创作日志: 装过一次openmpi,但是半年之后就忘记怎么用了,所以记录一下
1. 测试openmpi是否安装好
cd /home/xxxx/SnapHiC_Call_Loop/openmpi-4.1.6/examples
make
mpirun -np 4 hello_c
得到如下输出就说明是装好的了
2. 没有导入路径的话导入一下根目录,注意有两个
(我没写到系统文件里,所以每次打开端口都需要手动导入一下)
export PATH=$PATH:/home/xxxx/Softwares/openmpi/bin
export LD_LIBRARY_PAHT=/home/xxxx/Softwares/openmpi/lib
3. 运行脚本
-np表示需要用几个核,要与自己写的python脚本里的代码相对应。
mpirun -np 8 python xxxx.py