SRAToolkit是由NCBI(美国国家生物技术信息中心)提供的一个工具集,用于下载、读取和转换SRA(Sequence Read Archive)格式的数据文件。这些数据文件包含了大规模的核酸序列数据,对于基因组学研究至关重要。本教程将指导你在Linux服务器上安装SRAToolkit。
关于windows如何链接服务器可以看我的教程:
FinalShell连接Linux服务器并解决反复输入密码问题_finalshell重复登录-CSDN博客
本教程也以FinalShell做示范
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1.下载到服务器
2.解压并安装
3.简单使用
1.下载到服务器
打开NCBI:
National Center for Biotechnology Information (nih.gov)
下载工具处找到SRA Toolkit:
可以右键选择复制链接后用Wget下载,也可以本地下载后上传服务器:
这里我们使用wget的方法:
mkdir ~/SRATool
cd ~/SRATool
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.1.1/sratoolkit.3.1.1-ubuntu64.tar.gz
2.解压并安装
tar -xzf sratoolkit.3.1.1-ubuntu64.tar.gz
配置环境:
echo 'export PATH=$PATH:$HOME/SRAToolkit/sratoolkit.3.1.1-ubuntu64/bin ' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
vdb-config --interactive #x退出
3.简单使用:
prefetch SRR030834 #下载.sra文件
fastq-dump --split-e ./SRR030834/SRR030834.sra #将.sra文件转换成.fastq文件
以上就是安装的全部内容,有什么问题欢迎评论区讨论。