复现CELL文章图片,在线绘制scRNA-seq多个cluster的差异火山图

导读

火山图表示两组间的差异,而在scRNA-seq中,同时会有多个clustervs其他cluster)的差异。如果用常规火山图展示,可能需要绘制十几个图。有没有更高效的展示方法呢?今天给大家带来CELL文章“A Spatiotemporal Organ-Wide Gene Expression and Cell Atlas of the Developing Human Heart”中展示scRNA-seq差异基因的多组火山图的绘制方法。

1,常规火山图

RNA-seq(或蛋白质组,或代谢组)数据分析中,火山图是常见的一种数据可视化工具,它通过将统计显著性量度(如p值)和变化幅度(例如log2FC)相结合,帮助研究者快速直观地识别出在不同样本间具有显著差异表达的基因(或蛋白,或代谢物)。

火山图本质上是一种散点图,每个点代表一个基因(或蛋白,或代谢物),其位置由两个坐标轴定义:横轴通常表示变化幅度(如log2 fold changelog2FC),纵轴表示统计显著性(如-log10 p-value)。倍数变化(fold change)是衡量基因(或蛋白,或代谢物)在一组样本中相对于另一组样本的表达水平变化的指标。如果log2FC大于0,则表示基因在实验组中的表达量上升;如果log2FC小于0,则表示表达量下降。

火山图可以展示为不同颜色的点,通常红色表示上调基因,蓝色表示下调基因,而灰色表示无显著差异的基因。

2.scRNA-seq火山图

2019年发表在CELL上的文章“A Spatiotemporal Organ-Wide Gene Expression and Cell Atlas of the Developing Human Heartfig 2h给我们展示了单细胞RNA测序数据展示的新思路。

图中展示了10cluster的差异基因。其中X轴利用10个矩形块(编号0-9)将整个区域分成10快:cluster0 - cluster9。每一块中X轴上的点进行了抖动(jitter,随机抖动),Y轴表示logFC,并标注了每个clustertopN的基因。红色点表示adjusted pval<0.01,黑色点表示adjusted pval>0.01。从图中可以很容易地观察到每个clustervs其他cluster)的差异基因,倍数变化范围,大概的差异基因数,以及adjusted pval的情况。令人耳目一新。

3.余丁解图

所有的图都是由点、线、颜色等组成的。这个图由以下元素构成:

1),表示基因的点,每个点的位置由Xcluster的编号和YlogFC组成,并且在X轴的方向上进行了jitter;每个点根据adjusted pval的大小以不同的颜色表示,可以使用geom_jitter绘制;

2),0-9cluster,就是10个矩形,标注了不同cluster的编号,可以使用geom_tile函数绘制

3),限制不同cluster的灰色矩形背景,可以使用geom_col函数绘制。

由于jitter的点是随机抖动的,所以如何标注jitter后基因的位置是本图的难点,这也是网上其他教程悬而未决的问题。

4.在线绘制scRNA-seq多组火山图

4.1 打开微生信在线作图网站

微生信-在线绘制单细胞多cluster火山图

4.2  示例数据

点击右侧的示例数据,下载打开。

示例数据包括四列,A列是基因,B列是log2FCC列是pvalueD列是cluster

4.3 粘贴示例数据

拷贝ABCD 4列,粘贴到第一个输入框。若数据较多,也可以上传tab分割的txt文件。

4.4 设置参数

可选参数我们设置了

1)标注基因的输入框

若留空则标注log2FC top10的差异基因;若有数据(数据为上述表格中感兴趣基因所在的行)。

2)图片大小、字体、cluster背景颜色及透明度

3)cluster矩形的颜色

共设置了12种可选颜色,第13+种使用系统默认的颜色

​​​​​​​4)p/fdr阈值和log2fc阈值

其中p阈值也可以使用科学计数法表示。

Log2fc阈值用来控制cluster矩形的高度。因为我们一般不绘制非差异的点(基因)。

5)绘图模式及颜色

提供了3种绘图模式。

第一种是updown模式。Up一种颜色,down一种颜色。

第二种是p模式,p小于阈值的一种颜色,p大于阈值的一种颜色。

第三种是组合模式,up一种颜色,down一种颜色,p小于阈值的一种颜色。

同时提供了点大小、Y轴说明和字体等参数供选择。

4.5 提交出图

粘贴好数据,选择好参数后,点击提交按钮,等待约5s后会生成scRNA-seq多组火山图。

从图中C3最上方标注的点可以看出,微生信完美解决了网上其他教程中“线指虚空”的问题。

我们提供了PDFSVG两种矢量图,PNGtiff两种标量图供大家下载使用。其中矢量图可以使用acrobat illustruator或者inkscape进行编辑,例如拖动legend的位置等。

