Sentieon应用教程:本地使用-Quick_start

1、准备工作:

License下载链接:http://www.sentieon.com/eula/b703e839c8c7c5b8fa73238277fd5da23a0276be54712edb46ee8f4d4f3d873fbf
软件下载地址:
https://insvast-download.oss-cn-shanghai.aliyuncs.com/Sentieon/release/sentieon-genomics-202308.03.tar.gz
测试数据Quick_start:
https://sentieon-application2.oss-cn-hongkong.aliyuncs.com/others/sentieon_quickstart.tar.gz

2、检查License是否可用:

<SENTIEON_DIR>为软件sentieon-genomics-202308.03.tar.gz的解压地址;
<LICENSE_FILE>为License下载后解压地址。
根据以上下载解压后使用如下命令启动License server:
<SENTIEON_DIR>/bin/sentieon licsrvr --start --log licsrvr.log <LICENSE_FILE>
在当前目录下生成licsrvr.log,检查日志文件是否有错误,无误后进行下一步。

3、修改主脚本sentieon_quickstart.sh

软件路径修改:SENTIEON_INSTALL_DIR=<SENTIEON_DIR>
内存分配修改:export LD_RELOAD=<libjemalloc.so.2>
<libjemalloc.so.2>是一个内存分配器,在不同的Linux系统中有不同的位置,在进行修改前可进入目录查看是否存在,若不存在,需要进行安装jemalloc,对于不同的操作系统,不同的安装命令如下:
对于不同的操作系统,安装命令如下:
•RHEL/CentOS 8.x:

yum install epel-release
yum install jemalloc

默认安装在 /usr/lib64/libjemalloc.so.2
•RHEL/CentOS 7.x:

yum install epel-release
yum install jemalloc

默认安装在 /usr/lib64/libjemalloc.so.1
•Ubuntu 20.04 & 22.04:

apt update
apt install libjemalloc2

默认安装在 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjemalloc.so.2
•Ubuntu 18.04:

apt update
apt install libjemalloc1

默认安装在 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjemalloc.so.1
若对于没有预构建软件包的其他系统,请参考jemalloc GitHub页面 (https://github.com/jemalloc/jemalloc) 以获取有关如何构建和安装jemalloc的更多信息。
为方便使用,可在环境变量中在加载jemalloc库到Sentieon中:

###永久添加
vi ~/.bashrc #进入环境变量
export LD_PRELOAD=/usr/lib64/libjemalloc.so.2 #添加环境变量代码,具体路径可根据相应位置修改,保存后退出
source ~/.bashrc

以上需要对Linux较为熟悉,如后续报错可自行修改。
否则建议在主脚本sentieon_quickstart.sh中,添加以下命令;
例如,在CentOS 8.x系统上,在运行Sentieon工具之前,您可以使用以下命令设置环境变量:

vi sentieon_quickstart.sh ##编辑脚本
export LD_PRELOAD=/usr/lib64/libjemalloc.so.2 修改对应位置的路径,保存后退出

4、运行sentieon_quickstart.sh

nohup sh sentieon_quickstart.sh & #查看日志文件nohup.out和result/run.log,结果文件全在result目录下。

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.mzph.cn/web/44138.shtml

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系多彩编程网进行投诉反馈email:809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

11-《风信子》

风信子 风信子&#xff08;学名&#xff1a;Hyacinthus orientalis L.&#xff09;&#xff1a;是多年草本球根类植物&#xff0c;鳞茎卵形&#xff0c;有膜质外皮&#xff0c;皮膜颜色与花色成正相关&#xff0c;未开花时形如大蒜&#xff0c;原产地中海沿岸及小亚细亚一带&am…

【Vue】vue-element-admin组件化功能

1. 组件的封装 在vue-element-admin中&#xff0c;每个功能区域或UI元素都被封装成一个或多个Vue组件。这些组件可以是简单的按钮、输入框&#xff0c;也可以是复杂的表格、表单或页面布局。每个组件都包含了其模板&#xff08;HTML结构&#xff09;、逻辑&#xff08;JavaScr…

【论文精读】Exploring the Causality of End-to-End Autonomous Driving

背景信息 团队&#xff1a;百度 代码&#xff1a;https://github.com/bdvisl/DriveInsight 论文思想简述&#xff1a;这篇论文并不是提出SOTA模型&#xff0c;而是提出了一些评估模型的方法。 目前已有的分析方法 大语言模型。VAQ来提供解释性&#xff0c;比如DriveVLM&…

C++基础(二)

目录 1.类和对象 1.1类的定义 1.2访问限定符 1.3类域 2.实例化 2.1实例化概念 2.2对象大小 3.this指针 4.类的默认成员函数 4.1构造函数 4.2析构函数 4.5运算符重载 1.类和对象 1.1类的定义 类的定义格式 class为定义类的关键字&#xff0c;Stack为类的名字&…

7月11日学习打卡,数据结构栈

大家好呀&#xff0c;本博客目的在于记录暑假学习打卡&#xff0c;后续会整理成一个专栏&#xff0c;主要打算在暑假学习完数据结构&#xff0c;因此会发一些相关的数据结构实现的博客和一些刷的题&#xff0c;个人学习使用&#xff0c;也希望大家多多支持&#xff0c;有不足之…

dataX入门

下载dataX https://datax-opensource.oss-cn-hangzhou.aliyuncs.com/202308/datax.tar.gz 然后 下载后解压至本地某个目录&#xff0c;进入bin目录&#xff0c;即可运行同步作业&#xff1a; $ cd {YOUR_DATAX_HOME}/bin $ python datax.py {YOUR_JOB.json} 要求你有python…

vue-grid-layout详解

vue-grid-layout 教程 vue-grid-layout 是一个用于 Vue.js 的响应式拖放网格布局组件&#xff0c;允许开发者创建可调整大小、可拖放的布局&#xff0c;广泛用于仪表板、管理面板等复杂布局需求。本教程将介绍如何安装、配置和使用 vue-grid-layout。 目录 安装基本使用 布局…

怎样在 C 语言中进行类型转换?

