只需要vcf文件和候选区间信息。按照下面的代码逻辑即可完成分析。

awk -F"\t" '{if($1~/^#/){print $0}else{if($1=="Chr_23" && $2>=6810142 && $2<=6830142){print $0}}}' All.SNP.filt.recode.vcf  > ud10
awk -F"\t" '{print $1"_"$2"\t"$2}' ud10.vcf|grep -v "^#" > ud10.info
/opt/software/plink --vcf  ud10.vcf --make-bed --out ud10 --recode --double-id --allow-extra-chr
sed -i 's/-9/0/' ud10.ped
java -jar /biodata/02.software/Haploview.jar -n -q -log sample.log -pedfile ud10.ped -info ud10.info -skipcheck -blockoutput ALL -png -svg -ldvalues RSQ -check -mendel -dprime -compressedpng