原始文件：

id	start	end
a1	10	19
a1	25	34
a2	89	124
a2	149	167
a2	188	221

目的文件：

a1	1	10
a1	16	25
a2	1	36
a2	61	79
a2	100	133

解释说明：
原始文件是gff3文件的一部分，第一列id是基因的名字，第二列和第三列分别是外显子在全基因组上的起始位置和终止位置，目的文件中第一列是基因名字，第二列和第三列分别是外显子相对于单个基因的起始位置和终止位置。

接下来是代码：

# 加工gff3为了计算出内含子和外显子的位置
import pandas as pd
list1=[]
list2=[]
b=open("47out1.txt","w")
with open("47.txt","r") as f1:df1=pd.read_table(f1,index_col=0)df1["id1"]=df1.indexdf1["id1_start_end"]=df1["id1"]+","+df1["start"].astype(str)+","+df1["end"].astype(str)df2=df1.iloc[:,[3]]df3 = df2.groupby("id").apply(lambda x: x["id1_start_end"].tolist())for i in range(len(df3)):list1.append(",".join(df3[i]))for i in list1:i=i.strip().split(",")# " ".join(i)for j in range(0, len(i)):if i[j]==i[0]:list2.append(i[j])elif i[j]!=i[0]:list2.append(str(int(i[j]) - int(i[1]) + 1) )
for i in range(len(list2)):if i % 3 == 0:b.write(str(list2[i])+"\t"+str(list2[i+1])+"\t"+str(list2[i+2])+"\n")# print(list2[i],list2[i+1],list2[i+2])