&#x1f345;关注博主&#x1f397;️ 带你畅游技术世界&#xff0c;不错过每一次成长机会&#xff01; &#x1f4d9;C 语言百万年薪修炼课程 通俗易懂&#xff0c;深入浅出&#xff0c;匠心打磨&#xff0c;死磕细节&#xff0c;6年迭代&#xff0c;看过的人都说好。 文章目…

暑假自律日记九

7.10 &#xff08;半小时日记打卡之——暑假第九天&#xff09; 前言&#xff1a;或许是累了&#xff0c;今天的效率和进度可以说是历史最低了&#xff0c;调休了一天&#xff0c;算是歇会 日程 八点二十起床&#xff0c;在床上赖了一会 九点二十抵达逸夫楼&#xff0c;开始补…

kafka发送消息流程

配置props.put(ProducerConfig.PARTITIONER_CLASS_CONFIG, RoundRobinPartitioner.class); public Map<String,Object> producerConfigs(){Map<String,Object> props new HashMap<>();props.put(ProducerConfig.BOOTSTRAP_SERVERS_CONFIG,bootstrapServers…

Spring Boot中的安全配置与实现

Spring Boot中的安全配置与实现 大家好&#xff0c;我是免费搭建查券返利机器人省钱赚佣金就用微赚淘客系统3.0的小编&#xff0c;也是冬天不穿秋裤&#xff0c;天冷也要风度的程序猿&#xff01;今天我们将深入探讨Spring Boot中的安全配置与实现&#xff0c;看看如何保护你的…

在表格中把tab换成enter键------ivx

为了方便用户输入&#xff0c;把tab键替换成enter回车 方法如下&#xff1a; 添加一个fx函数 document.addEventListener(‘keydown’, function(event) { if (event.key ‘Enter’ && !event.shiftKey) { event.preventDefault(); var focusableElements document.q…

昇思25天打卡营-mindspore-ML- Day22-应用实践-自然语言处理-LSTM+CRF序列标注

昇思25天打卡营-mindspore-ML- Day22-应用实践-自然语言处理-LSTMCRF序列标注 今天学习了 LSTMCRF 序列标注方法&#xff0c;它是一种结合了循环神经网络&#xff08;RNN&#xff09;和条件随机场&#xff08;CRF&#xff09;的强大模型&#xff0c;用于处理序列标注问题&#…

【C++BFS】690. 员工的重要性

本文涉及知识点 CBFS算法 LeetCode690. 员工的重要性 你有一个保存员工信息的数据结构&#xff0c;它包含了员工唯一的 id &#xff0c;重要度和直系下属的 id 。 给定一个员工数组 employees&#xff0c;其中&#xff1a; employees[i].id 是第 i 个员工的 ID。 employees[…

RabbitMQ 高级功能

RabbitMQ 是一个广泛使用的开源消息代理&#xff0c;它支持多种消息传递协议&#xff0c;可以在分布式系统中用于可靠的消息传递。除了基本的消息队列功能外&#xff0c;RabbitMQ 还提供了一些高级功能&#xff0c;增强了其在高可用性、扩展性和灵活性方面的能力。以下是一些主…

软件架构之嵌入式系统设计(2)

软件架构之嵌入式系统设计&#xff08;2&#xff09; 12.4 嵌入式网络系统12.4.1 现场总线网12.4.2 家庭信息网11.4.3 无线数据通信网12.4.4 嵌入式 Internet 12.5 嵌入式数据库管理系统12.5.1 使用环境的特点12.5.2 系统组成与关键技术 12.6 实时系统与嵌入式操作系统12.6.1 嵌…

MyBatis(38)MyBatis 如何与 Spring Boot 集成,有哪些实践技巧

集成MyBatis与Spring Boot可以极大地提升开发效率&#xff0c;简化配置&#xff0c;并利用Spring Boot的自动配置特性优化项目结构和性能。下面我们将详细探讨如何实现这一集成&#xff0c;并分享一些实践技巧。 1. 添加依赖 首先&#xff0c;在pom.xml中添加MyBatis和Spring…

AI学习指南机器学习篇-聚类树的剪枝

AI学习指南机器学习篇-聚类树的剪枝 在机器学习领域&#xff0c;聚类是一种常用的无监督学习方法&#xff0c;通过对数据进行分组来发现数据中的结构和模式。聚类树是一种常用的聚类算法之一&#xff0c;它通过构建一个树状结构来展示聚类的层次关系&#xff0c;并能够帮助我们…

Linux 忘记root密码,通过单用户模式修改

银河麒麟桌面操作系统 V10&#xff08;sp1&#xff09;”忘记用户密码&#xff0c;需要修改用户密码所写&#xff0c;可用于 X86 架构和 arm 架构。 2. 选择第一项&#xff0c;在上图界面按“e”键进行编辑修改。 3. 在以 linux 开头这行的行末&#xff0c;添加“init/bin/bas…

Rockchip Android平台编译生成userdata.img

Rockchip Android平台编译生成userdata.img 适用版本 本修改方法适用于Android12及以上版本 代码修改 device/rockchip/rk3576&#xff1a; --- a/rk3576_u/BoardConfig.mkb/rk3576_u/BoardConfig.mk-28,4 28,7 PRODUCT_KERNEL_CONFIG pcie_wifi.configBOARD_GSENSOR_MXC…