FreeSurFer的recon-all处理流——学习记录

官方网址:ReconAllTableStableV6.0 - Free Surfer Wiki

(1)颅骨剥离skullstrip

颅骨剥离后生成文件:/mri/brainmask.mgz

(2)图像配准canorm

Freesurfer图像配准:将 mri/nu.mgz 体积与 FREESURFER_HOME/average 中的默认 GCA 图集对齐;

图像配准后生成文件:/mri/norm.mgz

(3)图像校正normalization2

Freesurfer图像校正:强度标准化(Intensity Normalization)

图像校正后生成文件:/mri/brain.mgz

(4)图像分割segmentation

Freesurfer图像分割:使用强度、邻域和平滑度约束进行白质分割(White Matter Segmentation)。输入为 mri/brain.mgz,输出为 mri/wm.mgz。

图像分割后生成文件:/mri/wm.mgz

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