dcm2xml: Convert DICOM file and data set to XML
dcmconv: Convert DICOM file encoding
dcmcrle: Encode DICOM file to RLE transfer syntax
dcmdrle: Decode RLE-compressed DICOM file
dcmdump: Dump DICOM file and data set
dcmftest: Test if file uses DICOM part 10 format
dcmgpdir: Create a general purpose DICOMDIR
dcmodify: Modify DICOM files
dump2dcm: Convert ASCII dump to DICOM file
xml2dcm: Convert XML document to DICOM file or data set
例一: 调入一个DICOM文件,输出病人姓名:例二:创建一个DICOM dataset数据集,并保存为文件:DcmFileFormat fileformat; OFCondition status = fileformat.loadFile("test.dcm"); if (status.good()) {OFString patientsName;if (fileformat.getDataset()->findAndGetOFString(DCM_PatientsName, patientsName).good()){cout << "Patient's Name: " << patientsName << endl;} else{cerr << "Error: cannot access Patient's Name!" << endl;} elsecerr << "Error: cannot read DICOM file (" << status.text() << ")" << endl;
例三:如何为多个文件创建一般目的的DICOMDIR:char uid[100]; DcmFileFormat fileformat; DcmDataset *dataset = fileformat.getDataset(); dataset->putAndInsertString(DCM_SOPClassUID, UID_SecondaryCaptureImageStorage); dataset->putAndInsertString(DCM_SOPInstanceUID, dcmGenerateUniqueIdentifier(uid, SITE_INSTANCE_UID_ROOT)); dataset->putAndInsertString(DCM_PatientsName, "Doe^John"); dataset->putAndInsertUint8Array(DCM_PixelData, pixelData, pixelLength); OFCondition status = fileformat.saveFile("test.dcm", EXS_LittleEndianExplicit); if (status.bad())cerr << "Error: cannot write DICOM file (" << status.text() << ")" << endl;
DicomDirInterface dicomdir; OFCondition status = dicomdir.createNewDicomDir(); if (status.good()) {while ( /* there are files */ )dicomdir.addDicomFile( /* current filename */ );status = dicomdir.writeDicomDir();if (status.bad())cerr << "Error: cannot write DICOMDIR (" << status.text() << ")" << endl; } elsecerr << "Error: cannot create DICOMDIR (" << status.text() << ")" << endl;
5.dcmimgle程序包
dcmimgle是一个图像处理库和可用的工具模块,它包括了对DICOM单色图像的访问和显示。对颜色图像的支持由dcmimage模块提供,对JPEG压缩图像的支持由dcmjpeg模块支持。
主要接口类:可用工具:
- DicomImage: 为dcmimgle/dcmimage模块提供接口类。主要目的是图像显示。在dcmimage.h中定义
- DiDisplayFunction: Class to handle hardcopy and softcopy device characteristics file and manage display LUTs (for calibration). 在didispfn.h中定义。
例一: 载入一幅DICOM单帧单色图像,并显示其像素数据。
- dcmdspfn: Export standard display curves to a text file
- dcod2lum: Convert hardcopy characteristic curve file to softcopy format
- dconvlum: Convert VeriLUM files to DCMTK display files
DicomImage *image = new DicomImage("test.dcm"); if (image != NULL) {if (image->getStatus() == EIS_Normal){if (image->isMonochrome()){image->setMinMaxWindow();Uint8 *pixelData = (Uint8 *)(image->getOutputData(8 /* bits */));if (pixelData != NULL){/* do something useful with the pixel data */}}} elsecerr << "Error: cannot load DICOM img(" << DicomImage::getString(image->getStatus()) << ")" << endl; } delete image;
6.dcmimage程序包
dcmimage模块为dcmimgle模块提供对彩色图像的支持。对单色图像的支持由dcmimgle提供,对JPEG压缩图像的支持由dcmjpeg模块支持。
主要接口类:工具:
- DicomImage: 在dcmimgle中已介绍。
举例: 载入一幅DICOM单帧图像(单色或彩色),并显示其像素数据。
- dcm2pnm: Convert DICOM images to PPM/PGM, PNG, TIFF or BMP
- dcmquant: Convert DICOM color images to palette color
