代谢组数据分析(二十):通过WGCNA识别核心代谢物

禁止商业或二改转载,仅供自学使用,侵权必究,如需截取部分内容请后台联系作者!

在这里插入图片描述

文章目录

    • 介绍
      • 识别核心基因
    • 加载R包
    • 导入数据
    • 数据预处理
    • 检查数据完整性
    • 计算软阈值soft
    • 根据软阈值构建接矩阵和拓扑重叠矩阵
    • 聚类并构建网络
    • 拓扑重叠热图
    • 查看具体模块的代谢物表达热图
    • 识别表型相关模块
    • 与分组相关的模块
    • 获取核心代谢物 (hub metabolites)
    • 导出网络数据用于Cytoscape
    • 总结
    • 系统信息

介绍

WGCNA(加权基因共表达网络分析,Weighted Gene Co-expression Network Analysis)是一种用于系统生物学和转录组学数据分析的计算方法。它由美国斯坦福大学的Steve Horvath博士和普林斯顿大学的Uli Schreiber博士共同开发。WGCNA的主要目标是通过构建基因共表达网络来识别基因模块(modules),这些模块是一组具有相似表达模式的基因集合,并且这些模块可能与特定的生物学过程或疾病状态相关。WGCNA分析的主要步骤包括:

  1. 数据预处理:包括标准化处理,以消除不同样本或不同基因之间的量纲差异。
  2. 构建共表达网络:通过计算基因对之间的相关系数并应用软阈值幂来构建加权共表达网络。软阈值的目的是使网络的连接强度符合无尺度网络的特性。
  3. 层次聚类和模块识别:使用拓扑重叠矩阵(TOM)和动态剪切方法对基因进

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.mzph.cn/diannao/57777.shtml

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系多彩编程网进行投诉反馈email:809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

word表格跨页后自动生成的顶部横线【去除方法】

Hello World! Its been a long time. 这一年重心放在了科研、做事、追寻新的经历上,事有正事、琐事、幸事、哀事,内心与认知成长了一些,思想成熟了几分,技艺也有若干收获。不管怎样,来打个卡吧,纪念一下&…

边缘计算路由网关R40钡铼技术3LAN口1WAN口Modbus协议

在当今快速发展的工业互联网时代,随着物联网(IoT)与大数据分析的日益融合,边缘计算成为了提高数据处理效率、降低延迟的关键技术。 产品特点: 多接口支持:R40B拥有3个LAN口和1个WAN口的设计,能…

CSS背景之多背景

设置背景图片大小 background-size: 500px 500px; 取值&#xff1a;&#xff08;1&#xff09;第一个值为宽&#xff0c;第二个值为高。 只有一个值的话就是正方的。 <!DOCTYPE html> <html> <head><style type"text/css">.box{width: 800…

在PHP中,读取大文件

在PHP中&#xff0c;读取大文件可以采用以下几种方法&#xff1a; 1. 使用fopen和fread函数&#xff1a;这是最基本的文件读取方法&#xff0c;可以逐行读取大文件。首先使用fopen函数打开文件&#xff0c;然后使用fread函数指定读取的字节数&#xff0c;逐行读取文件内容并进…

Go 版本升级 | 统计 Github 社区 Go 版本分布情况

背景 因为最近三年用的 Go 版本是 1.16&#xff0c;但最新的版本升级到了 1.23&#xff0c;很多依赖的三方包最新文件都已经升级&#xff0c;使用了泛型以及 GO 新版本的特性&#xff0c;导致我只能适配 Go1.16 的三方包旧版本&#xff0c;但这种问题发生的频率多了后&#xf…

分享几个办公类常用的AI工具

办公类 WPS AI讯飞智文iSlideProcessOn亿图脑图ChatPPT WPS AI 金山办公推出的协同办公 AI 应用&#xff0c;具有文本生成、多轮对话、润色改写等多种功能&#xff0c;可以辅助用户进行文档编辑、表格处理、演示文稿制作等办公操作。 https://ai.wps.cn/ 讯飞智文 科大讯飞推…

从零开始:AI制作PPT工具大比拼

现在真的万物皆可AI了&#xff0c;甚至是令人头疼的PPT&#xff0c;也可以直接用AI来搞定了。作为一个PPT新手&#xff0c;我最近对AI制作PPT这个话题产生了浓厚的兴趣。我决定亲自试一试市面上几款热门的AI制作PPT工具&#xff1a;笔灵AIPPT、轻竹PPT、博思白板AIPPT和KimiAI。…

了解Oracle表结构查询:获取列信息与注释

目录 1. 基本知识2. Demo3. 补充Mysql 1. 基本知识 Oracle数据库中&#xff0c;表结构信息包含列名、数据类型、长度、可空性、默认值以及字段注释等&#xff0c;这些信息对于理解数据库设计和维护非常重要 基本的属性要点如下&#xff1a; 表名&#xff08;TABLE_NAME&…

uniApp 加载google地图 并规划路线

uniApp 加载google地图 并规划路线 备注:核心代码实例 备注: 打开谷歌地图失败的话 参考google开发文档 https://developers.google.com/maps/documentation/urls/ios-urlscheme?hlzh-cn#swift核心代码 mounted() {this.loadGoogleMapsScript(); }, methods: {//加载loadGo…