微生信助力高分文章,用户183000,谷歌学术3400

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.mzph.cn/web/21151.shtml

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系多彩编程网进行投诉反馈email:809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

linux pigz 多线程压缩解压

压缩&#xff1a; tar --use-compress-programpigz -cvpf abc.tgz ./abc 解压&#xff1a; tar --use-compress-programpigz -xvf ./abc.tgz 解压到指定位置&#xff1a;tar --use-compress-programpigz -xvf ./abc.tgz -C ./hhh

原生js访问http获取数据的方法

在原生JavaScript中&#xff0c;直接通过浏览器端的JavaScript访问HTTP接口获取数据通常涉及XMLHttpRequest对象或现代的fetch API。 1. 使用XMLHttpRequest XMLHttpRequest是一个老旧的API&#xff0c;但在某些情况下仍然很有用。以下是一个简单的例子&#xff1a; javascr…

打造SimPO新算法,微调8B模型超越Claude 3 Opus

前言 大型语言模型&#xff08;LLM&#xff09;近年来取得了巨大进展&#xff0c;但要将其与人类价值观和意图相一致&#xff0c;使其变得有用、诚实和无害&#xff0c;仍然是一个挑战。强化学习从人类反馈中&#xff08;RLHF&#xff09;是一种常用的方法&#xff0c;通过微调…

Charles的安装和web端抓包配置

1.Charles的安装 通过官网下载&#xff1a;https://www.charlesproxy.com/download/&#xff0c;我之前下载的是4.6.2版本&#xff0c;下载成功后点击安装包&#xff0c;点击下一步下一步即可安装成功。 ​​ ​ 安装成功后打开charles页面如下所示。 ​ 2.乱码问题解决 打开…

【C++】STL:栈和队列模拟实现

&#x1f49e;&#x1f49e; 前言 hello hello~ &#xff0c;这里是大耳朵土土垚~&#x1f496;&#x1f496; &#xff0c;欢迎大家点赞&#x1f973;&#x1f973;关注&#x1f4a5;&#x1f4a5;收藏&#x1f339;&#x1f339;&#x1f339; &#x1f4a5;个人主页&#x…

绘画参数配置及使用

绘画参数配置及使用 路径&#xff1a;站点后台-功能-AI绘画 进入参数配置 接口选择&#xff1a;多种接口自主选择&#xff08;需自己准备key&#xff09;&#xff0c;对应接口的key对话和绘画通用 存储空间&#xff1a; 位置在超管后台-存储空间 自主选择存储&#xff08;需…

【数据结构与算法】七大排序算法(下)

【数据结构与算法】七大排序算法(下) &#x1f955;个人主页&#xff1a;开敲&#x1f349; &#x1f525;所属专栏&#xff1a;数据结构与算法&#x1f345; &#x1f33c;文章目录&#x1f33c; 2.3 交换排序 2.3.1 冒泡排序 2.3.2 快速排序 2.3.3 快速排序(非递归) 2.4 归并…

fpga入门 串口定时1秒发送1字节

一、 程序说明 FPGA通过串口定时发送数据&#xff0c;每秒发送1字节&#xff0c;数据不断自增 参考小梅哥教程 二、 uart_tx.v timescale 1ns / 1psmodule uart_tx(input wire sclk,input wire rst_n,output reg uart_tx);parameter …

Spring bean加载顺序

最近在开发过程中遇到一个Spring bean加载顺序的问题&#xff0c;容器在启动的时候 会通过InitializingBean 的afterPropertiesSet 加载两级缓存&#xff0c;但是加载的过程中因为没有将load的容器对象加载到Spring 容器中导致NPE &#xff0c;所以今天来巩固一下spring bean的…

