在Java中使用FFmpeg命令来进行视频编码转换，可以通过调用系统命令来执行FFmpeg命令。下面是一个使用FFmpeg进行视频转码的示例代码：

import java.io.BufferedReader;
import java.io.InputStreamReader;public class FFmpegVideoConverter {public static void main(String[] args) {String inputFilePath = "input.mp4";String outputFilePath = "output.avi";convertVideo(inputFilePath, outputFilePath);}public static void convertVideo(String inputFilePath, String outputFilePath) {try {// 构造FFmpeg命令String ffmpegCommand = "ffmpeg -i " + inputFilePath + " " + outputFilePath;// 执行FFmpeg命令Process process = Runtime.getRuntime().exec(ffmpegCommand);// 获取输出流和错误流BufferedReader inputStreamReader = new BufferedReader(new InputStreamReader(process.getInputStream()));BufferedReader errorStreamReader = new BufferedReader(new InputStreamReader(process.getErrorStream()));String line;// 输出标准输出流while ((line = inputStreamReader.readLine()) != null) {System.out.println(line);}// 输出错误输出流while ((line = errorStreamReader.readLine()) != null) {System.out.println(line);}// 等待命令执行完成process.waitFor();// 关闭流inputStreamReader.close();errorStreamReader.close();} catch (Exception e) {e.printStackTrace();}}
}

在上面的代码中，首先声明了一个convertVideo方法，该方法接受输入文件路径和输出文件路径作为参数，然后构造FFmpeg命令，并通过Runtime.getRuntime().exec()方法执行该命令。

在执行命令后，通过Process对象得到输入流和错误流，将其分别传递给BufferedReader对象，然后读取输出流和错误流的信息并输出。

最后，通过调用process.waitFor()等待命令执行完成，并关闭流。

通过调用convertVideo方法，即可实现视频编码转换。

需要注意的是，使用Java调用FFmpeg命令需要保证系统中已经安装了FFmpeg，并且FFmpeg的可执行文件路径已经添加到系统的环境变量中。

此外，还可以根据实际需求，通过传递不同的参数给FFmpeg命令来实现不同的视频编码转换操作，例如调整分辨率、调整比特率、调整帧率等。详细的FFmpeg命令参数可以参考FFmpeg官方文档。