爱基百客专注于提供领先的表观组学服务，目前已在表观组学、单细胞时空组学和高通量测序等方向积累了大量的项目经验。近期（11月23日-12月4日），高分项目文章频出，涉及物种有梨、腰果、蘑菇、青枯雷尔氏菌和心肌细胞，我们提供的技术支持有ChIP、重测序、RNA-seq和代谢组，发表期刊包括Plant Journal、Circulation和Nature Communications等知名刊物，平均IF达18分。爱基百客一直致力于提供高质量的科研服务，这些项目文章无疑彰显了我们的技术水平和服务能力。

01 PbrbZIP15通过激活葡萄糖异构酶基因PbrXylA1的转录来促进梨体内的糖的积累

PbrbZIP15 promotes sugar accumulation in pear via activating the transcription of the glucose isomerase gene PbrXylA1

• 发表期刊：Plant Journal｜影响因子：7.2

• 发表时间：12月4日 | 发表单位：南京农业大学

• 爱基百客提供技术：ChIP-qPCR

主要内容

成熟梨（Pyrus）果实中可溶性糖的组成和丰度对消费者的接受非常重要。然而，我们对负责可溶性糖积累的基因的理解仍然有限。该研究通过对代谢物和转录组数据的联合分析以及实验验证，对bZIP基因家族的s1组成员PbrbZIP15进行了鉴定。PbrbZIP15位于细胞核中，在梨果实和愈伤组织中参与果糖、蔗糖和总可溶性糖的积累。通过分析糖代谢相关基因的表达谱及其启动子中顺式作用元件的分布，发现PbrbZIP15异构化的葡萄糖异构酶1基因（PbrXylA1）在体外催化葡萄糖和果糖是PbrbZIP15的下游靶基因。PbrbZIP15可以直接与PbrXylA1启动子中的G-box元件结合并激活其转录，这通过ChIP-qPCR、酵母单杂交、电泳迁移率试验和双荧光素酶试验得到证明。

PbrXylA1的N端具有一个富含亮氨酸的信号肽，它定位于内质网。在梨果实和愈伤组织的果糖、蔗糖和总可溶性糖积累中发挥重要作用，与果糖/葡萄糖比值上调有关。进一步研究发现，PbrbZIP15-/PbrXylA1转基因果实/愈伤组织中蔗糖含量与多个蔗糖生物合成相关基因（PbrFRK3/8、PbrSPS1/3/4/8和PbrSPP1）的表达水平呈正相关。综上所述，该研究结果表明，PbrbZIP15诱导的梨发育过程中可溶性糖的积累至少部分归因于PbrXylA1转录的激活。

图：PbrbZIP15及其下游靶基因PbrXylA1促进梨总可溶性糖积累，进而增加甜度的示意图模型

02 USP28是糖尿病性心脏病线粒体形态功能缺陷和心功能障碍的关键抑制因子

USP28 Serves as a Key Suppressor of Mitochondrial Morphofunctional Defects and Cardiac Dysfunction in the Diabetic Heart

• 发表期刊：Circulation｜影响因子：37.8

• 发表时间11月23日 | 发表单位：武汉大学人民医院

• 爱基百客提供技术：ChIP-seq和RNA-seq

主要内容

大多数糖尿病患者易发生心功能不全和心力衰竭，常规药物治疗不能纠正糖尿病心肌病的进展。在此，研究评估了USP28（泛素特异性蛋白酶28）在糖尿病心肌病代谢弱点中的潜在作用和治疗价值。该研究首先构建小鼠模型，采用高糖+棕榈酸培养的新生大鼠心室肌细胞和人诱导多能干细胞来源的心肌细胞在体外模拟糖尿病心肌病。通过RNA测序、免疫沉淀和质谱分析、蛋白下拉、染色质免疫沉淀测序和染色质免疫沉淀分析，探索其分子机制。

以db/db小鼠心脏和糖尿病患者心脏为基础的UPS（泛素-蛋白酶体系统）的微阵列分析显示，糖尿病心室的USP28表达显著降低。与对照组相比，糖尿病性Myh6-Cre+/USP28fl/fl小鼠表现出更严重的进行性心功能障碍、脂质积累和线粒体紊乱。另一方面，USP28过表达表达改善糖尿病心脏的收缩和舒张功能障碍，改善心肌肥厚和纤维化。USP28过表达减轻了高脂饮食/链脲佐菌素诱导的2型糖尿病小鼠的心脏重构和功能障碍、脂质积累和线粒体损伤。这些结果也在新生大鼠心室肌细胞和人诱导的多能干细胞来源的心肌细胞中得到了证实。RNA测序、免疫沉淀和质谱分析、染色质免疫沉淀分析、染色质免疫沉淀测序ChIP-seq和蛋白质下拉分析机制揭示，USP28直接与PPARα（过氧化物酶体增殖物激活受体α）互作，去泛素化和稳定PPARα（Lys152）促进Mfn2（丝裂蛋白2）转录，从而阻碍线粒体形态功能缺陷。然而，在PPARα缺失和Mfn2功能条件性缺失的db/db小鼠中，USP28的这种心脏保护作用已被基本消除。研究结果提供了一种USP28调节的线粒体稳态机制，涉及糖尿病心脏的PPARα-Mfn2轴，表明USP28激活或靶向USP28的腺相关病毒治疗代表了一种潜在的糖尿病心肌病治疗策略。