LCD手机屏幕高精度贴合

LCD手机屏幕贴合&#xff0c;作为智能手机生产线上至关重要的一环&#xff0c;其质量直接关乎用户体验与产品竞争力。这一工艺不仅要求屏幕组件间的无缝对接&#xff0c;达到极致的视觉与触觉效果&#xff0c;还需确保在整个生产过程中&#xff0c;从材料准备到最终成品&#x…

深入理解与优化 Java JVM

一、引言 在 Java 开发中&#xff0c;Java 虚拟机&#xff08;JVM&#xff09;起着至关重要的作用。它负责将 Java 字节码转换为机器码并执行&#xff0c;同时管理着内存分配、垃圾回收等关键任务。理解和优化 JVM 对于提高 Java 应用程序的性能、稳定性和可扩展性至关重要。本…

不同类型的 LED 驱动电源在检测方法上有哪些不同?-纳米软件

1.传统 LED 驱动电源检测方法&#xff1a; 通常会提取 LED 驱动电源性能指标参数中较为重要的几个因子&#xff0c;如电压稳定性、电流波动范围等。利用诸如 k-means 聚类分析方法&#xff0c;实现对不同厂家、使用寿命不同的 LED 驱动电源快速有效的分类2。这种方法主要是通过…

海外媒体发稿:外媒宣发之《时代》杂志 TIME 的魅力

海外媒体发稿&#xff1a;外媒宣发之《时代》杂志 TIME 的魅力 海外媒体发稿&#xff1a;外媒宣发之《时代》杂志 TIME 在当今全球化的信息时代&#xff0c;媒体的影响力无远弗届。对于企业、组织和个人而言&#xff0c;能够在具有广泛影响力的世界媒体上发声&#xff0c;无疑…

Telegram机器人的手机部署

目的 一直有读 epub 电子书的习惯&#xff0c;摘录段落复制下来段落很难看&#xff0c;把自己写的排版器的逻辑复制下来&#xff0c;写成了一个排版机器人所有发给机器人的文字&#xff0c;都会经过排版&#xff0c;后转发到读书频道 前提 本来最好方法是直接把机器人架在服…

开源呼叫中心系统与商业软件的对比

开源呼叫中心系统与商业软件的对比 作者&#xff1a;FreeIPCC 在当今的商业环境中&#xff0c;呼叫中心系统已成为企业与客户之间沟通的重要桥梁。而在选择呼叫中心系统时&#xff0c;企业面临着两种主要的选择&#xff1a;开源呼叫中心系统和商业软件。这两种系统各有其独特的…

各数据表字段的数据类型与相关属性应该如何设计?分类列出并说明原因

在设计数据库表字段的数据类型与相关属性时&#xff0c;可以根据不同的数据类型进行分类。以下是常见的数据类型及其相关属性的分类和说明&#xff1a; 数值型数据 整型 (INT, BIGINT, SMALLINT, TINYINT) 用途: 存储整数值。 原因: 整型适合存储计数、ID等不需要小数的数值&…

面试中的一个基本问题:如何在数据库中存储密码?

面试中的一个基本问题&#xff1a;如何在数据库中存储密码&#xff1f; 在安全面试中&#xff0c;“如何在数据库中存储密码&#xff1f;”是一个基础问题&#xff0c;但反映了应聘者对安全最佳实践的理解。以下是安全存储密码的最佳实践概述。 了解风险 存储密码必须安全&am…

【Java小白图文教程】-05-数组和排序算法详解

精品专题&#xff1a; 01.《C语言从不挂科到高绩点》课程详细笔记 https://blog.csdn.net/yueyehuguang/category_12753294.html?spm1001.2014.3001.5482 02. 《SpringBoot详细教程》课程详细笔记 https://blog.csdn.net/yueyehuguang/category_12789841.html?spm1001.20…

less和sass基本使用

变量 变量在LESS和SASS中都以符号定义&#xff0c;可以在全局范围内使用&#xff0c;也可以在局部范围内定义和使用。 LESS示例&#xff1a; primary-color: #3498db; padding: 15px;.article {background-color: primary-color;padding: padding; }SASS示例&#xff1a; $…

day02|计算机网络重难点之HTTP请求报文和响应报文

day02|计算机网络重难点之HTTP请求报文和响应报文 3.HTTP请求报文和响应报文是怎样的&#xff0c;有哪些常见的字段&#xff1f; 3.HTTP请求报文和响应报文是怎样的&#xff0c;有哪些常见的字段&#xff1f; HTTP请求报文主要是由 请求行、请求头部、空行和请求体 四部分组成…