适用于三代PacBio HiFi / ONT 长reads数据的结构变异分析。
1. sniffles2安装
sniffles2需要Python >= 3.10环境,因此用conda创建安装好3.10的环境。
sniffles2安装要求:
- Python >= 3.10
- pysam >= 0.21.0
- edlib >=1.3.9
- psutil>=5.9.4
# 创建conda环境
conda create -n py3.10 python=3.10conda install sniffles=2.4# 比对质控基础软件安装
conda install minimap2, nanofilt, samtools -ysniffles