三代测序结构变异分析 - 单样本Germline SV calling和多样本SV Calling

适用于三代PacBio HiFi / ONT 长reads数据的结构变异分析。

1. sniffles2安装

sniffles2需要Python >= 3.10环境,因此用conda创建安装好3.10的环境。

sniffles2安装要求:

  • Python >= 3.10
  • pysam >= 0.21.0
  • edlib >=1.3.9
  • psutil>=5.9.4
# 创建conda环境
conda create -n py3.10 python=3.10conda install sniffles=2.4# 比对质控基础软件安装
conda install minimap2, nanofilt, samtools -ysniffles 

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