员工离职时删除自己做的文件是否违法，需要视情况而定：

如果删除的是个人自己的文件：

在这种情况下，员工删除的是自己制作的、不涉及公司机密或经营数据的个人文件，通常不会被视为违法行为。

如果删除的是公司的文件：

这可能涉及到违法问题。根据《中华人民共和国民法典》第一千一百六十五条，如果员工的行为因过错侵害了公司的民事权益并造成损害，员工应当承担侵权责任。特别是在员工离职后删除客户数据或其他公司重要文件，这可能侵犯了公司的合法权益，并需要承担法律责任。

具体而言，如果员工删除的文件对公司运营产生重大影响，或者给公司带来经济损失，员工可能涉嫌“破坏计算机信息系统罪”。根据相关法律规定，这可能导致刑事处罚，包括有期徒刑或者拘役。

为了杜绝这种现象，公司可以采取以下措施：

1.明确合同和保密协议：

在员工入职时，应明确签署合同和保密协议，规定员工在离职后不得删除或泄露公司文件和数据。

2.使用防泄密软件：

引入专业的防泄密系统，如安企神防泄密系统，对公司的重要文件进行加密和备份管理。这样，即使员工尝试删除文件，文件本身也会保持安全，启动自动备份，且员工在离职时无法访问或删除这些文件。

文件操作监控：可以记录员工对文件的所有操作行为，出现问题能追溯到责任人。

3.审计和日志记录：

启用系统的审计和日志记录功能，记录员工在终端设备上的各种操作，包括文件的访问、复制、移动和删除等行为。这有助于及时发现并阻止员工的恶意行为。

4.数据备份和恢复：

定期进行数据备份，确保即使员工删除了某些文件，公司也能够从备份中恢复数据。

5.加强员工培训和教育：

定期进行员工培训，强调职业道德和职业素养的重要性，以及保护公司数据和文件的必要性。

通过上述措施的综合应用，公司可以更有效地防止离职员工恶意删除公司重要文件的现象。