当数据量较大时，用MrBayes进行计算通常是旷日持久的事情，几天甚至几个月。中间如果断电死机什么的发生就很令人发狂了。于是 MrBayes 3.2 svn 版增加了一个断点保存的功能，死机后可以从保存的断点处继续计算。只要在mcmc命令中加入checkfreq=n (n为保存断点间隔的代数）参数即可保存断点；下次从断点继续运算时，在mcmc 命令中加入append=yes参数即可.
碰巧的是，前些天不知道谁把我用来计算的那台服务器的电源碰掉了，我那已经算了20多天的任务啊.....! 想砍人之余又庆幸事前曾经设置了断点保存。可是当我在mcmc 命令中加入append=yes参数以恢复运算时，不幸的事还是发生了，MrBayes报错并停止：A maximum of 2000 characters is allowed on a single line, The longest line of the file xxx contains at least one line with 58000 characters. 当时就有欲哭无泪的感觉啊。稍稍平复一下心情，决定还是从程序的源代码查起吧，希望不是一个与算法有关的大bug(小修小改能搞定，跟算法有关的话短时间就没办法搞了)！拿出错消息grep一下所有的源文件，发现问题在这里：
trunk/src/command.c-3212- longestLineLength = LongestLine (fp);
trunk/src/command.c-3213- MrBayesPrint ("%s Longest line length = %d\n", spacer, longestLineLength);
trunk/src/command.c-3214- longestLineLength += 50;
trunk/src/command.c-3215-
trunk/src/command.c:3216: /* check that longest line is not longer than CMD_STRING_LENGTH */
trunk/src/command.c:3217: if (longestLineLength >= CMD_STRING_LENGTH - 100)
trunk/src/command.c-3218- {
trunk/src/command.c:3219: MrBayesPrint ("%s A maximum of %d characters is allowed on a single line\n", spacer, CMD_STRING_LENGTH - 100);
trunk/src/command.c-3220- MrBayesPrint ("%s in a file. The longest line of the file %s\n", spacer, inputFileName);
trunk/src/command.c-3221- MrBayesPrint ("%s contains at least one line with %d characters.\n", spacer, longestLineLength);
trunk/src/command.c-3222- nErrors++;
trunk/src/command.c-3223- }
trunk/src/command.c-3224-# if defined (MPI_ENABLED)
原来最长行的字符数被 CMD_STRING_LENGTH 所限制。grep搜CMD_STRING_LENGTH，在mb.h中找到：
trunk/src/mb.h-251-
trunk/src/mb.h-252-#define POS_INFINITY 1E25f;
trunk/src/mb.h-253-#define NEG_INFINITY -1000000.0f
trunk/src/mb.h-254-
trunk/src/mb.h:255:#define CMD_STRING_LENGTH 200000
trunk/src/mb.h-256-
原来 CMD_STRING_LENGTH 被限制到了20000，该值已经大大不能符合我的数据要求了。于是操刀将其放大10倍，改为200000。重新编译MrBayes, 再次从断点处回复执行, OK，熟悉的计算过程又回来了。20多天的计算总算没白费。
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