pnpm和yarn与npm的主要区别在于安装机制、性能优化以及兼容性等方面。

首先，从安装机制方面来看，npm不支持并发安装，它会逐个安装依赖项。而pnpm支持并发安装，这显著提高了安装速度。yarn则使用并行下载，这也使得其安装速度相对较快。

其次，关于性能优化，yarn提供了改进的性能和确定性的依赖解析，这意味着它能够更快地解析项目的依赖关系，并且每次安装都能得到相同的结果。此外，yarn还支持离线模式，这对于在网络不稳定的环境中工作的用户来说非常有用。pnpm的共享依赖特性可以减少安装时的重复文件，从而节省磁盘空间，并且它还改进了缓存效率，减少了网络带宽的使用。

再者，从兼容性角度来看，yarn设计了直观的命令行界面（CLI），并且与npm有很好的向后兼容性，但是也存在着一些兼容性问题。pnpm同样与npm兼容，但是它的学习曲线可能更陡峭，用户可能需要时间来适应它的工作方式。

最后，考虑到社区支持和维护成本，yarn由于发布时间较长，社区相对成熟，但也可能因为社区分裂而导致资源消耗和维护开销。pnpm作为一个较新的工具，虽然社区支持不如yarn广泛，但它提供了一些独特的优势，比如高效的安装和改进的缓存效率。

综上所述，每个包管理工具都有其独特的优势和潜在的劣势。选择哪一个最终取决于项目需求、团队习惯以及个人偏好。