微生物污染分析流程

需提前安装好bwa, bowtie2, samtools，提取未比对到人类参考基因组的bam文件，将其比对到微生物参考基因组，根据比对情况查看是否存在污染。

微生物基因组下载可参考本人文章：

生信软件24 - 查询物种分类学信息和下载基因组TaxonKit和ncbi-genome-download

人类参考基因组构建参考本人文章：

生信技能34 - 通过UCSC单条染色体Fasta序列构建hg19参考序列及其索引

生信技能39 - 通过UCSC单条染色体Fasta序列构建hg38参考序列及其索引

# python 3.9
import pandas as pd
import os
import pysam
from pathlib import Path