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分享2个分子动力学模拟相关的程序。
1. 一种识别体心立方晶体缺陷的新方法。
2. 无后处理的分子动力学模拟中的并行点缺陷识别: lammps的计算和转储方式 。
感谢论文的原作者！
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第1个程序
关键词：
1. Atomistic simulations,
2. Molecular dynamics,
3. Defect analysis,
4. bcc materials.
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主要内容
“晶体缺陷的准确快速识别对于原子模拟输出数据的分析起着关键作用。对于面心立方（fcc）金属，大多数现有的结构分析工具允许直接区分常见缺陷，如堆垛层错或某些低指数表面。另一方面，对于体心立方（bcc）金属，目前还不容易找到识别这种缺陷的可靠方法。因此，我们介绍了一种分析体心立方金属原子构型的新方法——体心立方缺陷分析（BDA）。它使用现有的结构分析算法并结合其结果来唯一区分体心立方金属中的典型缺陷。本质上，BDA方法具有以下特点:识别体心立方金属中的典型缺陷结构。通过与原子邻域中的缺陷进行迭代比较，减少错误识别的缺陷。为广泛使用的可视化工具OVITO提供现成的Python脚本【http://ovito.org】。”——取自文章摘要。
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Figure 1
Figure 2
Figure 3
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