- dcmscale: Scale DICOM image
#include "diregist.h" /* required to support color images */ DicomImage *image = new DicomImage("test.dcm"); if (image != NULL) {if (image->getStatus() == EIS_Normal){Uint8 *pixelData = (Uint8 *)(image->getOutputData(8 /* bits per sample */));if (pixelData != NULL){/* do something useful with the pixel data */}} elsecerr << "Error: cannot load DICOM img (" << DicomImage::getString(image->getStatus()) << ")" << endl; } delete image;
7.dcmjpeg程序包
dcmjpeg提供了一个压缩/解压缩库以及可用工具。该模块包含一些类,可将DICOM图像对象在非压缩和JPEG压缩表示(传输协议)之间转换。无失真和有失真JPEG处理都被支持。这个模块实现了一族codec(编码解码器,由DcmCodec类派生而来),可以将这些codec在codec list中注册,codec list是由dcmdata模块保存的。
主要接口类:工具:
- DJEncoderRegistration: 一个singleton(单例)类,为所有受支持的JPEG处理注册编码器。在djencode.h中定义。
- DJDecoderRegistration: 一个singleton(单例)类,为所有受支持的JPEG处理注册解码器。在djdecode.h中定义。
- DJCodecEncoder: JPEG编码器的一个抽象codec类。This abstract class contains most of the application logic needed for a dcmdata codec object that implements a JPEG encoder using the DJEncoder interface to the underlying JPEG implementation. This class only supports compression, it neither implements decoding nor transcoding. 在djcodece.h中定义
- DJCodecDecoder: JPEG解码器的一个抽象codec类。This abstract class contains most of the application logic needed for a dcmdata codec object that implements a JPEG decoder using the DJDecoder interface to the underlying JPEG implementation. This class only supports decompression, it neither implements encoding nor transcoding.
- dcmcjpeg: Encode DICOM file to JPEG transfer syntax
- dcmdjpeg: Decode JPEG-compressed DICOM file
- dcmj2pnm: Convert DICOM images to PGM, PPM, BMP, TIFF or JPEG
- dcmmkdir: Create a DICOMDIR file
例1:用无失真JPEG压缩一幅DICOM图像文件。
例2: 解压缩一幅JPEG压缩的DICOM图像文件。DJEncoderRegistration::registerCodecs(); // register JPEG codecs DcmFileFormat fileformat; if (fileformat.loadFile("test.dcm").good()) {DcmDataset *dataset = fileformat.getDataset();DcmItem *metaInfo = fileformat.getMetaInfo();DJ_RPLossless params; // codec parameters, we use the defaults// this causes the lossless JPEG version of the dataset to be createddataset->chooseRepresentation(EXS_JPEGProcess14SV1TransferSyntax, ¶ms);// check if everything went wellif (dataset->canWriteXfer(EXS_JPEGProcess14SV1TransferSyntax)){// force the meta-header UIDs to be re-generated when storing the file// since the UIDs in the data set may have changeddelete metaInfo->remove(DCM_MediaStorageSOPClassUID);delete metaInfo->remove(DCM_MediaStorageSOPInstanceUID);// store in lossless JPEG formatfileformat.saveFile("test_jpeg.dcm", EXS_JPEGProcess14SV1TransferSyntax);} } DJEncoderRegistration::cleanup(); // deregister JPEG codecs
DJDecoderRegistration::registerCodecs(); // register JPEG codecs DcmFileFormat fileformat; if (fileformat.loadFile("test_jpeg.dcm").good()) {DcmDataset *dataset = fileformat.getDataset();// decompress data set if compresseddataset->chooseRepresentation(EXS_LittleEndianExplicit, NULL);// check if everything went wellif (dataset->canWriteXfer(EXS_LittleEndianExplicit)){fileformat.saveFile("test_decompressed.dcm", EXS_LittleEndianExplicit);} } DJDecoderRegistrati