【Python Cookbook】S01E12 根据字段将记录分组

目录 问题解决方案讨论 问题 如果有一系列的字典或对象实例&#xff0c;我们想根据某个特定的字段来分组迭代数据。 解决方案 假设有如下字典列表&#xff1a; rows [{address: 5412 N CLARK, date: 07/01/2012},{address: 5148 N CLARK, date: 07/04/2012},{address: 580…

W25Q64CV SPI Flash Memory

SPI简介 SPI是一种同步串行通信接口规范&#xff0c;用于短距离通信&#xff0c;主要应用于嵌入式系统。SPI通信由一个主设备和一个或多个从设备组成&#xff0c;其中主设备生成时钟信号并控制通信的开始和结束。 SPI通信的基本组成 四个基本信号 SCK (Serial Clock) - 时钟…

centos7下安装MySQL,Oracle数据库

&#x1f4d1;打牌 &#xff1a; da pai ge的个人主页 &#x1f324;️个人专栏 &#xff1a; da pai ge的博客专栏 ☁️宝剑锋从磨砺出&#xff0c;梅花香自苦寒来 操作系统版本为CentOS 7 使⽤ MySQ…

python数据分析——datetime数据类型2

参考资料&#xff1a;活用pandas库 # 导入pandas库 import pandas as pd # 加载数据集 teslapd.read_csv(r"...\data\tesla_stock_yahoo.csv") # 查看数据 print(tesla.head()) 1、基于日期取数据子集 # 将Date数据列转换为datetime类型 tesla[Date]pd.to_datetime…

学习笔记——网络参考模型——TCP/IP模型(传输层)

四、TCP/IP模型-传输层 一、TCP 1、TCP定义 TCP(Transmission Control Protocol&#xff0c;传输控制协议)∶为应用程序提供可靠的面向连接的通信服务。目前&#xff0c;许多流行的应用程序都使用TCP。 连接&#xff1a;正式发送数据之前&#xff0c;提前建立好一种虚拟的&…

oracle服务器存储过程中调用http

在Oracle服务器中&#xff0c;存储过程调用HTTP请求可以通过几种不同的方法来实现。以下是一些关键步骤和注意事项&#xff0c;以帮助你清晰地理解和执行此操作&#xff1a; 开启Oracle ACL权限&#xff1a; 使用dbms_network_acl_admin包来创建和管理访问控制列表&#xff0…

ES6-03-模版字符串、对象的简化写法

一、模版字符串 1-1、声明 反引号。 1-2、特性 1、字符串内容可以直接换行 得用号连接 2、变量拼接 现在&#xff1a; 二、对象的简化写法 ES6允许在大括号里面&#xff0c;直接写入变量和函数&#xff0c;作为对象的属性和方法。 let name milk;let chage function(){con…

iOS ActivityViewController使用

UIActivityViewController是iOS中用于展示一个活动列表的视图控制器&#xff0c;允许用户通过各种内置或第三方的应用来分享内容。以下是使用UIActivityViewController分享文本内容的示例代码&#xff1a; import UIKit class ViewController: UIViewController { IBA…

java-对象内存

在Java中&#xff0c;对象内存是指用于存储对象实例的内存区域。当我们在Java程序中创建一个对象时&#xff0c;Java虚拟机&#xff08;JVM&#xff09;会在内存中为该对象分配一块内存区域&#xff0c;用于存储对象的字段&#xff08;成员变量&#xff09;、方法和其他与对象相…

通过电脑查看Wi-Fi密码的方法,提供三种方式

式一&#xff1a; 右击桌面右下角的网络图标&#xff0c;依次选择【网络和Internet设置】、【WLAN】、【网络和共享中心】。点击已连接的无线网络。依次点击【无线属性】、【安全】&#xff0c;勾选下方【显示字符】即可。 方式二&#xff1a; 在开始菜单输入“cmd”进入命令…

脚本实现登陆滑块

脚本实现登陆滑块 仅供学习参考&#xff0c;简单操作 你知道吗&#xff0c;滑动验证码居然是为了验证人类比机器人蠢而设计的。 你以为自己快速、准确地滑动拼图、对齐图案&#xff0c;才被允许通过&#xff0c;系统还说你超越了99%的用户&#xff0c;夸你“比闪电还快”&am…