问题

有时候存在需要 process 接收可选的输入文件的场景。

解决方案

可以使用特殊的文件名来标记这类输入参数，类似于一个 placeholder。

可以在assets中创建一个空文件:

touch assets/NO_FILE

示例代码

params.inputs = "$projectDir/data/prots/*{1,2,3}.fa"
params.filter = "$projectDir/assets/NO_FILE"process foo {debug trueinput:path seqpath optscript:def filter = opt.name != 'NO_FILE' ? "--filter $opt" : ''"""echo your_command --input $seq $filter"""
}workflow {prots_ch = Channel.fromPath(params.inputs, checkIfExists:true)opt_file = file(params.filter, checkIfExists:true)foo(prots_ch, opt_file)
}

这样就可以在运行时指定参数 filter 控制是否真正的使用输入文件。