图：USP28通过促进PPARα介导的心肌细胞中Mfn2的转录来调节线粒体稳态

03 杯伞科真菌系统分类和毒蝇碱进化研究

Systematic arrangement within the family Clitocybaceae (Tricholomatineae, Agaricales):phylogenetic and phylogenomic evidence, morphological data and muscarine‑producing innovation

• 发表期刊：Fungal Diversity｜影响因子：20.3

• 发表时间：11月27日 | 发表单位：中国科学院昆明植物学研究所

• 爱基百客提供技术：重测序

主要内容

Clitocybaceae（杯伞科）是近期建立的真菌家族。目前，由于取样和用于系统发育分析的基因有限，该家族内的亚科分化和关系尚不清晰。该家族的一些蘑菇含有神经毒性毒蕈碱，导致全球范围内许多严重甚至致命的中毒事件。然而，该家族内毒素的分类分布和演化大部分仍然未知。该研究基于ITS和六个分子位点（ITS、LSU、TEF1、RPB1、RPB2和ATP6）的核苷酸序列进行了系统发育分析，同时进行了基于485个单拷贝同源基因的系统发育基因组学分析。采用BEAST分析法来估计家族内的分化时间，并对32个代表性物种的毒蕈碱进行了生化分析。基于这些分析，提出了Clitocybaceae的更新分类，包括六个属：杯伞属（Clitocybe）、金钱菌属（Collybia）、树状金钱菌属（Dendrocollybia）、香蘑属（Lepista）、假离褶伞属（Pseudolyophyllum）和囊泡杯伞属（Singerocybe）。还提出了17种中国新种和15种新组合。此外，在18种物种中检测到毒蕈碱，这些含毒蕈碱的物种在Collybia亚属中形成了一个主要的单系分支。最后，系统发育、系统发育基因组学、化学分类和分子测定年龄结果表明，Clitocybaceae是一个自然群，估计起源于约6000万年前，并且在该家族中，毒蕈碱大约在2000万年前仅经过一次独立演化，并且之后未发生丢失

图：代表性物种和ML分析

04 代谢组和转录组的综合分析为腰果苹果花青素的生物合成提供了见解

Integrated analysis of the metabolome and transcriptome provides insights into anthocyanin biosynthesis of cashew apple

• 发表期刊：Food Research International｜影响因子：8.1

• 发表时间：12月2日 | 发表单位：中国热带农业科学院热带作物遗传资源研究所

• 爱基百客提供技术：转录组+代谢组

主要内容

尽管腰果苹果是腰果生产的大量副产品，但它仍然是一种未得到充分利用的农产品。花青素是一种水溶性色素，负责形成植物组织中的红色、紫色和蓝色，并具有各种促进健康的特性。为了研究腰果苹果花青素的生物合成，采用代谢组学和转录组学整合分析了三个品种不同果皮颜色的果实花青素的生物合成。通过基于UPLC-ESI-MS/ms的靶向代谢组学分析，在3个腰果品种的果实中共鉴定出26种不同的花青素化合物。随后的定量结果显示，天竺葵素-3-O-半乳糖苷、哌皮素-3-O-阿拉伯糖苷和花青素-3-半乳糖苷是腰果苹果皮红色色素沉着的主要原因。转录组学分析表明，在红腰果苹果中，花青素生物合成基因的表达水平主要高于其他两个品种。此外，相关性分析显示，8个潜在的转录因子参与了花青素生物合成的调控。其中，4个转录因子与花青素含量和花青素生物合成基因表达均呈正相关，其余4个转录因子均呈负相关。这些发现为腰果苹果皮花青素合成的分子基础提供了全面的认识。

05 第二信使2'，3’-环单磷酸鸟苷对青枯雷尔氏菌的生理和毒力的调控

Regulation of the physiology and virulence of Ralstonia solanacearum by the second messenger 2′,3′-cyclic guanosine monophosphate

• 发表期刊：Nature Communications｜影响因子：16.6

• 发表时间：11月23日 | 发表单位：中山大学

• 爱基百客提供技术：ChIP-seq

主要内容

先前的研究表明，双-（3′，5′）-环二鸟苷单磷酸（双-3′，5′-c-di-GMP）是细菌普遍存在的第二信使。该研究报道了2‘，3’-环鸟苷（2‘，3’-cGMP）通过转录调控因子RSp0980控制青枯雷尔氏菌重要的生物学功能，群体感应（QS）信号系统和毒力作用。该信号以高亲和力与RSp0980特异性结合，从而消除了RSp0980与靶基因启动子之间的相互作用。RSp0334包含一个进化的GGDEF结构域，其带有一个将2’3’-cGMP催化为2’3’-c-di-GMP所必需的“LLARLGGDQF”motif，而RSp0334框内缺失突变通过增加细胞内2’3’-cGMP水平来改变上述重要表型。此外，作者发现2’3’-cGMP及其受体和进化的带有GGDEFmotif的GGDEF结构域也存在于人类病原体鼠伤寒沙门氏菌中。该研究的工作为RSp0334的GGDEF结构域的异常功能和2’3’-cGMP信号在细菌中的特殊调控机制提供了见解。

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